BÁO CÁO VỊ TRÍ PHÂN LOẠI CỦA CÁC CHỦNG CLOSTRIDIUM PERFRINGENS PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM DỰA VÀO TRÌNH TỰ GEN 16S rRNA

Trình tự nucleotid đoạn 645bp trên 16S rRNA của 5 chủng C.perfringens phân lập từ dê, cừu mắc bệnh viêm ruột tiêu chảy tại Việt Nam có mức tương đồng cao (99,8-100%); trong đó trình tự gen 16S rRNA của 3 chủng: CD4 (typ D) phân lập từ miền Bắc, DKH (typ D) phân lập tại Khánh Hòa và CV58 (typ A) phân lập từ Ninh Thuận là hoàn toàn giống nhau (100%),
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
BÁO CÁO " VỊ TRÍ PHÂN LOẠI CỦA CÁC CHỦNG CLOSTRIDIUM PERFRINGENS PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM DỰA VÀO TRÌNH TỰ GEN 16S rRNA " VỊ TRÍ PHÂN LOẠI CỦA CÁC CHỦNG CLOSTRIDIUM PERFRINGENS PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM DỰA VÀO TRÌNH TỰ GEN 16S rRNA Lê Lập1, Lê Văn Sơn2, Võ Thành Thìn1, Lê Đình Hải1 và Nguyễn Viết Không3 TÓM TẮT Trình tự nucleotid đoạn 645bp trên 16S rRNA của 5 chủng C.perfringens phân lập từdê, cừu mắc bệnh viêm ruột tiêu chảy tại Việt Nam có mức tương đồng cao (99,8-100%);trong đó trình tự gen 16S rRNA của 3 chủng: CD4 (typ D) phân lập từ miền Bắc, DKH(typ D) phân lập tại Khánh Hòa và CV58 (typ A) phân lập từ Ninh Thuận là hoàn toàngiống nhau (100%), chứng tỏ gen này có độ bảo tồn và tương đồng rất cao giữa các chủngC.perfringens với typ độc tố khác nhau và ở các vùng địa lý khác nhau; giữa các chủngcòn lại (CV58, CV135 và typ C) sự khác biệt chỉ là 1 nucleotid, hay độ tương đồng99,8%. Khác biệt này có thể được xem là do đột biến điểm ngẫu nhiên, như vậy có thể kếtluận đoạn 645 bp mã hóa cho 16S rRNA của các chủng phân lập tại Việt Nam là giốngnhau. Phân tích cây phả hệ dựa vào so sánh trình tự gen 16S rRNA của các loài tronggiống Clostridium (Collins và cs., 1994; Sasaki và cs., 2001, 2002), các chủng phân lậptại Việt Nam có vị trí thuộc giống Clostridium, cụm I (Cluster I), nhóm I-a (Clade I-a),loài C.perfringens. Từ khóa: Dê, cừu, Clostridium perfringens, Giải trình tự gen 16S rRNA, Vị trí phânloại, Việt Nam PHYLOGENTIC POSITIONS OF CLOSTRIDIUM PERFRINGENS STRAINS ISOLATED FROM VIETNAM BASED ON 16S rRNA GEN SEQUENCES Le Lap, Le Van Son, Vo Thanh Thin, Le Dình Hai and Nguyen Viet Khong SUMMARY The nucleotide sequence of 645bp fragments on 16S rRNA of 5 C.perfringens strainsisolated from diarrhea-enteritis goats and sheep reared in VietNam were completellyidentical; they were highly similarity (99,8-100%); in which the 16S rRNA gen sequencesof three strains: CD4 (type D) isolated from the North, DKH (type D) from Khanh Hoa vàCV58 (type A) from Ninh Thuan were totally homologue (100%), demontrated that thesegens were highly conserve and homologue among C.perfringens strains of differenttoxinotypes and different isolated places; among the other strains (CV58, CV135 and typeC), they differed by 1 nucleotide, or level of similarity 99,8%. This difference could be arandom point mutation, these results suggest that the 645bp fragments on 16S rRNA of 5C.perfringens strains isolated from VietNam are homologue. Phylogentic tree analysisbased on the comparison of 16S rRNA gen sequences of genus Clostridium (Collins et al.,1994; Sasaki et al., 2001, 2002), the strains isolated from VietNam belong to the positionof genus Clostridium, Cluster I, Clade I-a, species C.perfringens. Key words: Goats, Sheep, Clostridium perfringens, 16S rRNA gen sequences,Phylogentic positions, Vietnam------------------------------1 Phân viện thú y miền Trung2 Trung tâm kiểm nghiệm thuốc thú y TW 23 Viện thú y 70 I. ĐẶT VẤN ĐỀ Trong ribosom của vi khuẩn có 3 loại phân tử rRNA với hằng số lắng tương ứng là 16S, 23Svà 5S. Đối với hầu hết các loại vi khuẩn, phân tích trình tự gen 16s rRNA có thể kết luận vềgiống hoặc loài, cũng như vị trí của vi khuẩn này trong bảng phân loại và quan hệ họ hàng củachúng, là một phương pháp phổ biến và tin cậy. Để định loài, không nhất thiết giải mã toàn bộđoạn gen 16s rRNA (~1500 bp) vì vùng dị chủng rõ rệt nhất nằm trong khoảng bp đầu 5’. 500Đến nay, trình tự gen 16s rRNA của hầu hết các loai vi khuẩn đã được giải mã. GenBank là ̀ngân hàng dữ liệu lớn nhất hiện đang lưu giữ hơn 20 triệu chuỗi gen, trong đó hơn 90.000 là cácgen 16s rRNA. So sánh trình tự gen 16S rRNA của 100 loài Clostridium, Collins và cs. (1994) [Error!Reference source not found.]; Sasaki và cs. (2002) [Error! Reference source not found.] đãphân chia những loài này thành 19 cụm (cluster) đánh số La Mã từ I đến XIX. Theo Collins vàcs. (1994) [Error! Reference source not found.]; Johnson và cs. (1975) [Error! Referencesource not found.], trong giống Clostridium có 40 loài có khả năng gây bệnh, hầu hết các loàigây bệnh chính là thành viên của cụm I (cluster I) như C.barati, C.botulinum typB,C.perfringens, C.carnis, C. quinii C. quinii (nhóm (clade) I-a); C.cellulovorans (nhóm I-b);C.intestinalis (nhóm I-c); C.novyi (nhóm I-e); C.septicum (nhóm I-g); C.tetani (nhó ...