Luận án Tiến sĩ Toán học: Phương pháp đánh chỉ số cho tài liệu XML tin sinh học dựa trên R-Tree

Đề tài nghiên cứu phương pháp đánh chỉ số dựa trên phương pháp R-tree đế nhằm tăng hiệu quả các truy vấn Xpath trên dữ liệu XML, thông qua dữ liệu trung gian được chuyển đổi về dạng tọa độ số của các tags. Dữ liệu XML mục tiêu là từ một tài liệu XML tin sinh học, sử dụng phương pháp chuyển đổi dữ liệu văn bản có cấu trúc XML về dữ liệu dạng số mà biểu diễn được trên không gian 2 chiều (có thể mở rộng lên nhiều chiều).
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận án Tiến sĩ Toán học: Phương pháp đánh chỉ số cho tài liệu XML tin sinh học dựa trên R-TreeBỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ……..….***………… ĐINH ĐỨC LƢƠNG PHƢƠNG PHÁP ĐÁNH CHỈ SỐ CHO TÀI LIỆU XML TIN SINH HỌC DỰA TRÊN R-TREE LUẬN ÁN TIẾN SĨ TOÁN HỌC Hà Nội - 2019 VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ……..….***………… ĐINH ĐỨC LƢƠNGPHƢƠNG PHÁP ĐÁNH CHỈ SỐ CHO TÀI LIỆU XML TIN SINH HỌC DỰA TRÊN R-TREE LUẬN ÁN TIẾN SĨ TOÁN HỌC Chuyên ngành: Cơ sở toán học cho tin học Mã số: 9 46 01 10 Người hướng dẫn khoa học: 1. TS. Hoàng Đỗ Thanh Tùng 2. PGS. TS. Đặng Hữu Đạo Hà Nội - 2019 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, được hoàn thànhdưới sự hướng dẫn của TS. Hoàng Đỗ Thanh Tùng và PGS.TS. Đặng Hữu Đạo.Các kết quả nêu trong luận án là trung thực và chưa từng được công bố trong bất kỳcông trình nào khác. Tôi xin chịu trách nhiệm về những lời cam đoan của mình. Hà nội, tháng 10 năm 2019 Tác giả LỜI CẢM ƠN Luận án này được hoàn thành với sự nỗ lực không ngừng của tác giả và sựgiúp đỡ hết mình từ các thầy giáo hướng dẫn, bạn bè và người thân. Đầu tiên, tác giả xin bày tỏ lời tri ân sâu sắc tới PGS.TS. Đặng Hữu Đạo vàTS. Hoàng Đỗ Thanh Tùng, những thầy giáo đã tận tình hướng dẫn tác giả hoànthành luận án này. Tác giả xin gửi lời cảm ơn tới các thầy, cô giáo và cán bộ của Viện Côngnghệ thông tin, Học viện Khoa học và Công nghệ (Viện Hàn lâm Khoa học và Côngnghệ Việt Nam) đã nhiệt tình giúp đỡ và tạo ra môi trường nghiên cứu tốt để tác giảhoàn thành công trình của mình; trân trọng cảm ơn các thầy, cô và các đồng nghiệpở các nơi mà tác giả tham gia viết bài đã có những góp ý chính xác để tác giả cóđược những công bố như ngày hôm nay. Tác giả xin cảm ơn Ban Giám hiệu trường Cao đẳng Công nghiệp Thựcphẩm, các đồng nghiệp nơi tác giả công tác đã ủng hộ, tạo mọi điều kiện tốt nhất đểluận án được hoàn thành đúng thời hạn. Cuối cùng, tác giả xin gửi tới bạn bè, người thân lời cảm ơn chân thành nhấtvì đã đồng hành cùng tác giả trong suốt thời gian qua. Hà Nội, tháng 10 năm 2019 Đinh Đức Lương i MỤC LỤCMỤC LỤC.................................................................................................................................. iDanh mục các thuật ngữ........................................................................................................ iiiBảng các ký hiệu, từ viết tắt .................................................................................................. ivDanh sách bảng ........................................................................................................................ vDanh sách các thuật toán....................................................................................................... viDanh sách hình vẽ .................................................................................................................. viiMỞ ĐẦU ................................................................................................................................... 1Chương 1. TỔNG QUAN....................................................................................................... 5 1.1. Tin sinh học và các nguồn dữ liệu ................................................................. 5 1.1.1. Tin sinh học ................................................................................5 1.1.2. Các nguồn dữ liệu .......................................................................6 1.1.3. Vấn đề tin sinh học và cơ sở dữ liệu sinh học ............................ 10 1.2. Các phương pháp đánh chỉ số dữ liệu sinh học và tin sinh học.................... 13 1.2.1. Chỉ số và mô hình bộ nhớ ngoài ................................................ 13 1.2.2. Các phương pháp đánh chỉ số cho dữ liệu sinh học ................... 14 1.2.2.1. Các thuật toán so sánh tương đồng thông qua chuỗi đại diện14 ...