Luận văn Thạc sĩ Sinh học: Phân tích cộng đồng vi khuẩn phân hủy rơm rạ bằng kỹ thuật PCR-DGGE và tạo dòng

Mục tiêu nội dung của nghiên cứu là sử dụng phương pháp PCR-DGGE và tạo dòng để xác định cộng đồng vi khuẩn trong rơm trước và sau ủ. Nhằm phân tích đánh giá khả năng biến động đa dạng vi khuẩn có trong nguồn rơm ủ dựa trên kỹ thuật sinh học phân tử. Tạo nền tảng cho việc phân lập, tuyển chọn những loài vi khuẩn như chịu nhiệt, sinh cellulase và các định hướng nghiên cứu ứng dụng cho việc sản xuất nhiên liệu sinh học trong tương lai.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn Thạc sĩ Sinh học: Phân tích cộng đồng vi khuẩn phân hủy rơm rạ bằng kỹ thuật PCR-DGGE và tạo dòng BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ----------------------------- NGÔ ĐỨC DUYPHÂN TÍCH CỘNG ĐỒNG VI KHUẨN PHÂN HỦY RƠM RẠ BẰNG KỸ THUẬT PCR-DGGE VÀ TẠO DÕNG LUẬN VĂN THẠC SĨ: SINH HỌC Thành phố Hồ Chí Minh - 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ----------------------------- NGÔ ĐỨC DUYPHÂN TÍCH CỘNG ĐỒNG VI KHUẨN PHÂN HỦY RƠM RẠ BẰNG KỸ THUẬT PCR-DGGE VÀ TẠO DÕNG Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 8420114 LUẬN VĂN THẠC SĨ: SINH HỌCNGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC : TS HOÀNG QUỐC KHÁNH Thành phố Hồ Chí Minh- 2019 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan những thông tin được viết trong luận văn này là do tôithực hiện và sự hướng dẫn nhiệt tình của Ts Hoàng Quốc Khánh. Mọi kết quảnghiên cứu cũng như ý tưởng, cùng với các thông tin nghiên cứu khác đượctrích dẫn rõ ràng, cụ thể trong luận văn. Nội dung trong đề tài luận văn này cho đến nay chưa được bảo vệ bất cứHội đồng khoa học bảo vệ luận văn Thạc sĩ nào và chưa được công bố. Tôi xinchịu hoàn toàn trách nhiệm về những lời cam đoan trên. Thành phố Hồ Chí Minh, tháng 05 năm 2019 Người cam đoan Ngô Đức Duy i LỜI CẢM ƠN Luận văn được hoàn thành nhờ vào sự hướng dẫn nhiệt tình của TsHoàng Quốc Khánh và tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Thầy.Cảm ơn Ban Lãnh Đạo Viện Sinh học Nhiệt đới tạo điều kiện thuận lợinhất hoàn thành khóa học, Thầy cô Giảng viên và Học Viện Khoa học vàCông nghệ. Cảm ơn Gs Yasuo Igarashi, Gs Masahura Ishii của Trường GSALS(The Graduate School of Agricultural and Life Sciences), Đại học TokyoNhật Bản, đã hỗ trợ kỹ thuật và tài chính cho nghiên cứu này thuộc dự án“Kết hợp bền vững nền nông nghiệp địa phương với công nghiệp chế biếnbiomass” của JICA (Japan International Cooperation Agency), JST (JapanScience and Technology Agency) và Đại học Bách Khoa TP.HCM. Lờicảm ơn những Anh Chị đồng nghiệp; Ts Kouji Yoshida, Ts Mannix Pedro,Makoto Ato, Chihaya Yamada, Đào Thị Thu Hiền, Hoàng Ngọc PhươngThảo, Nguyễn Hoàng An, Nguyễn Ngọc Liên, Ts Nguyễn Hoàng Dũng vàcác Em trong phòng Vi sinh đã hỗ trợ nhiều trong nghiên cứu. Với nhữngchia sẽ vui buồn từ các bạn Học viên Cao học là động lực cho tôi hoànthành luận văn. Đặc biệt gửi lời cảm ơn tới Mẹ Cha, vợ Trần Thị Hồng Vân, conNgô Đức Anh, Ngô Đức Dũng rất nhiều và Anh Chị trong Gia đình đãluôn ủng hộ tôi trong mọi điều kiện. Ngô Đức Duy ii LỜI NÓI ĐẦU Hiện nay định danh chủng vi sinh không còn nhiều khó khăn như trước,vì sự phát triển các kỹ thuật sinh học phân tử hiện đại với những phương phápđa dạng và độ chính xác cao. Phần lớn định loại loài trước đây luôn dựa vàoquá trình phân lập thuần chủng hoặc sàng lọc đặc tính quan trọng cho mụcđích nghiên cứu. Tuy nhiên có những nghiên cứu đỏi hỏi biết rõ các thànhphần loài vi sinh tồn tại trong mẫu vật, quá trình thay đổi thành phần, sốlượng chủng loài phụ thuộc nhiều vào thành phần cơ chất, điều kiện sống vàquá trình trao đổi chất. Trong tự nhiên vi sinh vật rất đa dạng, mức độ thayđổi theo điều kiện môi trường, phức tạp tính di truyền của cộng đồng vi sinhthông qua việc xác định gene trước tiên dựa trên các kỹ thuật sinh học phântử. Nhiều kỹ thuật sinh học phân tử đã và đang được sử dụng trong hầu hếtcác lĩnh vực nghiên cứu về gene của công nghệ sinh học, trong đó có kỹ thuậtphân tích PCR-DGGE cơ bản tách độc lập riêng biệt mỗi trình tự gene với độchuẩn xác khác biệt 1 nuclotide. Chính vì vậy mà có thể sử dụng kỹ thuậtDGGE xác định cộng đồng vi khuẩn trong mẫu mà không cần giai đoạn phânlập làm thuần chủng, bên cạnh đó có thể kết hợp với kỹ thuật Tạo dòng trongnghiên cứu sẽ giúp hiệu suất nghiên cứu cao hơn và tăng tính ứng dụng đadạng phương pháp sinh học phân tử trong phân tích cộng đồng vi sinh vật. Mục tiêu nội dung của nghiên cứu là sử dụng phương pháp PCR-DGGE và tạo dòng để xác định cộng đồng vi khuẩn trong rơm trước và sau ủ.Nhằm phân tích đánh giá khả năng biến động đa dạng vi khuẩn có trongnguồn ...