Luận án Tiến sĩ Hóa Học: Góp phần nghiên cứu phản ứng thủy phân acetylcholine với xúc tác enzym acetylcholinesterase bằng phương pháp hóa tin

Mục đích của luận án là tập trung làm sáng tỏ cơ chế xúc tác của một nhóm enzym xúc tác cho phản ứng thủy phân - enzym esterase, cụ thể là enzym acetylcholinesterase bằng các phương pháp hóa tin. Mời các bạn tham khảo!
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận án Tiến sĩ Hóa Học: Góp phần nghiên cứu phản ứng thủy phân acetylcholine với xúc tác enzym acetylcholinesterase bằng phương pháp hóa tin ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN TỐNG THỊ THU CÚC GÓP PHẦN NGHIÊN CỨU PHẢN ỨNG THỦY PHÂN ACETYLCHOLINE VỚI XÚC TÁC ENZYMACETYLCHOLINESTERASE BẰNG PHƢƠNG PHÁP HÓA TIN LUẬN ÁN TIẾN SĨ HÓA HỌC Hà Nội - 2015 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN TỐNG THỊ THU CÚC GÓP PHẦN NGHIÊN CỨU PHẢN ỨNG THỦY PHÂN ACETYLCHOLINE VỚI XÚC TÁC ENZYMACETYLCHOLINESTERASE BẰNG PHƢƠNG PHÁP HÓA TIN Chuyên ngành: Hóa lý thuyết và Hóa lý Mã số: 62.44.01.19 LUẬN ÁN TIẾN SĨ HÓA HỌC CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC CẤP ĐẠI HỌC QUỐC GIA 1. TS. Nguyễn Hữu Thọ GS. TSKH. ĐẶNG ỨNG VẬN 2. GS. TS. Lâm Ngọc Thiềm Hà Nội - 2015 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số liệu, kếtquả trong luận án là trung thực và chưa từng được ai công bố trong bất kỳ các côngtrình nào khác. Tác giả Tống Thị Thu Cúc MỤC LỤCLỜI CAM ĐOAN ......................................................................................................0MỤC LỤC ..................................................................................................................1DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT .................................................3DANH MỤC CÁC BẢNG..........................................................................................4DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ, ĐỒ THỊ .....................................................................6MỞ ĐẦU ...................................................................................................................10CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN .....................................................................................13 1.1. Tổng quan đối tượng nghiên cứu ................................................................13 1.1.1. Cấu trúc ..................................................................................................13 1.1.2. Cơ chế phản ứng xúc tác enzym ...........................................................21 1.1.3. Một số chất ức chế đối với acetylcholinesterase..................................24 1.2. Tình hình nghiên cứu ...................................................................................26 1.3. Tổng quan phương pháp nghiên cứu .........................................................27 1.3.1. Phương pháp cơ học phân tử ................................................................27 1.3.2. Phương pháp phiếm hàm mật độ .........................................................31 1.3.3. Phương pháp kết hợp cơ học lượng tử - cơ học phân tử (QM/MM) 37 1.3.4. Kĩ thuật protein docking .......................................................................39CHƢƠNG 2. NGUỒN DỮ LIỆU VÀ CÔNG CỤ NGHIÊN CỨU .........................41 2.1. Nguồn dữ liệu ................................................................................................41 2.2. AutoDock Vina 1.1.1 ....................................................................................45 2.3. Gaussian 09W và GaussView 5.0.8 .............................................................45CHƢƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN...............................................................49 3.1. Kết quả khảo sát docking cho cơ chất acetylcholine .................................49 3.1.1. Kết quả docking đối với acetylcholinesterase ở cá đuối điện ............49 3.1.2. Kết quả docking đối với acetylcholinesterase ở người .......................54 3.2. Kết quả tính QM/MM cho phản ứng thủy phân acetylcholine nhờ xúc tác enzym ở cá đuối điện và ở người ..................................................................57 3.2.1. Kết quả tính QM/MM cho phản ứng ở cá đuối điện ..........................57 1 3.2.2. Kết quả tính QM/MM cho phản ứng ở người .....................................76 3.3. Kết quả khảo sát ảnh hưởng của một số chất đến acetylcholinesterase .96 3.3.1. Kết quả docking của donepezil .............................................................98 3.3.2. Kết quả docking của galantamin ........................................................101 3.3.3. Kết quả docking của tacrin .................................................................105 3.3.4. Kết quả docking của neostigmin ........................................................109 3.3.5. Kết quả docking của physostigmin ....................................................112 3.3.6. Kết quả docking của rivastigmin .......................................................116 3.3.7. Ảnh hưởng của các chất ức chế khi gắn kết ngoài hốc phản ứng ...119KẾT LUẬN .............................................................................................................122KIẾN NGHỊ VỀ NHỮNG NGHIÊN CỨU TIẾP THEO .......................................123CÁC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA TÁC GIẢ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN.................................................................................................................................124TÀI LIỆU THAM KHẢO .......................................................................................125PHỤ LỤC 1 .............................................................................................................1 ...