Luận văn Thạc sĩ hệ thống thông tin: Các phương pháp dự đoán và ứng dụng vào bài toán đoán nhận khả năng ức chế gen của siRNA

Nội dung luận văn được chia làm năm chương chính: Chương 1: Giới thiệu tổng quan về đoạn ngắn RNA có khả năng ức chế (siRNA); chương 2: Các quy tắc thiết kế siRNA hiệu quả, chương 3: Phương pháp dự đoán khả năng ức chế gen của siRNA; chương 4: Thực nghiệm đánh giá; và cuối cùng chương 5: Kết luận.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn Thạc sĩ hệ thống thông tin: Các phương pháp dự đoán và ứng dụng vào bài toán đoán nhận khả năng ức chế gen của siRNAĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘITRƢỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆNGUYỄN BÁ QUÂNCÁC PHƢƠNG PHÁP DỰ ĐOÁN VÀ ỨNG DỤNG VÀO BÀI TOÁN ĐOÁNNHẬN KHẢ NĂNG ỨC CHẾ GEN CỦA siRNALUẬN VĂN THẠC SĨ HỆ THỐNG THÔNG TINHÀ NỘI – 2016ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘITRƢỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆNGUYỄN BÁ QUÂNCÁC PHƢƠNG PHÁP DỰ ĐOÁN VÀ ỨNG DỤNG VÀO BÀI TOÁN ĐOÁNNHẬN KHẢ NĂNG ỨC CHẾ GEN CỦA siRNANgành:Hệ thống thông tinChuyên ngành:Hệ thống thông tinMã số:60 48 01 04LUẬN VĂN THẠC SĨ HỆ THỐNG THÔNG TINNGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: TS. BÙI NGỌC THĂNGHÀ NỘI - 20161LỜI CAM ĐOANTôi xin cam đoan luận văn này là công trình nghiên cứu của riêng tôi dưới sựhướng dẫn của cán bộ hướng dẫn khoa học, thầy giáo, TS. Bùi Ngọc Thăng, các kếtquả đạt được trong luận văn này là quá trình tìm hiểu, nghiên cứu của riêng tôi. Trongtoàn bộ nội dung của luận văn, những điều được trình bày là của cá nhân tôi hoặc làđược tổng hợp từ nhiều nguồn tài liệu khác. Các tài liệu tham khảo đều có xuất xứ rõràng và được trích dẫn hợp pháp.Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm và chịu mọi hình thức kỷ luật theo quy địnhcho lời cam đoan của mình.Hà Nội, ngày …… tháng ..… năm 2016Học viên thực hiện luận vănNguyễn Bá Quân2LỜI CẢM ƠNĐầu tiên, tôi muốn gửi lời cảm ơn sâu sắc nhất đến cán bộ hướng dẫn khoa học,thầy giáo, TS. Bùi Ngọc Thăng, người đã đưa tôi đến lĩnh vực nghiên cứu này và đãtrực tiếp giảng dạy trong suốt quá trình tôi học tập, nghiên cứu tại trường Đại họcCông Nghệ - Đại học Quốc Gia Hà Nội, thầy luôn truyền cho tôi nguồn cảm hứng,nhiệt huyết nghiên cứu khoa học và hết sức tận tình hướng dẫn tôi, cho tôi những lờikhuyên quý báu. Mặc dù thầy rất bận với công việc giảng dạy và nghiên cứu nhưngthầy đã dành cho tôi nhiều thời gian thảo luận các ý tưởng nghiên cứu, chỉ dẫn cáchnghiên cứu, giải đáp thắc mắc và động viên tôi vượt qua những vấn đề khó khăn cũngnhư hướng tôi tới nhiều vấn đề có giá trị khác khiến tôi muốn tìm hiểu và nghiên cứutrong tương lai.Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Thầy, Cô giáo các anh chị và các bạntrong bộ môn Hệ thống thông tin, Khoa Công nghệ thông tin, những người đã nhiệttình giúp tôi mở rộng kiến thức về Công nghệ thông tin nói chung và Hệ thống thôngtin nói riêng, đó là những kiến thức quý báu và sẽ rất có ích với tôi trong giai đoạnhiện tại và tương lai.Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới Ban Giám hiệu Nhà trường, Phòng Đàotạo sau đại học, Đại học Công nghệ - Đại học Quốc gia Hà Nội đã tạo điều kiện tốtnhất giúp tôi trong suốt quá trình học tập.Qua tất cả tôi gửi đến gia đình thân yêu mọi tình cảm của mình, cảm ơn bố mẹđã luôn luôn tin tưởng, luôn luôn là chỗ dựa vững chắc, cảm ơn các anh chị em đãdành mọi điều kiện để giúp tôi tập trung vào nghiên cứu.Học viên thực hiện luận vănNguyễn Bá Quân3MỤC LỤCLỜI CAM ĐOAN ...................................................................................................................1LỜI CẢM ƠN .........................................................................................................................2MỤC LỤC ................................................................................................................................3DANH SÁCH HÌNH VẼ.......................................................................................................5DANH SÁCH B ẢNG BIỂU .................................................................................................6DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT ...........................................................................................7MỞ ĐẦU ..................................................................................................................................8CHƢƠNG 1. GIỚI THIỆU TỔNG QUAN VỀ ĐOẠN NGẮN RNA CÓ KHẢNĂNG ỨC CHẾ (siRNA) .................................................................................................. 101.1. Can thiệp RNA ........................................................................................................... 101.1.1. Các cơ chế, thành phần chính của RNAi.......................................................... 101.1.2. Vai trò của RNAi................................................................................................. 111.1.3. Thành phần của RNAi ........................................................................................ 121.1.4. Nghiên cứu can thiệp RNA ................................................................................ 121.2. Nghiên cứu siRNA..................................................................................................... 151.2.1. Lịch sử nghiên cứu siRNA................................................................................. 151.2.2. Chức năng của siRNA ........................................................................................ 161.2.3. Ứng dụng siRNA................................................................................................. 161.2.4. Những thách thức trong nghiên cứu siRNA .................................................... 181.3. Kết luận ....................................................................................................................... 22CHƢƠNG 2. CÁC QUY TẮC THIẾT KẾ siRNA HIỆU QUẢ ............................... 232.1 Quy tắc thiết kế siRNA .............................................................................................. 232.2. Quy tắc thiết kế siRNA hiệu quả trong phương pháp sinh học............................ 232.3. Các quy tắc thiết kế trong cách tiếp cận sinh học tính toán.................................. 272.4. Kết luận ....................................................................................................................... 29CHƢƠNG 3. PHƢƠNG PHÁP DỰ ĐOÁN KHẢ NĂNG ỨC CHẾ CỦA siRNA 303.1. Tổng quan một số phương pháp xây dựng mô hình ...