Luận văn Thạc sĩ Sinh học: Giải mã và phân tích hệ gen virus viêm gan vịt cường độc chủng Ninh Thuận (NT) phân lập tại Việt Nam năm 2013

Mục tiêu của đề tài là thu nhận được trình tự nucleotide của toàn bộ hệ gen của một chủng virus viêm gan vịt cường độc mới phân lập tại Việt Nam năm 2013; phân tích được trật tự sắp xếp của từng vùng gen và đặc điểm phân tử của các phân đoạn gen trong hệ gen.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn Thạc sĩ Sinh học: Giải mã và phân tích hệ gen virus viêm gan vịt cường độc chủng Ninh Thuận (NT) phân lập tại Việt Nam năm 2013 1 VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT ----------------------------------- ĐỖ THỊ ROAN GIẢI MÃ VÀ PHÂN TÍCH HỆ GEN VIRUS VIÊM GAN VỊTCƢỜNG ĐỘC CHỦNG NT PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM NĂM 2013 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Hà Nội – 12/2014 Số hoá bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn 2 VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT ----------------------------------------- ĐỖ THỊ ROAN GIẢI MÃ VÀ PHÂN TÍCH HỆ GEN VIRUS VIÊM GAN VỊTCƢỜNG ĐỘC CHỦNG NT PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM NĂM 2013 Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số : 60420114 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn: TS. ĐOÀN THỊ THANH HƢƠNG Viện Công nghệ sinh học Hà Nội – 12/2014 Số hoá bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn 3 MỞ ĐẦU Bệnh viêm gan vịt do virus (Duck Hepatitis Virus) được coi là một bệnh cổđiển của ngành chăn nuôi gia cầm trên thế giới cũng như tại Việt Nam. Bê ̣nh xảy ra ởvịt con từ 1 đến 6 tuần tuổi, và đặc biệt mẫn cảm với vịt con dưới 1 tuần tuổi, tố c đô ̣lây lan nhanh với tỷ lệ chết rất cao, có khi lên đến 95 – 100% toàn đàn. Bệnh gây thiệthại rất lớn về kinh tế, là mối lo ngại cho các nhà chăn nuôi. Trên thế giới, mặc dù được phát hiện từ trước những năm 1950 nhưng chỉ trongvòng 10 năm gầ n đây virus viêm gan vịt được nghiên cứu sâu sắc ở mức độ sinh họcphân tử gen và hệ gen, đặc biệt về ứng dụng sinh học phân tử trong giám định, nghiêncứu hệ gen, phân loại và tìm hiểu quan hệ sinh học trong họ Picornaviridae. Theoquan điểm phân loại hiện nay, virus viêm gan vịt gồm ba genotype khác nhau:genotype I (DHAV-1), genotype II (DHAV-2) và genotype III (DHAV-3). Tại Việt Nam, từ trước đến nay mới chỉ công bố sự phổ biến của virus viêm ganvịt thuộc genotype I, bao gồm cả các chủng cường độc và vaccine. Tuy nhiên trongnhững điều tra mới đây, virus viêm gan vịt thuộc genotype III đã phát hiện ở một sốđịa phương của Việt Nam. Để làm sáng rõ về đặc điểm phân tử của virus thuộc genotype 3 mới phát hiệnnày, chúng tôi tiến hành nghiên cứu đề tài: “Giải mã và phân tích hệ gen virus viêmgan vịt cường độc chủng Ninh Thuận (NT) phân lập tại Việt Nam năm 2013”. Đềtài được thực hiện với những mục tiêu và nội dung sau:1. Mục tiêu: - Thu nhận được trình tự nucleotide của toàn bộ hệ gen của một chủng virusviêm gan vịt cường độc mới phân lập tại Việt Nam năm 2013. - Phân tích được trật tự sắp xếp của từng vùng gen và đặc điểm phân tử của cácphân đoạn gen trong hệ gen.2. Nội dung: Số hoá bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn 4- Phân lập và thu thập một chủng virus cường độc viêm gan vịt mới phân lập tại tỉnhNinh Thuận (Việt Nam) năm 2013 (Kí hiệu chủng: NT).- Giải mã toàn bộ hệ gen của virus viêm gan vịt chủng NT (có kích thước khoảng 7.8kb).- Phân tích trật tự sắp xếp của các gen theo từng vùng gen.- So sánh trình tự nucleotide của chủng NT với các chủng virus viêm gan vịt khác củaViệt Nam và thế giới.- Xây dựng cây phả hệ và vị trí phân loại. Số hoá bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn 5 Chương 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU1.1. ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC CỦA VIRUS VIÊM GAN VỊT1.1.1. Cấ u ta ̣o chung Virus viêm gan vịt (duck hepatitis virus) thuộc họ Picornaviridae, có kíchthước nhỏ, khoảng 20-30 nm, không có vỏ bọc ngoài cùng. Hệ gen của virus viêm ganvịt chứa acid ribonucleic (RNA) sợi đơn dương có độ dài khoảng 7600 đến 7700nucleotide và đuôi poly A ở đầu 3’, chứa duy nhất một khung đọc mở (open readingframe) mã hoá cho một protein chung (polyprotein). Protein này, sau khi tổng hợp phảitrải qua nhiều lần phân cắt để tạo nên các sản phẩm protein độc lập. Hệ gen RNA củavirus rất đặc biệt, có chứa một protein ở đầu 5’ có tác dụng như một primer của quá trìnhsao chép RNA nhờ RNA polymerase(www.britannica.com/EBchecked/topic/459528/Picornavirus). Các virus thuộc họPicornaviridae rất đa dạng (có tới trên 200 genotype) và là loại virus được biết đến từsớm nhất. Bệnh do chúng gây ra rất đa dạng, có thể là bệnh cấp tính hay nhiễmtrùng mãn tính, bao gồm cả nhiều bệnh ...