Bài giảng Giới thiệu ngôn ngữ R Markdown

Bài giảng Giới thiệu ngôn ngữ R Markdown và mục tiêu tái lập; một session với R Markdown; một document của R Markdown; phân tích mô hình hồi quy tuyến tính...
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Bài giảng Giới thiệu ngôn ngữ R Markdown Tuan V. Nguyen Garvan Institute of Medical ResearchProfessor, UNSW School of Public Health and Community MedicineProfessor of Predictive Medicine, University of Technology Sydney Adj. Professor of Epidemiology and Biostatistics, School of Medicine Sydney, University of Notre Dame Australia Phân tích dữ liệu và ứng dụng | Đại học Dược Hà Nội | 12/6 to 17/6/2019 © Tuan V. Nguyen RMardown, RStudio, R• R là nền tảng• R Studio được xây dựng trên R – có menu và giao diện biểu đồ• R Mardown là một phần của RStudio – giúp document mã R – tái lập (reproducibility) R Studio• Download R Studio https://www.rstudio.com/products/RStudio/#Desktop• R Markdown có trong R StudioR mardown Data objects Mã R OutputVận hành của R Studio Có thể lưu mã R vàoutput bằng cách dùng File/SaveR Markdown và mục tiêu tái lậpĐảm bảo tính reproducibility: dữ liệu + mã R + văn bản R Markdown• R + Markdown = RMarkdown• Có thể xem là một markup language• Lưu trữ mã R• Export output sang Word, pdf, htmlMột session với R Markdown Một document của R Markdown• Header• R codes• Output Một document của R Markdown # Phân tích tương quan giữa BMI và pcfat ## Dữ liệu obesity data, Việt Nam• Header ### PI: Tuan Nguyen• R codes # Đọc dữ liệu vào R ``` {r}• Output ob = read.csv(~/Dropbox/_Lectures and Talks/UTS Data Analytics 2019/obesity data.csv) head(ob) summary(lm(pcfat ~ bmi, data=ob)) Giữa ``` và ``` là R codes # Vẽ mối tương quan giữa BMI và pcfat library(ggplot2) p = ggplot(data=ob, aes(x=bmi, y=pcfat, ol=gender)) p + geom_point() + geom_smooth(method=lm) ``` HeaderHeader R codes R codes in-line R codesOutput R Markdown codes and output---title: Analysis of obesityauthor: Tuan Nguyendate: 4/22/2019output: html_document---# Analysis of obesity dataset## Data are from a study in Vietnam### PI: Tuan NguyenR Markdown codes and output # Đọc dữ liệu vào R ```{r} ob = read.csv(~/Dropbox/_Lectures and Talks/UTS Data Analytics 2019/obesity data.csv) head(ob) ```# Phân tích mô hình hồi qui tuyến tính```{r}summary(lm(pcfat ~ bmi, data=ob))```### SummaryThe mean of percent body fat is `r mean(ob$pcfat)`.# Vẽ mối tương quan giữa BMI và pcfat``` {r}library(ggplot2)p = ggplot(data=ob, aes(x=bmi, y=pcfat, col=gender))p + geom_point() + geom_smooth(method=lm)```Sau khi viếtxong, có thểKnit đểcho ra htmloutput trênrpubs.comrpubs.com/nguyet RStudio và RMarkdown• Hai additions rất quan trọng cho phân tích dữ liệu với R• RStudio cung cấp giao diện thân thiện hơn R• RMarkdown là một ngôn ngữ bị chú cho một công trình phân tích dữ liệu – một phương tiện rất có ích cho lưu trữ mã R – đảm bảo tính tái lập trong phân tích dữ liệu – có thể xuất sang Word, html và pdf