Báo cáo Gen PB1và PB1-F2 của virus cúm A/H5N1 chủng A/CK/Vietnam/HG4/2005 và so sánh với một số chủng phân lập 2004-2007 tại vùng đồng bằng sông Cửu Lon

Gen PB1và PB1-F2 của virus cúm A/H5N1 chủng A/CK/Vietnam/HG4/2005 và so sánh với một số chủng phân lập 2004-2007 tại vùng đồng bằng sông Cửu Lon
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Báo cáo " Gen PB1và PB1-F2 của virus cúm A/H5N1 chủng A/CK/Vietnam/HG4/2005 và so sánh với một số chủng phân lập 2004-2007 tại vùng đồng bằng sông Cửu Lon "Tgp chi Cong nghi Sinh hoc 1(1): 177-184, 2009G E N P B l V A PB1-F2 C U A V I R U S C U M A / H 5 N 1 C H U N G A / C K / V I E T N A M / H G 4 / 2 0 0 5 V ASO S A N H V 6 l M O T SO C H U N G P H A N L A P 2004 - 2007 TAI V U N G D O N G B A N G S O N GCUtJLONGTran Quang Vui, Nguygn Thi Bich Nga^ Doan Thi Thanh HtfOTlg^ Nguyin Ba Hien^ Le Thanh Hoa^Truong Dgi hoc Nong Ldm, Dgi hoc Hui i .. :-^ Viin Cong nghe sinh hoc^Truang Dgi hoc Nong nghiep Hd Noi TOMTAT • c Toan bp ehuoi gen PBl cua mpt chiing virus ciim A/H5N1 phan lap tit ga Hau Giang nam 2005 (ky hieu A/Ck/Vietnam/HG4/2005) da dupc thu nhan, giai trinh tu va phan tich miic dp tuang d6ng ve nucleotide va amino acid vai mpt so chung phan lap nam 2004 - 2007 tai dong bang song Cuu Long. Ket qua phan tich cho thSy, toan bp gen PBl thu nhan dupc tir chung A/Ck/Viefriam/HG4/2005(H5N1) co dp dai 2274 bp, ma hoa cho chu6i polypeptide PBl gom 757 amino acid. 2274 bp la dp dai von co cua gen PBl a tat ca cac chimg cum A/H5N1 phan dong Quang Dong (Guangdong sublineage), hoan toan khong thay doi ke tit khi phat sinh clade 1.0 (1997) cho den nay. PBl c6 11 nucleotide va 5 amino acid sai khac so vai cac chung A/H5N1 phan lap tii gia cam viing dong bang song Cim Long cac nam 2004 - 2007. Gen PB1-F2, long vao frong ehuoi nucleotide cua gen PBl tir vi tri 95 den 367, bao gom 90 amino acid. Amino acid asparagin (N) a vi tri 66 trong protein PB1-F2 khong bien doi a cac chimg A/H5N1 vung dong bang song Cim Long qua cac nam 2004 - 2007. Ty le dong nhat (identity) cua gen PBl chung A/Ck/Viefriam/HG4/2005 so voi cac chiing so sanh ve nucleotide thap nhat la 97%; cao nh4t la 99%; ty le tuang ddng (homology) ve amino acid la 98 - 99% (protein PBl) va 96 - 98% (protein PB1-F2). Tat ca 18 chimg phan lap tai dong bang song Cuu Long cimg clade 1.0, van thupc phan dong Quang Dong. Tie khoa: CumA/H5Nl, dong nhdt/tuomg dong, PBl, PB1-F2, thdnh phdn nucleotide/amino acid •DATVANDE 1957 va 1968 (Kawaoka et al, 1989). Cum gia cam (avian influenza) la mgt benh Protein PB1-F2 la mgt ehuoi polypeptide ngan,truyen nhiem nguy hiem, c6 toe do lay lan nhatih vdi dugc ma hoa bdi mgt khung dgc md, long ban vaoty le chet cao trong dan gia cam nhiem benh, gay ben frong ehuoi nucleotide ciia PBl (Hinh 1), cothiet hai kinh te ldn cho nhieu nuac fren the gidi. Tir chirc nang gay chet te bao theo chuang trinhnam 2003, cum gia cam do phan t)^e A/H5N1 xuat (apoptosis) doi vdi cac te bao co nguon goc mienhien tai Viet Nam va tii do den nay benh xay ra lien dich, dac biet la dai thuc bao phe nang (alveolartuc va dang la van de dich te phiic tap can phai giai macrophage) theo ca che lam thay doi hinh thai, lamquyet tai nudc ta (Le Thanh Hoa et al, 2008). He mat dien the cua mang ty the (Chen et al, 2001;gen ciia virus ciim A phan type H5N1 bao gom 8 Coleman, 2007). PB1-F2 lam te bao nhay cam vai suphan doan (PB2, PBl, PA, HA, NP, NA, M, NS). chet do tuang tac giiia 2 protein cua ty the: ANT3Gen PBl (phan doan 2 frong he gen RNA sgi dan (adenine nucleotide franslocater 3) va VDAClam ciia virus) ma hda enzyme PBl, la tieu don vi (voltage-dependent anion channel 1). Tuang tac nayxiic tac ciia phiic hgp enzjmie RNA-polymerase lam tang cudng tinh tham ciia ty the, lam cho cac sanfrong qua trinh tong hgp RNA ciia virus, chiu frach pham de dang thoat ra khoi ty the, do do khai dgngnhiem gan mu RNA (Murphy, Webster, 1996). qua trinh chet theo chuang frinh (Zamarin et al,Nhung nghien ciiu gan day cho thay gen PBl lien 2005). Nghien cim gan day cho thay, su thay doi mgtquan den kha nang nang cao tinh gay benh amino acid, tir asparagine thanh serine a vi tri 66(pathogenicity) ciia mgt so chiing virus H5N1 tren (N66S) frong ehuoi PB1-F2 c6 tac dung tang cuongvit (Hulse-Post ei al, 2007). Gen PBl ciing la gen kha nang gay benh ciia virus ciim va c6 vai fro quanduy nhat co xuat xir tit virus ciim gia cSm dugc phat frgng quyet dinh tinh fram frgng cua dai dich ciimhien a cac virus gay dai dich ciim fren ngudi nam (Conenello et al, 2007). 177 Tran Quang Vui et al Chimg virus cum A/H5N1 phan lap tit ga Hau Kiem tra san pham, tach dong va giai trinh tvGiang nam 2005 (chimg A/Ck/Vietiiam/HG4/2o65(H5N1)) thuoc phan dong Quang Dong da dugc Cac san pham RT-PCR dugc kiem fra fren thachphan tich mgt so phan doan frong do co gen H5 va agarose 1%, tmh sach bing bg kit QIAquickNl (Tran Quang Vui et al, 2008). Trong bai bao Purification kit (QIAGEN) va dong hoa vao vectornay, chiing toi xem xet su bien doi thanh phan pCR2.1TOPO (Invifrogen). Tach dong va thu nhannucleotide va amino acid cua gen PBl va gen PBl- DNA cua plasmid tai to hgp bang bg kit QIAprepsF2, so sanh voi cac chiing ciim A/H5N1 phan lap Spin Mini kit cua hang QIAGEN.fren gia cam tai viing dong bang song Cim Long qua Trinh tu nucleotide cua plasmid tai to hgp dugccac nam 2004 - 2007. giai trinh fren may tu dgng ABI-3100 Avant ...