BÁO CÁO KHOA HỌC: CÁC BIẾN THỂ GEN HP1125

Helicobacter pylori (HP) là một trong các vi sinh vật thể hiện tính đa dạng sinh học rất cao do các quá trình đột biến, tái tổ hợp, trao đổi ADN xẩy ra trong hệ genom [1]. Trong thực tế lâm sàng, các bác sĩ thường xuyên đối mặt với các triệu chứng khác nhau của nhiễm khuẩn HP như viêm và loét dạ dày cũng như hành tá tràng dẫn đến ung thư dạ dày [2,3].
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
BÁO CÁO KHOA HỌC: "CÁC BIẾN THỂ GEN HP1125"CÁC BIẾN THỂ GEN HP1125Nguyễn Thị Hồng Hạnh và Nguyễn Thị NguyệtViện Công Nghệ Sinh họcI. MỞ ĐẦUHelicobacter pylori (HP) là một trong các vi sinh vật thểhiện tính đa dạng sinh học rất cao do các quá trình đột biến,tái tổ hợp, trao đổi ADN xẩy ra trong hệ genom [1]. Trongthực tế lâm sàng, các bác sĩ thường xuyên đối mặt với cáctriệu chứng khác nhau của nhiễm khuẩn HP như viêm vàloét dạ dày cũng như hành tá tràng dẫn đến ung thư dạ dày[2,3]. Có mối liên quan chặt chẽ giữa kiểu gen của HP vớicác triệu chứng bệnh lý mà chúng gây nên cho con người[4,5]. Chẳng hạn, mặc dù tất cả các chủng HP đều manggen vacA, nhưng chỉ có 40% trong số chúng có khả nănggây không bào hoá tế bào Hela. Các nghiên cứu trên genvacA của các chủng HP phân lập ở Mỹ cho thấy, các biếnthể vacA là nguyên nhân của hiện tượng nói trên [6].Dựa trên sự khác biệt của vùng nằm giữa gen vacA, cácchủng HP có thể chia thành hai loại với kiểu gen m1 và m2,còn dựa trên sự khác biệt của vùng tín hiệu ở đầu 5’, cácchủng HP có thể chia thành ba loại với các kiểu gen s1(a vàb) và s2. Như thế, các chủng HP tồn tại trong tự nhiên cầnphải mang các kiểu gen như được trình bầy ở bảng 1. Cáckhảo sát cho thấy, loại trừ m1s2 còn tất cả các kiểu gen ởbảng 1 đều được tìm thấy ở các chủng HP phân lập tại Mỹ. Bảng 1. Các kiểu gen vacA của Helicobacter pyloriCác biến thể HP thể hiện các kiểu hình gen khác nhau. Vídụ, khả năng gây không bào tế bào Hela được gắn liền vớicác kiểu gen của vi khuẩn, trong đó s1a>s1b và m1>m2.Trong điều kiện invivo, khả năng loét dạ dày của các bệnhnhân giảm dần khi bệnh nhân bị nhiễm các chủng HP khácnhau s1a>s1b hoặc s1a>s2.Gen HP1125 của vi khuẩn HP mã hoá cho một lipoproteinmàng ngoài có phân tử lượng khoảng 20 kDa. Protein nàycòn được tìm thấy trong các dịch thể có nguồn gốc từ màngngoài của vi khuẩn [7]. Nó có thể gây các đáp ứng miễndịch ở người ở mức độ khác nhau. Do đó, trong một sốtrường hợp, mặc dù các bệnh nhân bị nhiễm khuẩn HP,nhưng các kết quả phân tích Western hoặc Elisa lại cho kếtquả âm tính giả [8]. Nguyên nhân của hiện tượng, đến naychưa được biết.Trong bài báo này, chúng tôi thông báo kết quả nghiên cứuvề gen HP1125 mã hoá cho một protein màng ngoài củacác chủng HP Việt nam. Bốn mẫu đoạn gen HP1125 phânlập từ bệnh phẩm của các bệnh nhân bị loét dạ dày đã đượcgiải mã và chúng thể hiện tính đa hình ở cả mức độnucleotide và protein. Trong một số trường hợp, do các độtbiến điểm tạo nên các stop codon bên trong gen, nên protengiả định có thể ngắn hơn dự kiến. Điều đó giải thích các kếtquả âm tính giả của phân tích Western hoặc Elisa.Các kết quả nhận được mang ý nghĩa lý thuyết và thựchành. Nó nhắc nhở các bác sĩ thận trọng hơn khi kết luận vềnhiễm khuẩn HP của người bệnh khi kết quả phân tíchhuyết học của họ âm tính. Một lần nữa, tiềm năng của ADNtrong chẩn đoán bệnh nhiễm khuẩn lại được đề cập .II. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁPVật liệuCác mẫu bệnh lý được lấy bằng phương pháp nội soi từ cácbệnh nhân bị viêm loét dạ dày nặng vào đầu năm 2003 tạibệnh bệnh Hữu nghị. Mẫu được bảo quản ở –20oC cho đếnkhi dùng.Phương pháp nghiên cứu- Tách chiết ADN và nhân gen HP1125ADN được tách chiết từ sinh thiết dạ dày theo phương phápđã miêu tả. Gen HP1125 được nhân bằng phương phápPCR theo phương pháp đã miêu tả [9].- Giải trình tự của gen HP1125Gen HP1125 được giải trình tự trực tiếp không qua tạodòng phân tử theo phương pháp Malt [10]Phân tích các trình tự của gen HP1125 bằng chương trìnhBlast trên Website.II. KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬNNHÂN GEN HP1125Các điều kiện để nhân gen HP1125 như nhiệt độ gắn củamồi trên ADN khuôn mẫu, thời gian tổng hợp gen ở 72oC,hàm lượng MgCl2 … đã được tối ưu hoá để bảo đảm sảnphẩm PCR có thể được tổng hợp một cách đặc thù. Hình 1cho thấy một trong các kết quả kiểm tra sản phẩm PCR trêngel agarose 10%. Đoạn ADN được nhân là một băng duynhất có phân tử lượng khoảng 540 cặp bazơ như dự đoán. Hình 1: Khuếch đại gen HP1125 bằng phương pháp PCR Đường chuẩn ADN 100 đôi kiềm1. Sản phẩm PCR là một băng ADN có phân tử lượng2.khoảng 540 kbGIẢI TRÌNH TỰ CỦA CÁC GENTrình tự của các đoạn ADN của gen HP1125 được giải mãtrực tiếp không qua tạo dòng phân tử. Chúng được đệ trìnhlên quĩ gen với bốn mã số như sau:i) AY513613.ii) AY573293iii) AY573294iv) AY573295CÁC BIẾN THỂ HP1125 CỦA HELICOBACTERPYLORI CỦA VIỆT NAMTrong bốn mẫu đoạn gen HP1125 nhân bằng PCR, chỉ cóđoạn gen AY513613 là được giải mã hoàn toàn, còn batrường hợp còn lại, các đoạn gen có mã số AY 573293-AY573294-AY573295 chỉ được giải mã toàn phần. Tuynhiên, các kết quả nhận được cũng vẫn được sử dụng đểnhận một số thông tin quan trọng.So sánh đoạn gen HP1125 từ bốn mẫu khác nhau được giảimã cho thấy, gen HP1125 đã thể hiện tính đa hình cao vớiđộ tương đồng từ 92% đến 100%. Các đột biến điểm, trongđó một nucleotide c ...