Tiểu luận: Ứng dụng phần mềm Hyperchem 8.08

Tiểu luận: Ứng dụng phần mềm Hyperchem 8.081 giới thiệu phần mềm và các ứng dụng của Hyperchem bao gồm: vẽ cấu trúc nguyên tử, chỉnh sửa các nguyên tử, hiển thị phân tử, cơ sở dữ liệu, khảo sát phân tử, hóa học tính toán,...
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Tiểu luận: Ứng dụng phần mềm Hyperchem 8.08Họ và tên: Trần Thị Hồng NhungGVHD: TS. Nguyễn Xuân Dũng ỨNG DỤNG PHẦN MỀM HYPERCHEM 8.08 1. Giới thiệu phần mềm HyperChem là phần mềm tính toán lượng tử với giao diện thân thiện được sử dụngđể mô tả phân tử 3D, tối ưu cấu trúc hình học phân tử, tính toán các thông số hóa lý: độ dàiliên kết, mật độ e, góc liên kết… và dự đoán phổ IR, UV, NMR… Phần mềm Hyperchem phiên bản 8.08 với nhiều tính năng mới như: khả năng tươngthích Microsoft Vista, tính toán entropies và năng lượng tự do, đặc biệt ra đời phương phápbán kinh nghiệm mới RM1cho kết quả tính chính xác hơn rất nhiều,… Phần mềm HyperChem dùng cho hệ điều hành Windows. Yêu cầu hệ thống cài đặt trên máy tính như sau: • Hệ điều hành Windows 98, Me, NT4 SP4, 2000 or XP • Bộ nhớ 32 Mb RAM • Card màn hình VGA Nhấp chuột vào biểu tượng HyperChem trên màn hình:Họ và tên: Trần Thị Hồng NhungGVHD: TS. Nguyễn Xuân Dũng 2. Các ứng dụng của HyperChem a. Vẽ cấu trúc nguyên tử: Xây dựng các phân tử với HyperChem rất đơn giản: chỉ cần chọn một phần tử từbảng tuần hoàn, click và kéo chuột để phác họa một cấu trúc như trên giấy, trước khi áp dụngxây dựng mô hình để chuyển đổi phác thảo 2D của bạn vào một cấu trúc 3D. Bước 1: Nhấp hai lần liên tiếp trái chuột (Double-click) vào công cụ vẽ. Hộp thoạilựa chọn nguyên tố sẽ hiện ra. Hoặc vào Menu Build/ Default Element. Chọn nguyên tố muốnvẽ, ở đây lấy ví dụ chọn Carbon  Allow Arbitrary : vẽ số liên kết lớn hơn hoá trị của nguyên tố của nó.  Explicit Hydrogens: tự động thêm H liên kết vào nguyên tử cho đến bão hoà hoátrị. Properties: Cho biết thuộc tính nguyên tốHọ và tên: Trần Thị Hồng NhungGVHD: TS. Nguyễn Xuân Dũng Bước 2: Nhấp trái chuột, giữ và rê để vẽ các liên kết đến các điểm theo công thứcphân tử muốn vẽ. Tạo vòng benzen bằng cách nhấp liên tiếp hai lần chuột trái vào mạch vòng sáucạnh. Bước 3. Để vẽ liên kết đơn, ba ta nhấp chuột trái vào liên kết đơn một lần, hai lần. Chọn manu Build/ Add H and Model build. Bước 4. Bổ sung H và tối ưu cấu trúc gần đúng của phân tử . Chọn manu Build/ Add H and Model build. Để hiện thị nguyên tử chọn Display/Label. Cửa sổ xuật hiện tích chọn Symbol. Nếu vẫn không thấy hydro xuất hiện thì hãy tích chọn Show Hydrogens trong Displaymenu. Nếu chọn Build/ Add H thì chỉ bổ sung H, cấu trúc phân tử giữ nguyên như lúc vẽ. b. Chỉnh sửa các nguyên tử Nhấp hai lần trái chuột vào công cụ vẽ trên thanh công cụ. Bảng các nguyên tố sẽhiện ra. Chọn nguyên tố muốn thay thế. Ví dụ chọn oxi. Nhấp trái chuột vào nguyên tử muốn thay thế trong phân tử đã vẽ. Ví dụ H. Nguyên tửH sẽ được thay thế bằng nguyên tử oxiHọ và tên: Trần Thị Hồng NhungGVHD: TS. Nguyễn Xuân Dũng Lựa chọn, xoay, dịch thuật, và thay đổi kích thước các cấu trúc với các công cụ điềukhiển chuột thuận tiện Xác định loại nguyên tử, nguyên tử, khối lượng nguyên tử. Xây dựng các phân tử phức tạp, di chuyển từng nguyên tử và phân tử dễ dàng như dichuyển các nhóm; Xây dựng chuỗi axit amin và axit nucleic từ acid amin và nucleotide Cắt và dán các đoạn protein cho mô hình tương đồng; protein mô hình với hơn. Gọitên, xây dựng polyme mạch thẳng hoặc mạch nhánh polyme từ các monome, xác định tất cảcác các thông số cấu trúc cho các mối liên kết monomer hoặc tùy chọn ngẫu nhiên liên kết100.000 nguyên tử. Đọc chuỗi protein và tạo ra cấu trúc thứ cấp cụ thể như là đầu vào đểtính toán mô hình. Xây dựng tinh thể phân tử, thiết lập loại tinh thể và tế bào đơn vị. Tạo ra các tinh thểnguyên tử với một loạt các tế bào đơn vị mẫu, có hoặc không có điều kiện biên định kỳ. c. Hiển thị phân tử Balls Balls and cyclinders Tubes Hiển thị phân tử bằng các mô hình kiểu que, cầu, ống, cầu và que, kiểu hình cầuchồng lên nhau. Và cũng có thể điều chỉnh chiều rộng của thanh, bán kính có que, của ống,của hình cầu sao cho phù hợp. Ngoài ra còn có thể thay đổi màu sắc cho các nguyên tử bằngcách chọn bất kì trong 16 triệu màu Sử dụng nhiều màu sắc lựa chọn cho người sử dụng phông nền cửa sổ, nguyên tử,lựa chọn, quỹ đạo; phần màu sắc của một hệ thống theo nhu cầu và thị hiếu của riêng bạn. Chỉnh sửa cơ phân tử hoặc các thông số bán thực nghiệm cho các nguyên tử được lựachọn Bản sao hiển thị hình ảnh thành file hoặc clipboard để đưa vào một chương trình khácnhư Microsoft PowerPoint hoặc cho hiển thị trên một trang web. Nắm bắt cấu trúc, quỹ đạo, hoặc phổ và ngay lập tức tạo ra một trang web cho phéphoạt động quay của phân tử, kiểm tra quỹ đạo, hoặc hình ảnh động của chế độ bình thường;tự do phân phối đ ...