Phân tích đa dạng di truyền dựa trên gene ORF5 của virus gây bệnh heo tai xanh (PRRS virus) tại một số tỉnh ở Việt Nam

Bài viết Phân tích đa dạng di truyền dựa trên gene ORF5 của virus gây bệnh heo tai xanh (PRRS virus) tại một số tỉnh ở Việt Nam nghiên cứu về sự biến đổi của virus PRRS giúp có thêm cơ sở khoa học trong đánh giá hiệu quả vaccine phòng chống bệnh PRRS trên đàn heo tại Việt Nam.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Phân tích đa dạng di truyền dựa trên gene ORF5 của virus gây bệnh heo tai xanh (PRRS virus) tại một số tỉnh ở Việt Nam HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NUÔI THÚ Y TOÀN QUỐC 2021 - AVS2021: 333-339 PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN DỰA TRÊN GENE ORF5 CỦA VIRUS GÂY BỆNH HEO TAI XANH (PRRS VIRUS) TẠI MỘT SỐ TỈNH Ở VIỆT NAM Nguyễn Ngọc Hải1,2*, Trần Hoàng Anh Thư2, Nguyễn Trung Quân2, Nguyễn Thị Phương Bình2 và Lê Thị Thu Hà3 Tóm tắt Nghiên cứu về sự biến đổi của virus PRRS giúp có thêm cơ sở khoa học trong đánh giá hiệu quả vaccine phòng chống bệnh PRRS trên đàn heo tại Việt Nam. Mười sáu mẫu thu thập từ thực địa năm 2021, tại một số tỉnh ở Việt Nam (Đồng Nai, Đắk Nông, Hải Phòng, Lai Châu, Vĩnh Phúc), bằng kĩ thuật RT-PCR được xác định dương tính với virus PRRS. Gene ORF5, có chiều dài là 764 bp, thu nhận từ 16 mẫu được giải trình tự và so sánh với trình tự tương ứng của các chủng virus PRRS tham khảo trên ngân hàng gene. Kết quả phân tích di truyền của 16 chủng virus PRRS thực địa năm 2021 ghi nhận sự đa dạng di truyền của các chủng PRRSV thực địa, với 11 chủng thực địa thuộc dòng PRRSV Trung Quốc độc lực cao (HP), có độ tương đồng nucleotide từ 91,0% - 100%; 5 chủng thực địa thuộc dòng PRRSV Bắc Mỹ cổ điển (C-PRRSV), trong đó có 4 chủng NADC30-like. Mặt khác, các chủng virus PRRS thực địa năm 2021 trong nghiên cứu này có sự khác biệt khá lớn về di truyền so với các chủng vaccine PRRS, mức độ tương đồng di truyền gene ORF5 khá thấp, thay đổi ở mức 83,9 - 84,4% với các chủng vaccine Bắc Mỹ cổ điển, 83,4 - 84,2% với các chủng vaccine độc lực cao Trung Quốc, và 58,8 - 59,8% với các chủng vaccine PRRSV châu Âu. Từ khóa: Chủng PRRSV thực địa và vaccine, ORF5, phân tích di truyền. GENETIC ANALYSIS OF ORF5 GENE OF PORCINE REPRODUCTIVE AND RESPIRATORY SYNDROME VIRUS IN SOME PROVINCES IN VIET NAM Abstract Research on genetic changes of PRRS virus helps to have more scientific basis in assessing effective prevention of PRRS in pigs in Vietnam with vaccination. Sixteen samples collected from the field in 2021, in some provinces in Vietnam (Dongnai, Daknong, Haiphong, Laichau, and Vinhphuc), using RT-PCR technique were confirmed positive for PRRS virus. ORF5 gene, 764 nucleotide length, was obtained from 16 samples and compared with corresponding sequences of PRRS virus strains referenced on gene banks. The results of genetic analysis of the gene sequences of 16 field PRRSV strains in 2021 recorded the genetic diversity of the strains, with 11 strains belonging to the highly pathogenic Chinese PRRSV (HP) group, with similarity of nucleotides from 91.0% - 100%; 5 field strains belong to the classic North American PRRSV (C-PRRSV) group, in which 4 strains belong to NADC-like subgroup. Moreover, the 2021 field PRRS virus strains in this study are quite different genetically compared to the PRRS vaccine strains, the genetic similarity level of ORF5 is quite low, ranging from 83.9 to 84.4% with classic North American vaccine strain, form 83.4 to 84.2% with highly pathogenic Chinese vaccine strain, and from 58.8 to 59.8% with European PRRSV vaccine strain. Keywords: Field and vaccine PRRSV strain, ORF5, phylogenetic. 1. GIỚI THIỆU Bệnh heo tai xanh hay còn gọi là hội truyền nhiễm cấp tính trên heo xuất hiện lần chứng rối loạn sinh sản và hô hấp là bệnh đầu tiên tại Việt Nam vào năm 1997 gây ra 1 Bộ môn Bệnh truyền nhiễm - Thú y Cộng đồng, Khoa Chăn nuôi Thú y, Trường Đại Học Nông Lâm TP. HCM; 2 Phòng Xét nghiệm - Chẩn đoán thú y Hàn Việt, Khoa Chăn nuôi Thú y, Trường Đại Học Nông Lâm TP. HCM; 3 Công ty TNHH MSD Animal Health Việt Nam; * Tác giả liên hệ: Nguyễn Ngọc Hải; Email: nguyenngochai@hcmuaf.edu.vn; ĐT: 0908840765 333 HỘI NGHỊ KHOA HỌC CHĂN NUÔI THÚ Y TOÀN QUỐC 2021 - AVS2021: 333-339 nhiều thiệt hại cho người chăn nuôi. Bệnh từ các tỉnh Đồng Nai, Đắk Nông, Hải Phòng, do virus PRRS thuộc loài Nidovirales, họ Vĩnh Phúc, Lai Châu. Sau đó, mẫu được đồng Arteriviridae, giống Arterivirus, có cấu trúc nhất với tỷ lệ 1 g mẫu trong 1 mL nước cất, vỏ bọc dạng chuỗi đơn RNA. Kích thước bộ hỗn hợp sau đó được ly tâm ở 4000 vòng gene của virus PRRS khoảng 15,4 kb với ít trong 10 phút, thu dịch ở trên để ly trích ARN nhất 10 khung đọc mở (ORFs) nằm xung của virus. quanh ở những vùng không dịch mã 5’ và 3’, ARN của virus PRRS được thu nhận có cấu trúc đuôi poly (A) tại đầu 3’ (Goua Z. bằng kit ly trích GeneJET Viral DNA/ RNA H. và cs., 2019). Dựa theo sự khác biệt về Purification Kit (Thermo, Mỹ), sau đó, cDNA địa lý và biến thể di truyền, virus PRRS được của virus được tổng hợp bằng phản ứng phiên chia làm PRRSV-type 1 (kiểu gene châu Âu mã ngược thông qua RevertAid First Strand - EU) and PRRSV-type 2 (kiểu gene Bắc Mỹ cDNA Synthesis Kit (Thermo, Mỹ). Kĩ thuật - NA) (Kuhn và cs, 2015). Ngoài ra, dựa theo RT- PCR được thực hiện theo quy trình của đặc điểm gen và khả năng gây bệnh, PRRSV- Phòng xét nghiệm chẩn đoán thú y Hàn Việt, type 2 (kiểu gene Bắc Mỹ) (NA-PRRSV) có với 1 cặp primer nhân bản đoạn gene mục tiêu thể được chia thành các phân nhóm chính: trên ORF6 có kích thước 508 bp, để phát hiện PRRSV Bắc Mỹ cổ điển (C-PRRSV), phân sự hiện diện của virus PRRS trong mẫu thực nhóm PRRS độc lực cao (HP-PRRSV) địa. Sản phẩm sau đó được điện di trên gel và phân nhóm PRRSV giống NADC30 agarose 1,5% và quan sát dưới đèn UV. (NL-PRRSV). Cho đến nay, ba phân nhóm NA-PRRSV trên đang lưu hành ở Trung Thu nhận gene ORF5 Quốc (Li Y. và cs., 2017). ORF5 mã hóa cho Mẫu ARN sau khi được xác nhận protein cấu trúc GP5 (khoảng 26 kDa) là ...