Xác định trình tự nucleotide vùng gen lục lạp (trnL - trnF) và khả năng sử dụng để nhận diện loài giổi ăn hạt (Michelia tonkinensis A.Chev.)

Bài viết Xác định trình tự nucleotide vùng gen lục lạp (trnL - trnF) và khả năng sử dụng để nhận diện loài giổi ăn hạt (Michelia tonkinensis A.Chev.) trình bày việc giải trình tự nucleotide vùng gen (trnL - trnF) của loài Giổi ăn hạt nhằm xem xét khả năng sử dụng trong định danh loài và xây dựng mối quan hệ di truyền giữa các loài trong chi Michelia.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Xác định trình tự nucleotide vùng gen lục lạp (trnL - trnF) và khả năng sử dụng để nhận diện loài giổi ăn hạt (Michelia tonkinensis A.Chev.)Thông tin khoa học công nghệ XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ NUCLEOTIDE VÙNG GEN LỤC LẠP (trnL - trnF) VÀ KHẢ NĂNG SỬ DỤNG ĐỂ NHẬN DIỆN LOÀI GIỔI ĂN HẠT (Michelia tonkinensis A.Chev.) VŨ ĐÌNH GIÁP (1), NGUYỄN THANH TUẤN (3), NGUYỄN VĂN QUÝ (3), VŨ ĐÌNH DUY (2), BÙI THỊ TUYẾT XUÂN (4), BÙI VĂN THẮNG (5), VŨ QUANG NAM (5) 1. ĐẶT VẤN ĐỀ Giổi ăn hạt (Michelia tonkinensis A.Chev.), họ Mộc lan (Magnoliaceae) đặctrưng với các đặc điểm: lá không có sẹo lá kèm trên cuống lá, các lá noãn ít (thườngdưới 10), các đài trưởng thành hình thuôn dài, có cuống quả và có các eo thắt hìnhcủ lạc. Giổi ăn hạt là loài cây gỗ đa tác dụng, có giá trị kinh tế và bảo tồn cao. TạiViệt Nam, loài cây này phân bố từ Lào Cai đến các tỉnh Bắc Trung Bộ và TâyNguyên [1]. Đây là một trong những loài gỗ được ưa chuộng trong xây dựng nhàcửa, đóng đồ đạc. Hạt có tinh dầu, loại gia vị truyền thống của nhân dân vùng núiphía Bắc, dùng làm thuốc chữa đau bụng, ăn uống không tiêu, xoa bóp khi đau nhức,tê thấp [2, 3]. Hiện nay các quần thể giổi ăn hạt trong rừng tự nhiên đang bị suygiảm nghiêm trọng do bị khai thác cạn kiệt và số lượng cây tái sinh tự nhiên thấp dohạt bị thu hái quá mức. Mã vạch DNA sử dụng đoạn DNA ngắn đã chuẩn hóa phân biệt giữa các loài [4,5, 6] và trở thành công cụ hỗ trợ có hiệu quả cho công tác giám định, phân loại, đánhgiá mối quan hệ di truyền và phát hiện loài mới [6 - 8]. Ở thực vật, một số vùng genlục lạp (matK, rbcL, psbA-trnH, trnL-trnF, atpF-atpH...) và vùng gen nhân (ITS-rDNA) đang được ứng dụng rộng rãi trong các nghiên cứu mối quan hệ phát sinhchủng loại, phân loại và nhận dạng loài [9, 10]. Vùng gen trnL-trnF nằm trong vùngsao chép đơn lớn của bộ gen lục lạp, có tính đa hình cao và được sử dụng trong địnhdanh, phân loại và xác định mối quan hệ phát sinh loài. Nghiên cứu mối quan hệ ditruyền và xác định vùng mã vạch DNA của một số loài thuộc họ Mộc lan ở Việt Namđã được tiến hành bởi Ha Van Huan và cộng sự [11]. Các tác giả chỉ ra trong số 4vùng mã vạch DNA, vùng trnH-psbA là vùng mã vạch DNA hiệu quả nhất và các tổhợp (matK + trnH-psbA, rbcL + trnH-psbA, ycf1b + trnH-psbA, matK + ycf1b +trnH-psbA, matK + rbcL + ycf1b + trnH-psbA) có thể được sử dụng làm mã vạchDNA để xác định loài và phân tích mối quan hệ di truyền giữa một số loài thuộc họMộc lan. Wang và cộng sự đã phân tích đặc điểm bộ gen lục lạp hoàn chỉnh cho bảyloài Manglietia (Manglietia aromatica, M. calcarea, M. conifera, M. duclouxii, M.glaucifolia, M. insignis và M. megaphylla) và một loài Michelia (Michelia alba) sửdụng công nghệ giải trình tự Illumina, với kích thước bộ gen lục lạp hoàn chỉnh từ159.973 đến 160.106 bp [12]. Phân tích phát sinh loài đã hỗ trợ phân loại ở cấp độphân họ hiện tại của họ Mộc lan, nhưng phân loại cấp độ gen của các loài phân họMagnolioideae vẫn còn là một thách thức. Gần đây, Deng và cộng sự đã mô tả bộ genlục lạp hoàn chỉnh của loài Michelia shiluensis [13]. Kết quả phân tích so sánh choTạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 29, 12-2022 235 Thông tin khoa học công nghệthấy sự tương đồng cao giữa bộ gen lục lạp của loài M. shiluensis, bốn loài (Micheliaodora, Magnolia laevifolia, Magnolia insignis và Magnolia cathcartii) và xây dựngcây phát sinh chủng loại cho thấy loài M. shiluensis có liên quan chặt chẽ nhất với M.odora. Thông tin bộ gen trong nghiên cứu này có giá trị để phân loại, nghiên cứu phátsinh chủng loại và để hỗ trợ các nỗ lực bảo tồn các loài này. Tuy nhiên, ở Việt Namcác nghiên cứu trước đây mới chỉ tập trung vào các đặc điểm sinh học, sinh thái vàphân bố của loài Giổi ăn hạt [1, 3], các nghiên cứu ứng dụng DNA mã mạch trongnhận dạng loài Giổi ăn hạt vẫn rất hạn chế. Trong nghiên cứu này chúng tôi giải trình tự nucleotide vùng gen (trnL - trnF)của loài Giổi ăn hạt nhằm xem xét khả năng sử dụng trong định danh loài và xâydựng mối quan hệ di truyền giữa các loài trong chi Michelia. 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP Trong các chuyến khảo sát thực địa đã thu được 3 mẫu Giổi ăn hạt (Micheliatonkinensis) (ký hiệu 1L-3L) được dùng làm vật liệu trong nghiên cứu này (Hình 1,Bảng 1). Các mẫu được bảo quản trong túi nhựa dẻo có chứa silicagel ngay tại thực địavà chuyển đến phòng thí nghiệm giữ ở nhiệt độ phòng đến khi sử dụng tách chiết DNA. Hình 1. Cành lá mang hoa với bộ nhụy mang ít lá noãn (bên trái) và quả trưởng thành với các đại mang cuống ngắn và eo thắt (bên phải) của loài Giổi ăn hạt Bảng 1. Địa điểm thu các mẫu Giổi ăn hạt trong nghiên cứu Mã số Ký Số hiệu GenBank ...