PPCR TRONG CHUẨN ĐOÁN PHÂN BIỆT CÁC SUBTYPE AIV TYPE A

AIV thuộc họ Orthomyxoviridae. Có đường kính vỏ 0,08-0,12 μm; nhân là chuỗi RNA đơn. Họ Orthomyxoviridae gồm có 4 nhóm virus là:  Nhóm virus type A: gây bệnh cho mọi loài chim, 1 số động vật có vú và cả con người.  Nhóm virus cúm type B: chỉ gây bệnh cho người.  Nhóm virus cúm type C: gây bệnh cho người, lợn.  Nhóm Thogotovirus..Tên gọi.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
PPCR TRONG CHUẨN ĐOÁN PHÂN BIỆT CÁC SUBTYPE AIV TYPE ALOGOPCR TRONG CHUẨN ĐOÁN PHÂN BIỆT CÁC SUBTYPE AIV TYPE A Phạm Thành TháiNội dung 1. Giới thiệu về AIV type A 2. Phương pháp chuẩn đoán LOGOGiới thiệu vềAvian Influenza Virus Type A AIV thuộc họ Orthomyxoviridae. Có đường kính vỏ 0,08-0,12 μm; nhân là chuỗi RNA đơn. Họ Orthomyxoviridae gồm có 4 nhóm virus là:  Nhóm virus type A: gây bệnh cho mọi loài chim, 1 số động vật có vú và cả con người.  Nhóm virus cúm type B: chỉ gây bệnh cho người.  Nhóm virus cúm type C: gây bệnh cho người, lợn.  Nhóm Thogotovirus.Tên gọiCấu tạo AIVCác kháng nguyên bên trong (proreins M1 và NP) là các proteins đặc hiệu nhómđược dùng để xác định xem virus thuộc type A, B hay C.Các kháng nguyên bên ngoài (HA và NA) đa dạng hơn và là các kháng nguyêncó tính đặc hiệu subtype.Jorge Duitama et al, 2009Phân loại AIV Cúm gia cầm độc lực thấp (LPAI) xảy ra tự nhiên ở các loài chim. Bệnh không biểu hiện triệu chứng hoặc rất nhỏ. Những dòng virus này ít gây nguy hiểm cho sức khỏe con người. Dòng LPAI H5 và H7 có khả năng biến chủng thành HPAI. Cúm gia cầm độc lực cao (HPAI): sau 10 ngày tiêm nhiễm cho gà, AIV phải làm chết 75-100% phôi gà thực nghiệm. Sau khi phân lập từ gà bệnh, AIV phát triển tốt và gây bệnh tích tế bào trong môi trường nuôi cấy không có trypsin. Đối với chủng H5 và H7 nếu mọc tốt trên môi trường không có trypsin, trình tự acidamine trùng với trình tự acidamine của chủng độc lực cao thì được xác định là chủng độc lực cao.Tái tổ hợp gene ở AIVNếu 2 chủng virus cúm đồng thời xâmnhiễm cùng 1 tế bào thì có thể xảy rahiện tượng tái tổ hợp gene (geneticrecombination); khi đó sẽ tạo ra cácvirus mới có các kháng nguyên kết hợp Sự thay đổi genotype của H5N1 từ khi phát hiện vào năm 1997 đến năm 2001. Tám đoạn gene của AIV được xếp theo thứ tự từ trên xuống PB2, PB1, PA, HA, NP, M, và NS. Các chủng virus: H9N2; H6N1; H5N1; H9N2/ Y280; và H5N11/97. (?) là genotype AIV chưa từng được phân lập từ gia cầm ở Hong Kong. Y. Guan, 2002Subtype AIV type A  H1N1  H5N1  H2N2  H3N2  H7N2  H7N3  H7N7  H9N2 LOGOPhương pháp chuẩn đoánsubtype AIV type ADennis A. SenneLOGO RT-PCR • Cơ quan hoặc mô (não, khí quản, phổi,…)Thu mẫu bệnh • Các loại dịch (phổi, họng, mũi,…) phẩm • Huyết thanh • Sử dụng các Kit như: NucleoSpin RNA II,Tách chiết RNA Rneasy MiniKit,… Chuẩn bị mẫu • PCR buffer, MgCl2, dNTP, Primer, Rtase,… chạy RT-PCR • Tùy theo primer sử dụng mà có chu trìnhChạy RT-PCR nhiệt khác nhau Đọc kết quả • Trên gel agrose, hoặc real time,…Chuẩn đoán H5N1 WHO, 2007rRT-PCR Một nghiên cứu nhằm xác định subtype H5 và H7, tác giả đã sử dụng cáccặp primer và probe sauĐây là phương pháp rất nhanh, 28 mẩu bệnh phẩm đã được kiểm tra trongkhoảng 3h.Giới hạn phát hiện của cặp M primer là 103 gene copies. Cả hai cặp primer H5và H7 đều có giới hạn phát hiện là 103 đến 104 gene copies Erica Spackman et al, 2002rRT-PCR Một nghiên cứu khác trên subtype H5, H7 và H9 G. Cattoli, I. Monne. 2008rRT-PCR G. Cattoli, I. Monne. 2008