Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Nghiên cứu tạo aptamer đặc hiệu vi khuẩn Escherichia coli O157:H7

Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Nghiên cứu tạo aptamer đặc hiệu vi khuẩn Escherichia coli O157:H7 được thực hiện với mục tiêu nhằm xây dựng được quy trình sàng lọc và sàng lọc được phân tử aptamer có khả năng nhận biết đặc hiệu vi khuẩn E. coli O157:H7. Mời các bạn cùng tham khảo.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Nghiên cứu tạo aptamer đặc hiệu vi khuẩn Escherichia coli O157:H7 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘITRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN --------------------- NGUYỄN THANH THỦYNGHIÊN CỨU TẠO APTAMER ĐẶC HIỆU VI KHUẨN Escherichia coli O157:H7 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội – 2013 i ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN --------------------- NGUYỄN THANH THỦY NGHIÊN CỨU TẠO APTAMER ĐẶC HIỆU VI KHUẨN Escherichia coli O157:H7Chuyên ngành: Vi sinh vật họcMã số: 60420107 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: TS. LÃ THỊ HUYỀN GS.TS PHẠM VĂN TY Hà Nội – 2013 ii LỜI CẢM ƠN Trong suốt quá trình thực hiện đề tài, tôi đã nhận được sự hướng dẫn, giúp đỡrất tận tình của Phòng Công nghệ Tế bào động vật - Viện Công nghệ Sinh học - ViệnHàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam và Bộ môn Vi sinh vật học - Khoa Sinhhọc, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên. Trước hết, tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành và sâu sắc nhất đến PGS. TS.Phạm Văn Ty, TS. Lã Thị Huyền đã tận tình hướng dẫn, chỉ bảo và giúp đỡ tôitrong suốt quá trình học tập và nghiên cứu vừa qua. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới PGS. TS. Lê Quang Huấn, Trưởngphòng Phòng Công nghệ Tế bào động vật – Viện Công nghệ Sinh học – Viện Hànlâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam đã tận tình hướng dẫn và tạo mọi điều kiệntrong suốt quá trình nghiên cứu đề tài. Tôi xin gửi lời cảm ơn tới ThS. Nguyễn Thị Thu Thủy và ThS. Lê Thị KimXuân và các cán bộ tại phòng Công nghệ Tế bào động vật đã giúp đỡ rất nhiệt tình vàtạo điều kiện tốt nhất trong quá trình tôi học tập tại đây. Tôi xin gửi lời cảm ơn tới các thầy, cô giảng dạy tại Khoa Sinh học - TrườngĐại học Khoa học Tự nhiên đã dạy bảo tôi trong suốt quá trình học tập, trang bị chotôi nền tảng kiến thức khoa học, phương pháp học tập và nghiên cứu. Cuối cùng, tôi xin cảm ơn gia đình, người thân và bạn bè luôn động viên vàgiúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập và hoàn thành đề tài. Hà Nội, ngày tháng năm Học viên Nguyễn Thanh Thuỷ iii MỤC LỤC DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CÁC CHỮ VIẾT TẮT .........................ivi DANH MỤC CÁC HÌNH ....................................................................... viiii DANH MỤC CÁC BẢNG ....................................................................... viii MỞ ĐẦU ..................................................................................................... 1 CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ....................................................... 3 1.1. Escherichia coli O157:H7 ...................................................................... 3 1.1.1. Giới thiệu chung về E. coli O157:H7 .............................................. 3 1.1.2. Đặc tính của E. coli O157:H7 .......................................................... 5 1.1.3. Nguyên nhân và cơ chế gây bệnh của E. coli O157:H7 ................. 6 1.1.4. Bệnh do E. coli O157:H7 gây ra ..................................................... 10 1.1.5. Tình hình nghiên cứu E. coli O157:H7 trong và ngoài nước ........ 13 1.2. Aptamer ...............................................................................................14 1.2.1. Giới thiệu chung về aptamer ......................................................14 1.2.2. Ƣu điểm của aptamer so với kháng thể .......................................16 1.2.3. Phương pháp làm giàu phát triển hệ thống phối tử cấp số mũ(SELEX) sàng lọc aptamer ............................................................................. 17 1.2.4. Tình hình nghiên cứu và ứng dụng aptamer ........................................ 20 1.2.5. Hạt nano vàng .............................................................................22 1.2.6. Chụp ảnh bằng kính hiển vi điện tử truyền qua (TEM) ....................... 24 CHƢƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ........... 26 2.1. Vật liệu .................................................................................................26 2.1.1. Chủng vi vật và plasmid .................................................................. 26 2.1.2. Hoá chất......................................................................................26 2.1.3. Thiết bị, máy móc .......................................................................26 2.1.4. Môi trường và dung dịch ................................................................. 27 2.2. Phương pháp nghiên cứu .......................................................................27 2.2.1. Phương pháp nuôi cấy vi khuẩn ...................................................... 27 2.2.2. Phương pháp SELEX sàng lọc aptamer đặc hiệu E. coli 0157:H7... .... 28 iv 2.2.3. Phương pháp PCR.......................................................................31 2.2.4. Phương pháp tinh sạch sản phẩm PCR ........................................... 35 2.2.5. Phương pháp điện di trên gel agarose ............................................. 35 2.2.6. Phương pháp gắn gen vào vector tách ...