Luận văn: Kiểm định và so sánh các mô hình biến đổi amino acid cho virút cúm

Với sự phát triển mạnh mẽ của công nghệ sinh học, một khối lượng lớn dữ liệu sinh học phân tử (gene, protein, genome) đã được thu thập, lưu trữ và chia sẻ tại các ngân hàng dữ liệu thế giới như NCBI (National center for biotechnology information).
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn: Kiểm định và so sánh các mô hình biến đổi amino acid cho virút cúm ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ Phan Duy TùngKIỂM ĐỊNH VÀ SO SÁNH CÁC MÔ HÌNH BIẾN ĐỔI AMINO ACID CHO VIRÚT CÚM KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC HỆ CHÍNH QUY Ngành: khoa học máy tính HÀ NỘI - 2009 -1- ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ Phan Duy TùngKIỂM ĐỊNH VÀ SO SÁNH CÁC MÔ HÌNH BIẾN ĐỔI AMINO ACID CHO VIRÚT CÚM KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC HỆ CHÍNH QUY Ngành: khoa học máy tính Cán bộ hướng dẫn: TS. Lê Sỹ Vinh HÀ NỘI - 2009 -2- Tóm tắt khóa luận Khóa luận với đề tài “kiểm định và so sánh các mô hình biến đổi amino acid chovirút cúm”. Đề tài này chúng tôi đã thực hiện những công việc sau: 1. Nghiên cứu tổng quan về sinh học phân tử và tin sinh học. 2. Nghiên cứu mô hình biến đổi amino acid. 3. Kiểm thứ mô hình I09 cho virút cúm và so sánh với các mô hình khác như: LG, WAG, HIVw, HIVb, JTT ……Kết quả cho thấy I09 [31] tốt hơn các mô hình khác khi áp dụng cho dữ liệu virút cúm. -3- Lời cảm ơn Tôi xin chân thành cảm ơn Tiến sỹ Lê Sỹ Vinh là người trực tiếp, nhiệt tìnhhướng dẫn tôi làm khóa luận tốt nghiệp trong thời gian qua. Tôi xin gửi lời cảm ơn tới thạc sỹ Đặng Cao Cường người đã giúp đỡ tôi rấtnhiều trong quá trình làm khoán luận tốt nghiệp. Tôi xin gửi lời cảm ơn tới toàn thể các thầy giáo, cô giáo tại Trường Đại HọcCông Nghệ những người đã hết lòng dạy cho tôi những kiến thức hết sức bổ ích trong4 năm học tại trường. Xin cảm ơn gia đình và những người bạn đã dành cho tôi tình thương yêu và sựhỗ trợ tốt nhất. -4- Mục lụcLời nói đầu ...................................................................................................................... 1Chương 1: Tổng quan về sinh học phân tử và .................................................................. 2Một số khái niệm khái niệm tin sinh ................................................................................ 2 1.1 Sinh học phân tử...................................................................................................... 2 1.2 Sắp hàng đa chuỗi ................................................................................................... 4 1.3 Cây phân loài .......................................................................................................... 6Chương 2: Mô hình thay thế nucleotide và....................................................................... 7Mô hình thay thế amino acids .......................................................................................... 7 2.1 Mô hình của chuỗi tiến hóa ..................................................................................... 7 2.2 Mô hình thay thế của nucleotide .............................................................................. 9 2.3 Mô hình thay thế của amino acid ........................................................................... 13Chương 3: Virút ............................................................................................................. 17 3.1 Khái niệm cơ bản về virút ..................................................................................... 17 3.2 Phân loại Virút ...................................................................................................... 17 3.3 Virút cúm .............................................................................................................. 18Chương 4: Quá trình thực hiện kết quả .......................................................................... 21 4.1 Sơ lược về chương trình ........................................................................................ 22 4.2 Những điểm cần chú ý trong chương trình ............................................................. 22 4.3 Quá trình thực hiện ................................................................................................ 24 Kết luận ...................................................................................................................... 31Chương 5: Tổng kết – Đánh giá ..................................................................................... 32 5.1 Tổng kết ................................................................................................................ 32 5.2 Những đóng góp .................................................................................................... 32 5.3 Hướng phát triển ................................................................................................... 32Tài liệu tham khảo ......................................................................................................... 33Hình tham khảo ............................................................................................................. 36 -5- Lời nói đầu Tin sinh (Bioinformatics), Bio:sinh học phân tử (Molecular Biology), Informatics(Khoa học máy tính). Bioinformatics: giải quyết các bài toán sinh học bằng việc sửdụng các phương pháp của khoa học máy tính. Với sự phát triển mạnh mẽ của côngnghệ sinh học, một khối lượng lớn dữ liệu sinh học phân tử (gene, protein, genome) đãđược thu thập, lưu trữ và chia sẻ tại các ngân hàng dữ liệu thế giới như NCBI(National center for biotechnology information). Tin sinh học hiện đang được ứngdụng phổ biến trong sinh học phân tử, ...