Phân tích đa dạng nguồn gen dưa leo (Cucumis sativus L.) bằng kỹ thuật EST - microsatellite (eSSR)

Đánh giá 12 đặc điểm định lượng, trung bình, phạm vi (tối đa và tối thiểu), độ lệch chuẩn, hệ số biến thể (CV), trung bình chuẩn và giá trị F đã được tính toán thống kê của giống dưa leo (Cucumis sativus L.). Bài viết trình bày phân tích đa dạng nguồn gen dưa leo (Cucumis sativus L.) bằng kỹ thuật EST - microsatellite (eSSR).
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Phân tích đa dạng nguồn gen dưa leo (Cucumis sativus L.) bằng kỹ thuật EST - microsatellite (eSSR) KHOA HỌC CÔNG NGHỆ PHÂN TÍCH ĐA DẠNG NGUỒN GEN DƯA LEO (Cucumis sativus L.) BẰNG KỸ THUẬT EST - MICROSATELLITE (eSSR) Nguyễn Trọng Phước1, Biện Anh Khoa1, Bùi Chí Hiếu1, Nguyễn Thị Lang1 TÓM TẮT Đánh giá 12 đặc điểm định lượng, trung bình, phạm vi (tối đa và tối thiểu), độ lệch chuẩn, hệ số biến thể (CV), trung bình chuẩn và giá trị F đã được tính toán thống kê của giống dưa leo (Cucumis sativus L.). Kết quả cho thấy, hầu hết các đặc điểm định lượng về kiểu hình là rất khác nhau. Kiểu gen giống dưa Phụng Tường có sự xuất hiện rất sớm của 50% hoa được trỗ (20,92 sau khi gieo hạt), trong khi đó, giống dưa du nhập từ Indonesia được ghi nhận thời gian ra hoa là dài nhất 41,11 ngày sau khi gieo hạt). Giống dưa Đài Loan có khối lượng trái tối đa là 265 g, số lượng trái tối đa cho mỗi dây cao nhất là giống dưa Bình Phú là (8,70 trái/dây). Chiều dài trái cao nhất là giống dưa Thái Lan (00L) dài 21,2 cm. Chiều rộng biến động từ 10,2 cm - 13,5 cm. Năng suất biến động từ 0,53 kg/dây đến 2,14 kg/dây. Giống cao nhất vẫn là giống dưa Thái Lan (xanh) (2,14 kg/dây). Chỉ thị phân tử đã được sử dụng để nghiên cứu sự khác biệt di truyền với 20 giống dưa leo khác nhau. Trong số 3 cặp mồi SSR và 21 cặp mồi eSSR được sao chép với tổng số 186 băng trong đó có 75 alen là đa hình. Số lượng trung bình các mảnh gen được khuếch đại bằng chỉ thị phân tử eSSR (kích thước 180 bp đến 400 bp). Cặp mồi eSSR được sử dụng trong nghiên cứu, sản phẩm sản xuất PCR cho tỷ lệ biến động từ 90% đến 100%, hệ số PIC biến động từ 0,07 đến 0,47. Kết quả thu được chỉ số đa dạng Shannon I trên các tính trạng (0,88), chỉ số đa dạng di truyền (H= 0,23) và băng điện di được phân tích bằng phương pháp UPMGA chia thành 4 nhóm chính có mối liên quan di truyền, trong đó đặc biệt chú ý đến chương trình nhân giống hiệu quả với mục tiêu cải tiến giống. Dựa vào số lượng và tần số ghi điểm của các đoạn ADN, tỷ lệ đa hình và các thông số hiệu quả khác sau khi tổng hợp lại thì dường như CSJCT266, EC 47, EC 49 là những chỉ thị phân tử có hiệu quả và có thể được sử dụng để sàng lọc phân tử trong nguồn gen cây dưa leo. Từ khóa: Chỉ thị phân tử eSSR, hiệu quả trong chọn giống, thông số di truyền, UPGMA. 1. ĐẶT VẤN ĐỀ5 học hoặc phi sinh học khác nhau tác động vào năng suất các giống [7]. Mức độ khác biệt di truyền trong Dưa leo (Cucumis sativus L.; 2n=2x=14), là một dưa leo được đánh giá bởi nhiều nhà nghiên cứutrong những loại cây rau quan trọng và được trồng bằng cách sử dụng một số chỉ thị ADN [8], đánh giárộng rãi nhất, có nguồn gốc từ Ấn Độ và Trung Quốc các giai đoạn ban đầu trong chọn giống. Tuy nhiên,được xem là trung tâm xuất xứ thứ cấp [1]. Dưa leo là các điểm đánh dấu này dự kiến sẽ không có liên kếtmột loại rau quan trọng cần phải lai tạo giống mới và chặt chẽ với các chuỗi phiên mã. Chức năng so vớicải tiến năng suất và phẩm chất để phục vụ thị SSR gen (gSSR), có thể được áp dụng để phân tíchtrường tiêu thụ [2], [3]. Tại Ấn Độ, có 10 giống dưa sự đa dạng chức năng có trong các vùng giàu genleo và phóng thích ra cây ưu thế lai dựa vào 10 giống của bộ gen và tìm thấy nhiều hơn [9]. Đa hình EST -dưa này [4]. Tại Trung Quốc, những nghiên cứu ở microsatellite (eSSR) có liên quan đến các vùngmức độ phân tử nhấn mạnh đến nhiều cơ hội mới để phiên mã của bộ gen và phản ánh sự đa dạng dicải tiến phẩm chất trái dưa leo [5]. truyền bên trong hoặc liền kề với các gen mong Xác định giống dưa bố mẹ là bước quan trọng muốn [10]. EST-SSRs thường được phát triển bởi cơnhất đối với chương trình nhân giống, hiện nay sở dữ liệu EST điện tử [11]. Theo quan điểm về độnguồn gen dưa leo hoàn toàn dựa trên các thử chính xác và hiệu quả cao của SSRs hoàn hảo toàn bộnghiệm hình thái [6]. Sự đa dạng là nền tảng của các bộ gen có ứng dụng tiềm năng lớn không chỉ tronggen ...