Đánh giá hiệu quả tách chiết DNA tổng số từ một số quy trình phân tích khác nhau và bước đầu phân tích đa dạng di truyền nguồn gen Dây Thường Xuân (Hedera nepalensis K. Koch.) dựa vào chỉ thị GBSSI

Trong nghiên cứu này, bốn phương pháp tách chiết DNA khác nhau từ mẫu lá khô Dây thường xuân đã được sử dụng để tìm ra phương pháp hiệu quả nhất. Các phương pháp tách chiết khác nhau cho DNA tổng số có nồng độ dao động từ 10,5 đến 437,4 ng/μl, độ tinh sạch đánh giá thông qua chỉ số hấp thụ quang đo ở bước sóng 260 và 280 nm dao động từ 1,8 đến 2,2.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Đánh giá hiệu quả tách chiết DNA tổng số từ một số quy trình phân tích khác nhau và bước đầu phân tích đa dạng di truyền nguồn gen Dây Thường Xuân (Hedera nepalensis K. Koch.) dựa vào chỉ thị GBSSIVNU Journal of Science: Medical and Pharmaceutical Sciences, Vol. 35, No. 1 (2019) 88-95 Original Article Comparative Analysis of Different DNA Extraction Methods and Preliminary Analysis of Genetic Diversity of Hedera nepalensis K. Koch. in Vietnam Based on GBSSI Marker Dinh Doan Long1,*, Nguyen Xuan Bach1, Nguyen Thi Thu Thao1, Pham Thi Hong Nhung1, Do Thi Le Hang1, Vu Thi Thom1, Pham Thanh Huyen2 1 VNU School of Medicine and Pharmacy, 144 Xuan Thuy, Cau Giay, Hanoi, Vietnam 2 National Institute of Medicinal Materials, 3B Quang Trung, Hoan Kiem, Hanoi, Vietnam Received 03 May 2019 Revised 09 May 2019; Accepted 21 June 2019 Abstract: Though the ivy (Hedera nepalensis K. Koch.) has long been utilized in traditional medicine, its genome information is very limited. For plants, an effective method of DNA extraction is a very important step which greatly affects subsequent genetic analyses. In this study, four different methods of DNA extraction from dry leaves were used. A comparison of different protocols resulted in the yield of extracted DNA that ranged from 10.5 to 437.4 ng/μl and with a purity ranged from 1.8 to 2.2. Based on the PCR results of GBSSI gene, Gene JET Plant Genomic DNA Purification Mini Kit is the most optimal extraction method for Vietnam ivy’s dry leaves. A preliminary analysis of the phylogenetic tree based on the GBSSI marker showed that ivy growing in a number of northern mountainous provinces of Vietnam belonged to the H. nepalensis K. Koch species. The high - quality total DNA will allow us to amplify different DNA markers, providing valuable genetic information to preserve and develop medicinal resources in Vietnam. Keywords: GBSSI, Hedera nepalensis K. Koch, DNA extraction. _______ Corresponding author. Email address: longdd.ksh@gmail.com https://doi.org/10.25073/2588-1132/vnumps.4165 88 VNU Journal of Science: Medical and Pharmaceutical Sciences, Vol. 35, No. 1 (2019) 88-95Đánh giá hiệu quả tách chiết DNA tổng số từ một số quy trìnhphân tích khác nhau và bước đầu phân tích đa dạng di truyềnnguồn gen Dây Thường Xuân (Hedera nepalensis K. Koch.) dựa vào chỉ thị GBSSI Đinh Đoàn Long1,*, Nguyễn Xuân Bách1, Nguyễn Thị Thu Thảo1, Phạm Thị Hồng Nhung1, Đỗ Thị Lệ Hằng1, Vũ Thị Thơm1, Phạm Thanh Huyền2, 1 Khoa Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội, 144 Xuân Thủy, Cầu Giấy, Hà Nội, Việt Nam 2 Viện Dược liệu, 3B Quang Trung, Hoàn Kiếm, Hà Nội, Việt Nam Nhận ngày 03 tháng 5 năm 2019 Chỉnh sửa ngày 09 tháng 5 năm 2019; Chấp nhận đăng ngày 21 tháng 6 năm 2019 Tóm tắt: Dây thường xuân (Hedera nepalensis K. Koch.) là cây thuốc từ lâu đã được sử dụng trong y học cổ truyền nhưng thông tin về hệ gen của chúng còn rất hạn chế. Ở thực vật, lựa chọn được phương pháp tách chiết DNA hiệu quả là bước rất quan trọng, có ảnh hưởng lớn đến các phân tích di truyền tiếp theo. Trong nghiên cứu này, bốn phương pháp tách chiết DNA khác nhau từ mẫu lá khô Dây thường xuân đã được sử dụng để tìm ra phương pháp hiệu quả nhất. Các phương pháp tách chiết khác nhau cho DNA tổng số có nồng độ dao động từ 10,5 đến 437,4 ng/μl; độ tinh sạch đánh giá thông qua chỉ số hấp thụ quang đo ở bước sóng 260 và 280 nm dao động từ 1,8 đến 2,2. Dựa trên kết quả khuếch đại gen mã hóa enzym tạo liên kết hạt GBSSI bằng kỹ thuật PCR, GeneJET Plant Genomic DNA Purification Mini Kit được đánh giá có hiệu quả thu hồi DNA tổng số có chất lượng tốt nhất với mẫu lá khô Dây thường xuân. Bước đầu phân tích trên chỉ thị GBSSI, cây phát sinh chủng loại xây dựng từ các mẫu Dây thường xuân cho thấy các mẫu này thuộc loài H. nepalensis K. Koch. Nghiên cứu này cho thấy nguồn DNA tổng số chất lượng cao sẽ cho phép nhân dòng được các chỉ thị DNA khác với hiệu quả cao, qua đó cung cấp thông tin di truyền có giá trị cho phân loại, bảo tồn và phát triển nguồn dược liệu ở Việt Nam. Từ khóa: GBSSI, Dây thường xuân, Hedera nepalensis, tách chiết DNA tổng số._______ Tác giả liên hệ. Địa chỉ email: longdd.ksh@gmail.com https://doi.org/10.25073/2588-1132/vnumps.4165 8990 D.D. Long et al. / VNU Journal of Science: Medical and Pharmaceutical Sciences, Vol. 35, No. 1 (2019) 88-951. Đặt vấn đề quyết nhu cầu khai thác hiệu quả và quản lý bền vững nguồn tài nguyên dược liệu. Với Dây Chi Hedera trong hệ thống phân loại thực vật thường xuân, phân loại dựa vào đặc điểm hìnhthuộc họ Nhân sâm (Araliaceae), được ghi nhận thái có thể nhầm lẫn do mức độ phân hóa lớn củatổng cộng có 15 loài với đặc điểm hình thái lá cây (phần hay được thu hái làm thuốc). Ngàychung dạng dây leo [1]. Trong đó, hai loài được nay, ứng dụng sinh học phân tử là phương phápnghiên cứu và sử dụng làm thuốc phổ biến hơn tiếp cận hiệu quả giúp phân loại thực vật dựa trêncả là Thường xuân (Hedera he ...