Tóm tắt Luận văn Thạc sĩ Công nghệ thông tin: Các phương pháp dự đoán khả năng ức chế bệnh dựa trên các biểu diễn khác nhau của RNA và ứng dụng

Nghiên cứu này khảo sát một số phương pháp xây dựng mô hình dự đoán khả năng ức chế bệnh của siRNA và tập trung vào việc biểu diễn dữ liệu siRNA theo nhiều cách khác nhau và đánh giá mô hình dự đoán được xây dựng bằng một số phương pháp như hồi quy tuyến tính, luật kết hợp. Kết quả thực nghiệm cho đánh giá và kết luận được phương pháp biểu diễn dữ liệu siRNA cho hiệu quả tốt nhất đã được nghiên cứu và mở ra hướng nghiên cứu tiếp là tìm cách tối ưu phương pháp học máy đã áp dụng trên biểu diễn đó để thu được hệ số tương quan tốt hơn.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Tóm tắt Luận văn Thạc sĩ Công nghệ thông tin: Các phương pháp dự đoán khả năng ức chế bệnh dựa trên các biểu diễn khác nhau của RNA và ứng dụngĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘITRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆPHẠM THỊ MAI HOACÁC PHƯƠNG PHÁP DỰ ĐOÁN KHẢ NĂNG ỨC CHẾBỆNH DỰA TRÊN CÁC BIỂU DIỄN KHÁC NHAU CỦA RNAVÀ ỨNG DỤNGNgành: Công nghệ thông tinChuyên ngành: Hệ thống thông tinMã số: 14025126LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ THÔNG TINNGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS. Bùi Ngọc ThăngHÀ NỘI – 20172MỤC LỤCMỤC LỤC ............................................................................................................ 2DANH MỤC HÌNH VẼ VÀ ĐỒ THỊ ................................................................ 4DANH MỤC BẢNG ............................................................................................ 4MỞ ĐẦU .............................................................................................................. 5CHƯƠNG 1: GIỚI THIỆU VỀ KHẢ NĂNG ỨC CHẾ BỆNH CỦA RNA.. 7TỔNG QUAN RNA CAN THIỆP (RNAI) .......................................................................................... 71.1.Khái niệm RNAi ................................................................................................................ 71.2.Lịch sử nghiên cứu RNAi .................................................................................................. 71.3.Ý nghĩa của việc phát hiện ra RNAi.................................................................................. 92. CƠ CHẾ CAN THIỆP RNAI ............................................................................................................. 92.1.Các loại RNAi ................................................................................................................... 92.2.Cơ chế can thiệp RNA .................................................................................................... 102.3.Ứng dụng RNAi và thách thức ........................................................................................ 111.2.3.1.2.3.2.Ứng dụng của siRNA ............................................................................................................... 11Thách thức tránh các hiệu ứng không mong muốn ..................................................................11CHƯƠNG 2: CÁC HƯỚNG NGHIÊN CỨU KHẢ NĂNG ỨC CHẾ CỦARNA .................................................................................................................... 121.2.3.HƯỚNG NGHIÊN CỨU SINH HỌC .................................................................................................. 12HƯỚNG NGHIÊN CỨU SINH HỌC KẾT HỢP TIN SINH HỌC............................................................... 12HƯỚNG NGHIÊN CỨU TIN SINH HỌC ............................................................................................ 13CHƯƠNG 3: CÁC CÁCH THỨC BIỂU DIỄN RNA ................................... 131.2.3.4.BIỂU DIỄN THEO TẦN SỐ XUẤT HIỆN CỦA CÁC BỘ 1-MERGE, 2-MERGE, 3-MERGE........................ 13BIỂU DIỄN THEO TẦN SỐ CỦA MỘT BỘ CÁC NUCLEOTIDE CÓ TÍNH THỨ TỰ .................................. 15BIỂU DIỄN THÀNH SỐ TƯƠNG ỨNG VỚI LOẠI NUCLEOTIDE VÀ VỊ TRÍ ........................................... 15PHƯƠNG PHÁP BIỂU DIỄN CHUỖI DNA KHÔNG SUY THOÁI ......................................................... 15CHƯƠNG 4: ĐÁNH GIÁ THỰC NGHIỆM CÁC MÔ HÌNH DỰ ĐOÁNKHẢ NĂNG ỨC CHẾ CỦA SIRNA THEO CÁC BIỂU DIỄN DỮ LIỆUKHÁC NHAU .................................................................................................... 181.2.3.4.THỰC NGHIỆM THUẬT TOÁN KẾT HỢP APRIORI ........................................................................... 18THỰC NGHIỆM THUẬT TOÁN PHÂN LỚP NAÏVE BAYES ............................................................... 19THỰC NGHIỆM THUẬT TOÁN PHÂN LỚP HỒI QUY TUYẾN TÍNH .................................................... 20ĐÁNH GIÁ KẾT QUẢ THỰC NGHIỆM ............................................................................................. 22KẾT LUẬN ........................................................................................................ 23DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CÁC CHỮ VIẾT TẮTTừ viết tắtTừ chuẩnDiễn giải3ANNArtificial Neural NetworkMạng nơ ron nhân tạoCHSChalcone synthaseGen quy định màu tímDNAAxit deoxyribonucleicAxít deoxyribonucleicdsRNADouble-strand RNARNA xoắn képEIIPElectron-ion interactionexon predictionDự đoán exon tương tác điện tử-ionEndonucleaseenzyme phân cắt liên kết bên trongmột mạch nucleic acid; chúng có thểmang tính đặc hiệu đối với một phântử RNA, một phân tử DNA mạch đơnhay mạch képvivoCơ thể sốngvitroTrong ống nghiệmInterferonLoại prôtêin do tế bào cơ thể sinh rakhi bị vírut tấn công, nhằm ngănkhông cho virut phát triểnLentivirusMột phân họ của Retrovirus, đặc trưngcủa chúng là hướng tới các tế bào bạchcầu đơn nhân và đại ...