Luận án Tiến sĩ Vi sinh vật học: Nghiên cứu đặc điểm kháng kháng sinh và gen liên quan ở các chủng Salmonella đa kháng

Mục tiêu nghiên cứu của Luận án nhằm phân lập và định danh các chủng Salmonella từ thịt lợn, thịt bò, và thịt gà tại các chợ bán lẻ ở khu vực Hà Nội; xác định đặc điểm kháng kháng sinh của các chủng Salmonella phân lập được; phân tích các nhóm gen ở các chủng Salmonella đa kháng kháng sinh.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận án Tiến sĩ Vi sinh vật học: Nghiên cứu đặc điểm kháng kháng sinh và gen liên quan ở các chủng Salmonella đa khángBỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ----------------------------- NGUYỄN THANH VIỆT NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM KHÁNG KHÁNG SINH VÀGEN LIÊN QUAN Ở CÁC CHỦNG Salmonella ĐA KHÁNG LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC HÀ NỘI – 2020 VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ……..….***………… NGUYỄN THANH VIỆT LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM KHÁNG KHÁNG SINH VÀGEN LIÊN QUAN Ở CÁC CHỦNG Salmonella ĐA KHÁNG Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã sỗ: 9 42 01 07 Người hướng dẫn khoa học: 1. GS. TS. Nghiêm Ngọc Minh 2. PGS. TS. Võ Thị Bích Thủy Hà Nội – 2020 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan các số liệu sử dụng phân tích trong luận án cónguồn gốc rõ ràng, đã công bố theo đúng quy định. Các kết quả nghiêncứu trong luận án do tôi tự tìm hiểu, phân tích một cách trung thực, kháchquan. Các kết quả nghiên cứu này đã được công bố trên các tạp chí quốctế và tạp chí chuyên ngành trong nước với sự đồng ý của các đồng tác giả.Các kết quả này chưa từng được công bố trong bất kỳ nghiên cứu nào củatác giả khác. Tác giả luận án Nguyễn Thanh Việt Lời cảm ơn Để hoàn thành luận án này, trước tiên tôi xin cảm ơn GS. TS. NghiêmNgọc Minh, Phó Viện trưởng Viện Nghiên cứu Hệ gen và PGS. TS. Võ ThịBích Thủy, Phó Trưởng phòng Hệ gen học Vi sinh, Viện Nghiên cứu Hệ gen,Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam đã trực tiếp hướng dẫn, truyềnđạt những kiến thức và kinh nghiệm quý báu trong quá trình học tập. Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám đốc Học viện Quân y, Ban Giámđốc Viện Nghiên cứu Y dược học Quân sự, Học viện Quân y, Bộ Quốc phòngđã tạo điều kiện cho tôi được học tập tại Học viện Khoa học và Công nghệ,Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam. Tôi xin chân thành cảm ơn Ban lãnh đạo viện Nghiên cứu hệ gen đã tạođiều kiện cho tôi được học tập và nghiên cứu tại viện. Cảm ơn TS. Nguyễn ThịThanh Ngân, chuyên viên đào tạo Viện Nghiên cứu hệ gen đã giúp đỡ tôi hoànthành những thủ tục cần thiết trong quá trình học tập. Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám đốc Học viện Khoa học và Côngnghệ, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam, Phòng Đào tạo, Họcviện Khoa học và Công nghệ đã tạo điều kiện để tôi hoàn thành khóa học. Tôi xin cảm ơn Khoa xét nghiệm, Viện Bỏng Quốc gia Lê Hữu Trác,Học viện Quân y đã giúp tôi thực hiện một số thí nghiệm trong quá trình thựchiện đề tài. Tôi xin cảm ơn TS. Moreland Gibbs, Trung tâm hỗ trợ phần mềmGenenious, New Zealand, đã giúp đỡ tôi trong quá trình phân tích số liệu. Cảmơn các đồng nghiệp đã đóng góp, giúp đỡ tôi hoàn thiện luận án của mình. Cuối cùng, tôi xin cảm ơn sâu sắc đến gia đình, những người bạn thânthiết đã luôn bên cạnh, động viên và giúp đỡ tôi trong quá trình học tập. Nghiên cứu sinh Nguyễn Thanh ViệtDANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮTViết tắt Viết đầy đủ Tên tiếng việtAM AmpicillinBHI Brain Heart Infusion Broth Canh thang BHIC ChloramphenicolCAZ CeftazidimeCIP CiprofloxacinDNA Deoxyribonucleic Acid Axit đêôxiribônuclêicRNA Ribonucleic Acid Axit ribônuclêicGN GentamycinGI Genomic IslandKSĐ Kháng sinh đồLCS Longest Contig Size Độ dài contig dài nhấtLPS LipopolysaccharideMDR Multidrug Resistance Đa kháng kháng sinhMSS Mean Sequence Size Kích thước trung bình của trình tựNC Number of Contigs Số lượng các contigNGS Next Generation Sequencing Giải trình tự thế hệ mớiOMP Outer Membrane Protein Protein màng ngoàiR Resistant Đề khángS Sensitive Nhạy cảmSTR StreptomycinSCS Shortest Contig Size Độ dài contig ngắn nhấtSXT Sulfamethoxazol/TrimetoprimTE Tetracycline MỤC LỤC TrangTrang phụ bìaLời cam đoanLời cảm ơnDanh mục các từ viết tắtMục lụcDanh mục các bảngDanh mục các hình vẽ, đồ thịMỞ ĐẦU .......................................................................................................... 1Chư ...