TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC VÀ ĐĂNG KÝ TRÌNH TỰ TRÊN CƠ SỞ DỮ LIỆU

Phương pháp Sanger: là phương pháp dựa trên sự tổng hợp gián đoạn DNA. Dựa theo phương pháp này chúng ta có thể xác định được trình tự nucleotide của DNA hay RNA (ATGC…TTT)
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC VÀ ĐĂNG KÝ TRÌNH TỰ TRÊN CƠ SỞ DỮ LIỆU TÌM KIẾM TRÌNHTỰ SINH HỌC VÀ ĐĂNG KÝTRÌNH TỰ TRÊN CƠ SỞ DỮ LIỆUMục tiêu của bài học Có khả tìm kiếm được những trình tự sinh học như DNA, RNA, Protein. Đăng ký những trình tự đã nghiên cứu được lên Cơ sở dữ liệu sinh học bằng phần mềm Sequin. 2 Tìmkiếmtrìnhtựsinhhọc Nguyên tắc trong giải trình tự Phương pháp Sanger: là phương pháp dựa trên sự tổng hợp gián đoạn DNA. Dựa theo phương pháp này chúng ta có thể xác định được trình tự nucleotide của DNA hay RNA (ATGC… TTT) 3 TìmkiếmtrìnhtựsinhhọcNhiễm sắc thể, DNA, Gene, Nucleotide 4 GiớithiệumônhọcGửi trình tự lên Genebank của NCBI Sequin Đưa vào cơ sở dữ liệu sinh học:Trình tự đã giải -NCBI - Các cơ sở dữ liệu khác 5 GiớithiệumônhọcNguyên tắc tìm kiếm trình tự sau khi đã giải trình tự.Tìm bằng từ khóa: 2.Công cụ tìm kiếm -Mã số truy cập Kết quả -Tên (gene hay Protein) cần tìm -GI -Độ dài trình tự -Trọng lượng phân tử -Tên tác giả giải trình tự 6 TìmkiếmtrìnhtựsinhhọcTìm kiếm trình tự sinh học qua NCBI Click 7 TìmkiếmtrìnhtựsinhhọcTìm kiếm trình tự DNA 8 TìmkiếmtrìnhtựsinhhọcTìm kiếm trình tự qua mã số truy cập Mã số truy cập của một trình tự là mã số do các nhà quản trị CSDLSH đặt cho một trình tự, thường có dạng : 8 ký tự : 2 chữ và 6 số ví dụ như AY690640 6 ký tự : 1 chữ và 5 số ví dụ như U20068 9 TìmkiếmtrìnhtựsinhhọcTÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC QUA MÃ SỐ TRUY CẬP 10 TìmkiếmtrìnhtựsinhhọcKết quả tìm trình tự DNA qua mã số truycập 11 GiớithiệumônhọcTìm kiếm trình tự qua tên gene 12 Tìmkiếmtrìnhtựsinhhọc 13TìmkiếmtrìnhtựsinhhọcCách lấy trình tự theo định dang FASTA 14 GiớithiệumônhọcĐịnh dạng FASTA FASTA là một giải thuật bắt cặp trình tự được David J. Lipman và William R. Pearson miêu tả lần đầu tiên vào năm 1985 ( Rapid and sensitive protein similarity searches). Nhiều phần mềm tin sinh học cần dữ liệu trình tự gene hoặc protein theo kiểu định dạng FASTA như ví dụ minh hoạ dưới đây: >tên trình tự gattctcacttggtctgctgcaaggacgcggaccattaaaactgttcatggcccttgtggcgttctcgttt cctaacaatcccaccaacagcagggatactaaaaagatggggaacgatcaaaaaatcaaaagctatc aatgtcttgagagggttcaggaaagagattggaaggatgctgaacatcttgaacaggagacgcagga cagcaggcgtgattgttatgttgattccacagcgatggcgttccatttaaccacacgcaatgg 15 TìmkiếmtrìnhtựsinhhọcMột số mã số truy cập của RefSeq database1. mRNAs and Proteins  NM_123456 Curated mRNA  NP_123456 Curated Protein  NR_123456 Curated non-coding RNA  XM_123456 Predicted mRNA  XP_123456 Predicted Protein  XR_123456 Predicted non-coding RNA2. Chromosome NC_123455 Microbial replicons, organelle genomes, human chromosomes4. Assemblies NT_123456 Contig 16 TìmkiếmtrìnhtựsinhhọcVí dụ 1: NM_123456 Curated mRNA NM_123456 17 TìmkiếmtrìnhssinhhọcV í dụ 2: NC_12345 18 GiớithiệumônhọcKết quả tìm kiếm bộ gene 19 GiớithiệumônhọcThẻ giới hạn phạm vi tìm kiếm DNA [ALL] : Tất cả các trường tìm kiếm [ACCN]: Mã số truy cập của trình tự - Accession number : Số gi [G ...