Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Đánh giá bộ kit ForenSeq trên hệ thống MiSeq FGx ứng dụng trong định danh cá thể người Việt Nam

Mục đích nghiên cứu của luận văn nhằm đánh giá bộ kit ForenSeqTM DNA Signature Prep trên hệ thống giải trình tự thế hệ mới MiSeq® FGx với bộ AmpFℓSTR® Identifiler® Plus PCR Amplification Kit trên hệ thống điện di mao quản. Khảo sát và xây dựng tần số của 5 locus STR là D4S2408, D6S1043, D9S1122, D17S1301, D20S482 và 94 SNP mang thông tin nhận dạng ứng dụng trong định danh cá thể người Việt Nam.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Đánh giá bộ kit ForenSeq trên hệ thống MiSeq FGx ứng dụng trong định danh cá thể người Việt NamĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘITRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN----------------Nguyễn Thị Hồng NhungĐÁNH GIÁ BỘ KIT FORENSEQ TRÊN HỆ THỐNGMiSeq FGx ỨNG DỤNG TRONG ĐỊNH DANH CÁ THỂNGƢỜI VIỆT NAMdẫNLUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌCHà Nội - 2016ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘITRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN----------------Nguyễn Thị Hồng NhungĐÁNH GIÁ BỘ KIT FORENSEQ TRÊN HỆ THỐNGMiSeq FGx ỨNG DỤNG TRONG ĐỊNH DANH CÁ THỂNGƢỜI VIỆT NAMChuyên ngành : Di truyền họcMã số: 60420121dẫNLUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌCCán bộ hướng dẫn: TS. Nguyễn Văn Sángdẫn:TS. Võhị Thươn LanHà Nội - 2016Lời cảm ơnĐể thực hiện thành công khóa luận tốt nghiệp này, em xin gửi lời cảm ơn sâusắc đến Đại tá Hà Quốc Khanh nguyên Viện phó Viện Khoa học Hình sự cùng vớithầy Nguyễn Văn Sáng, người đã hướng dẫn, chỉ bảo tận tình trong suốt thời gianem thực hiện đề tài.Em xin gửi lời cảm ơn đến Thạc sĩ – Trung tá Trịnh Tuấn Toàn và Thạc sĩNguyễn Quang Vinh, và các cán bộ giám định viên tại Phòng giám định Sinh họcPháp lý, các nhân viên tại công ty Cổ phần và dịch vụ phân tích di truyền GENTIS,các nhân viên tại công ty Cổ phẩn Khoa học Vật tư BIOMEDIC đã cung cấp cácmẫu hiện trường, mẫu trong quần thể người Việt và những thông tin cần thiết tạođiều kiện thuận lợi cho em thực hiện tốt đề tài.Trong thời gian hoàn thành khóa luận, em đã nhận được sự quan tâm, giúpđỡ và động viên của Đại tá Hà Quốc Khanh và các anh chị cùng các bạn trongPhòng Kỹ thuật Ứng dụng, thuộc công ty BIOMEDIC. Em xin chân thành cảm ơn!Cuối cùng em xin gửi lòng biết ơn tới gia đình, bạn bè thân thiết đã độngviên, bên cạnh em trong thời gian em thực hiện khóa luận này.Hà Nội, ngày 20 tháng 12 năm 2016Sinh viênNguyễn Thị Hồng NhungLuận văn cao học - 2016Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CHKÝ HIỆU VÀ CHỮ CÁI VIẾT TẮTbp:base pairCluster:Cụm khuếch đại của ADN khuôn được gắn trên bề mặt flowcell.Mỗi cụm được khuếch đại từ một sợi ADN khuôn ban đầu chođến khi có khoảng 1000 bản sao. Mỗi cluster sẽ tạo ra một trìnhtự đọc duy nhất.CODIS:Combined DNA Index Systemcs.:cộng sựDNA:Deoxyribonucleic acidH2O:Nướckb:kilobase = 1000 bpIndex:Là trình tự ADN tag được gắn vào các trình tự đích, cho phépkết hợp nhiều mẫu trong một bể thư viện và phân tách dữ liệusau khi đã hoàn thành lần chạyNGS:Next – Generation SequencingPCR:Polymerase Chain ReactionSTR:Short Tandem RepeatsSNP:Single Nucleotide PolymorphismSBS:Sequencing by Synthesisstutter:Hiện tượng polymerase bị trượt có thể xuất hiện trong quá trìnhkhuếch đại các trình tự lặp lại, quy trình chuẩn bị thư viện, tạocluster. Có thể tạo ra các đoạn ADN đích có kích thước bé đihoặc là lớn hơn kích thước trình tự đíchRFLP:Restriction Fragment Length PolymorphismLuận văn cao học - 2016Nguyễn Thị Hồng Nhung – K23CHDANH MỤC CÁC BẢNGTrangBảng 1.1:Các bộ kit STRs thương mại phổ biến trên thị trường6Bảng 1.2:So sánh chỉ thị STRs và SNPs8Bảng 3.1:Số alen quan sát được trên STR và SNP trong dải pha loãng củađối chứng dương 2800M28Bảng 3.2:Kết quả thí nghiệm trên bộ kit Identifiler Plus29Bảng 3.3:Kết quả thí nghiệm trên bộ kit ForenSeq30Bảng 3.4:Nồng độ mẫu đo bằng phương pháp qPCR32Bảng 3.5:Độ độ bao phủ của từng alen trong từng locus khác nhau38Bảng 3.6:Bảng khảo sát tần số SNPs trong quần thể người Việt Nam38Bảng 3.7:Tần suất xuất hiện các alen trên 5 locus mới của hệ ForenSeq40Bảng 3.8:Số lượng kiểu gen quan sát được ở locus D4S240841Bảng 3.9:Số lượng kiểu gen quan sát được ở locus D6S104342Bảng 3.10:Số lượng kiểu gen quan sát được ở locus D9S112243Bảng 3.11:Số lượng kiểu gen quan sát được ở locus D17S130144Bảng 3.12:Số lượng kiểu gen quan sát được ở locus D20S48244