Nghiên cứu nhận dạng phân tử một số nguồn gen vải địa phương bằng chỉ thị ScoT

Nghiên cứu thiết lập tiêu bản ADN của tập đoàn 14 giống vải đia phương, 46 chỉ thị ScoT đã được lựa chọn cho nghiên cứu đa hình giữa các mẫu giống vải. Hai mươi hai trên tổng số 46 chỉ thị ScoT cho alen đa hình giữa các giống nghiên cứu, với tổng cộng 178 alen đã được thu nhận, nội dung thông tin đa hình (PIC) trong khoảng 0,2149 đến 0,3750; hệ số đa dạng về gen (gen diversity) dao động trong khoảng 0,1327 đến 0,5000 và các mẫu giống trong nghiên cứu được phân thành 2 nhóm chính.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Nghiên cứu nhận dạng phân tử một số nguồn gen vải địa phương bằng chỉ thị ScoTTạp chí Khoa học Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam - Số 4(77)/2017 NGHIÊN CỨU NHẬN DẠNG PHÂN TỬ MỘT SỐ NGUỒN GEN VẢI ĐỊA PHƯƠNG BẰNG CHỈ THỊ ScoT Nguyễn Thị Ngọc Lan1, Nguyễn Thị Lan Hoa2, Nguyễn Thị Thanh Thủy3 TÓM TẮT Nghiên cứu thiết lập tiêu bản ADN của tập đoàn 14 giống vải đia phương, 46 chỉ thị ScoT đã được lựa chọn chonghiên cứu đa hình giữa các mẫu giống vải. Hai mươi hai trên tổng số 46 chỉ thị ScoT cho alen đa hình giữa cácgiống nghiên cứu, với tổng cộng 178 alen đã được thu nhận, nội dung thông tin đa hình (PIC) trong khoảng 0,2149đến 0,3750; hệ số đa dạng về gen (gen diversity) dao động trong khoảng 0,1327 đến 0,5000 và các mẫu giống trongnghiên cứu được phân thành 2 nhóm chính. Trong các tiêu bản chỉ thị ScoT thu được, 9 tiêu bản khuếch đại được12 alen hiếm giúp nhận dạng được 8 nguồn gen vải khác nhau. Các kết quả thu được có ý nghĩa trong công tác nhậndạng mẫu giống phục vụ công tác bảo tồn cũng như chọn tạo giống vải ở Việt Nam. Từ khóa: Cây vải, tiêu bản ADN, chỉ thị ScoT, đa dạng di truyềnI. ĐẶT VẤN ĐỀ phòng thí nghiệm khác nhau trên thế giới, đối với Cây vải có tên khoa học là Litchi chinensis nhiều loại cây trồng khác nhau như lúa (Collard andSonn, thuộc học bồ hòn Sapindaceae, bộ bồ hòn Mackill, 2009), lạc (Xiong et al., 2010), nhãn (ChenSapindales. Với hơn 1600 loài, vải là cây trồng nhiệt et al., 2010), bưởi (Han et al., 2011), nho (Zhangđới và á nhiệt đới trên 20 quốc gia có giá trị kinh tế et al., 2011), hoa mẫu đơn (Hou et al., 2011), hồngcao. Hiện nay, Việt Nam đứng thứ 3 về sản lượng (Deng et al., 2012)… Trong nghiên cứu này đã sửxuất khẩu vải trên thế giới, sau Trung Quốc và Ấn dụng chỉ thị phân tử ScoT để nghiên cứu lập tiêuĐộ (AgroData, 2014). bản ADN cho một số nguồn gen vải Việt Nam. Theo phương pháp truyền thống việc phân biệt II. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨUcác giống dựa vào các tính trạng nông học như đặctính quả, mùa thu hoạch… (Batten, 1984), nhưng 2.1. Vật liệunhững tính trạng này thường bị giới hạn bởi ảnh - Nguồn gen: 14 giống vải được lưu giữ tại Việnhưởng của môi trường, hơn nữa thường rất khó để Nghiên cứu Rau Quả và Viện KHKT Nông Lâmphân biệt giữa các giống có quan hệ gần gũi. Những nghiệp miền núi phía Bắc.hạn chế này có thể được khắc phục bằng cách sử - Chỉ thị: 46 chỉ thị ScoT (Collard and Mackilldụng các chỉ thị phân tử lập tiêu bản ADN để so 2009; Wu, Li et al., 2013) là thế hệ chỉ thị mớisánh các giống với nhau. dựa trên vùng trình tự bảo thủ ngắn gồm 18-20 Một thế hệ chỉ thị mới được phát triển đó là chỉ nucleotid nằm xung quanh codon bắt đầu dịch mãthị ScoT dựa trên vùng trình tự bảo thủ ngắn nằm ATG của gen cũng được sử dụng trong nghiên cứuxung quanh codon bắt đầu dịch mã ATG của gen nhằm đánh giá đa dạng di truyền và xây dựng tiêu(Collard, Mackill, 2009; Wu, 2013…). Thế hệ chỉ thị bản ADN của 14 giống vải bản địa.mới này đã được phát triển khá rộng rãi tại nhiều Bảng 1. Danh sách 14 giống vải bản địa trong nghiên cứu Tên giống Ký hiệu Mã NHG* Tên giống Ký hiệu Mã NHG* Sớm Hùng Long L1 ML 1.104 Yên Hưng chín sớm L8 ML 1.98 Thiều Thanh Hà L2 ML 1.89 Yên Phú L9 ML 1.99 Thạch Bình L3 ML 1.91 U hồng lá vặn L10 ML 2.0 Phú Động Chua chín sớm L4 ML 1.93 Nguyên Hồng L11 ML 1.122 Lục Ngạn 2 chính vụ L5 ML 1.96 Xuân Đỉnh L12 ML 1.95 Lục Ngạn 1 chín sớm L6 ML 1.97 Hoài Chi L13 ML 1.116 Bình Khê chín sớm L7 ML 1.121 Thiều Khải xuân L14 ML 1.94 ...