Nghiên cứu mối quan hệ gần gũi của các chi thuộc họ Trôm (Sterculiaceae) ở việt nam bằng ứng dụng phần mềm tin học và thông tin trình tự gen

Họ Trôm (Sterculiaceae) ở Việt Nam hiện biết có 22 chi (Nguyễn Tiến Bân, 2003). Các nghiên cứu phân loại họ Trôm dựa trên đặc điểm hình thái đã được thực hiện trong nhiều công trình, tuy nhiên những nghiên cứu về mối quan hệ gần gũi của các chi hầu như chưa được thực hiện tại Việt Nam. Bài viết trình bày nghiên cứu mối quan hệ gần gũi của các chi thuộc họ trôm (Sterculiaceae) ở Việt Nam bằng ứng dụng phần mềm tin học và thông tin trình tự gen.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Nghiên cứu mối quan hệ gần gũi của các chi thuộc họ Trôm (Sterculiaceae) ở việt nam bằng ứng dụng phần mềm tin học và thông tin trình tự genBÁO CÁO KHOA HỌC VỀ NGHIÊN CỨU VÀ GIẢNG DẠY SINH HỌC Ở VIỆT NAM - HỘI NGHỊ KHOA HỌC QUỐC GIA LẦN THỨ 5DOI: 10.15625/vap.2022.0031NGHIÊN CỨU MỐI QUAN HỆ GẦN GŨI CỦA CÁC CHI THUỘC HỌ TRÔM (STERCULIACEAE) Ở VIỆT NAM BẰNG ỨNG DỤNG PHẦN MỀM TIN HỌC VÀ THÔNG TIN TRÌNH TỰ GENKiều Cẩm Nhung1,2, Lê Ngọc Hân3, Vũ Thị Huế4 , Đỗ Thị Xuyến5, Trần Thế Bách3,* Tóm tắt. Trên cơ sở ứng dụng phần mềm Clustalx 2.0, MrBayes 3.1, Paup 4.0, TreeView 1.6.6, Mega 5 và thông tin trình tự gen ITS, rbcL trên ngân hàng gen (https://www.ncbi.nlm.nih.gov) chúng tôi đã xây dựng được sơ đồ mối quan hệ gần gũi của các chi thuộc họ Trôm (Sterculiaceae) ở Việt Nam. Các sơ đồ đã chỉ ra giả thiết về mối quan hệ gần gũi như sau: Abroma gần gũi với Theobroma; Byttneria gần gũi với Guazuma; Commersonia gần gũi với Melochia; Eriolaena gần gũi với Pentapetes; Firmiana gần gũi với Sterculia; Guazuma gần gũi với Byttneria; Helicteres gần gũi với Reevesia; Heritiera gần gũi với Sterculia; Kleinhovia gần gũi với Guazuma, Byttneria, Commersonia; Melochia gần gũi với Waltheria, Commersonia; Pentapetes gần gũi với Eriolaena; Pterospermum gần gũi với Eriolaena và Pentapetes; Reevesia gần gũi với Helicteres; Sterculia gần gũi với Firmiana, Heritiera; Theobroma gần gũi với Abroma; Waltheria gần gũi với Melochia. Các kết quả trên hầu như phù hợp với hệ thống phân loại được áp dụng trong công trình của Tang Y., Gilbert M. G, Dorr, Laurence J. (2007). Từ khóa: MrBayes, Paup, ITS, rbcL, Sterculiaceae, Việt Nam, Trung Quốc.1. ĐẶT VẤN ĐỀ Họ Trôm (Sterculiaceae) ở Việt Nam hiện biết có 22 chi (Nguyễn Tiến Bân, 2003).Các nghiên cứu phân loại họ Trôm dựa trên đặc điểm hình thái đã được thực hiện trongnhiều công trình, tuy nhiên những nghiên cứu về mối quan hệ gần gũi của các chi hầu nhưchưa được thực hiện tại Việt Nam. Nghiên cứu về phân loại học và hệ thống học họ Trômkhông thể bỏ qua các nghiên cứu về mối quan hệ gần gũi và ở mức độ cao hơn nữa là phátsinh chủng loại họ Trôm. Để thực hiện nghiên cứu này hiệu quả, các phần mềm máy tínhvà thông tin trình tự gen cần được sử dụng. Bài báo ứng dụng hai phần mềm MrBayes, PAUP và một số phần mềm khác, thôngtin trình tự gen ITS, rbcL để nghiên cứu mối quan hệ gần gũi của các chi thuộc họ Trôm(Sterculiaceae) ở Việt Nam. 1 Học viện Khoa học và Công nghệ, Viện Hàn lâm KH & CN Việt Nam 2 Bộ Khoa học và Công nghệ 3 Viện Sinh thái và Tài nguyên Sinh vật, Viện Hàn lâm KH & CN Việt Nam 4 Viện Hóa sinh biển, Viện Hàn lâm KH & CN Việt Nam 5 Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQGHN * Email: tranthebach.botany@gmail.comPHẦN 1. NGHIÊN CỨU CƠ BẢN TRONG SINH HỌC 2752. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Thu thập thông tin trình tự gen ITS, rbcL của các loài thuộc họ Trôm ở Việt Nam từngân hàng gen (https://www.ncbi.nlm.nih.gov): Abroma augusta (ITS: KR531730.1;rbcL: KR528700.1); Byttneria aspera (ITS: AY083655.1; rbcL: AY082352.1); Byttneriapilosa (rbcL: AB269890.1); Cola nitida (rbcL: AJ233124.1); Commersonia bartramia(rbcL: KX527074.1); Craigia yunnanensis (ITS: AF460199.1); Eriolaena candollei (ITS:MT625269.1); Firmiana colorata (ITS: KR532155.1; rbcL: KR529340.1); Firmianasimplex (ITS: MH808720.1; rbcL: AY082355.1); Guazuma ulmifolia (ITS: AY083658.1;rbcL: KF724295.1); Helicteres angustifolia (ITS: MH566969.1; rbcL: AY082356.1);Helicteres hirsuta (rbcL: AB925611.1); Helicteres isora (ITS: KX277729.1; rbcL:MF076997.1); Heritiera augustata (ITS: ; rbcL: AY082357.1); Heritiera littoralis (ITS:OK637728.1; rbcL: AY082358.1); Kleinhovia hospida (rbcL: FJ976142.1); Melochiacorchorifolia (ITS: MH768328.1; rbcL: JQ933406.1); Melochia umbellata (rbcL:JF738583.1); Pentapetes phoenicea (ITS: JF939204.1); Pterospermum acerifolium (ITS:KC981072.1; rbcL: KJ440043.1); Pterospermum angustifolium (ITS: KC981072.1);Pterospermum diversifolium (ITS: MT081526.1); Pterospermum grewiaefolium (ITS:AF460202.1); Pterospermum heterophyllum (ITS: AF460202.1; rbcL: AY328175.1);Pterospermum lanceaefolium (ITS: KR532519.1; rbcL: KR529955.1); Reevesiagagnepainiana (ITS: KP406463.1); Reevesia thyrsoidea (ITS: AF233303.1; rbcL:AJ233137.1); Reevesia yersinii (ITS: AF460196.1); Sterculia coccinea (rbcL:KJ594892.1); Sterculia foetida (rbcL: X856765.1); Sterculia hymenocalyx (rbcL:AB925649.1); Sterculia lanceolata (ITS: AF460184.1; rbcL: AY082362.1); Sterculianobilis (ITS: AF460183.1; rbcL: AY328187.1); Sterculia parviflora (rbcL: JQ626305.1);Sterculia rubiginosa (rbcL: KJ594897.1); Sterculia stigmarota (rbcL: AB925720.1);Theobroma cacao (ITS: JQ228377.1; rbcL: AF022125.1); Waltheria americana (ITS:MH768331.1; rbcL: ...