BÁO CÁO KHOA HỌC: GIẢI TRÌNH TỰ GEN HP1125 MÃ HOÁ CHO PROTEIN MÀNG NGOÀI CỦA Helicobacter pylori

Vi khuẩn Gram âm Helicobacter pylori là căn nguyên của các bệnh về tiêu hoá như viêm và loét dạ dày... Vi khuẩn cũng gắn liền với nguy cơ ung thư dạ dày ở những người bệnh nhiễm khuẩn [1, 2]. Ở trên thế giới cũng như ở Việt Nam, có khoảng hơn nửa dân số bị nhiễm Helicobacter pylori.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
BÁO CÁO KHOA HỌC: "GIẢI TRÌNH TỰ GEN HP1125 MÃ HOÁ CHO PROTEIN MÀNG NGOÀI CỦA Helicobacter pylori"GIẢI TRÌNH TỰ GEN HP1125 MÃ HOÁ CHOPROTEIN MÀNG NGOÀI CỦA Helicobacter pyloriNguyễn Thị Nguyệt & Nguyễn Thị Hồng HạnhViện Công nghệ Sinh HọcMỞ ĐẦUVi khuẩn Gram âm Helicobacter pylori là căn nguyên củacác bệnh về tiêu hoá như viêm và loét dạ dày... Vi khuẩncũng gắn liền với nguy cơ ung thư dạ dày ở những ngườibệnh nhiễm khuẩn [1, 2]. Ở trên thế giới cũng như ở ViệtNam, có khoảng hơn nửa dân số bị nhiễm Helicobacterpylori.Hiện nay, trong quá trình điều trị, bên cạnh một số biệtdược, các bác sĩ thường chỉ định sử dùng kháng sinh chocác bệnh nhân. Việc chữa chạy thường gặp thất bại, do rấtnhanh chóng, Helicobacter pylori trở nên kháng thuốc [3].Hai trong những giải pháp tốt nhất để chống vi khuẩn dạdày mà các nhà khoa học hướng tới là i) tìm ra vacin đểphòng ngừa bệnh ii) sử dụng các thuốc ức chế sự phát triểncủa vi khuẩn trong dạ dày của bệnh nhân.Để có thể là vaccine chống nhiểm khuẩn Helicobacterpylori, một protein được sử dụng làm kháng nguyên cầnphải có thành phần hoá học và cấu trúc ổn định. Cácprotein màng ngoài của vi khuẩn dường như đáp ứng đượcyêu cầu như trên.Helicobacter pylori có thể có đến 32 protein màng ngoài[4]. Các protein có thể đóng các vai trò khác nhau, trong đócó vận chuyển các chất vào bên trong tế bào vi khuẩn cũngnhư tương tác với môi trường xung quanh. Một trong 32protein màng ngoài nói trên đang được nghiên cứu làprotein HP1125. Gen mã hoá cho protein đã được tạo dòngvà phân tích lần đầu tiên bởi các nhà khoa học Nam TriềuTiên [5]. Muộn hơn, đầu 5’ của gen của 20 chủng cũngđược tạo dòng và phân tích ở Viện Công nghệ Sinh học,Việt Nam [in press].Các phân tích trên một số trình tự của gen HP1125 đã đượccông bố cho thấy, cả gen HP1125 và protein HP1125 đềubảo thủ. Tuy nhiên, với một đối tượng siêu đột biến như vikhuẩn dạ dày, các trường hợp bất ngờ dường như có thểxẩy ra. Trong bài báo này, chúng tôii công bố toàn bộ trìnhtự gen HP1125 của Helicobacter pylori trong sinh thiết mộtbệnh nhân Việt Nam bị loét dạ dày. Loại trừ một vài độtbiến nhỏ, gen HP1125 của vi khuẩn Việt Nam đã bị mất 2nucleotide ở đầu 3’, dẫn đến sự xuất hiên của một proteinvới thành phần khác biệt ở đầu C.NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁPBệnh nhân và sinh thiết: Mẫu sinh thiết dạ dày được lấybằng phương pháp nội soi từ một bệnh nhân bị loét dạ dàyViệt nam chưa được điều trị kháng sinh ở bệnh Viện HữuNghị ( Hà Nội).Tách chiết ADN từ sinh thiết dạ dày: ADN của sinh thiếtloét dạ dày được tách chiết theo phương pháp như đã miêutả [6].Khuếch đại gen HP1125 bằng phương pháp PCR: 10 ngADN tách chiết từ sinh thiết được dùng làm khuôn mẫu chophản ứng PCR trong một thể tích 25 l. Các mồi thiết kế cótrình tự như sau:F1: ACTTGAATTCCTTGATCGGATTCTTTGATTTC.F2:TTTAGGATCCCCATGGATAATAAGACTGTGGCC.Chương trình nhiệt của phản ứng PCR: 94oC : 1 phút., 55oC: 50 s., 72oC: 50 s Chu kỳ 35 vòng. Sản phẩm PCR đượckiểm tra trên gel agarose 1. 2%. Đệm 1 x TAE được sửdụng trong điện di.Giải trình tự gel: Sản phảm PCR của gen HP1125 đượcphân giải trên gel agarose 0.8% và được làm sạch khỏi cácmồi còn thừa sau phản ứng bằng Gene clean Kit. ADN vớinồng độ 10 ng/l được sử dụng để giải trình tự tại ADNCore, trường đại học tổng hợp Michigan (Mỹ) theo phươngpháp giải trình của Hultman (6a)Phân tích trình tự đoạn ADN: Chương trình Blast trên trangWeb được sử dụng để phân tích trình tự cũng như proteincuar gen.KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬNKhuếch đại gen HP1125 bằng phương pháp PCRToàn bộ gen HP1125 được khuyếch đại bằng phương phápPCR. Sản phẩm PCR là một băng ADN duy nhất có phântử lượng  540 cặp bazơ ( hình 1).Hình 1. Khuyếch đại gen HP1125 bằng phương pháp PCR Thang chuẩn ADN 100 cặp bazơM.1. Sản phẩm PCR có kích thướckhoảng 540 cặp bazo đượckiểm tra bằng phương pháp điện diKết quả giải trình tựSản phẩm PCR, sau khi làm sạch được giải trình tự trựctiếp không qua giai đoạn tạo dòng phân tử. Kết quả đượctrình bầy ở hình 2 A và B. Gen HP1125 của Việt Nam đãđược đệ trình vào quĩ gen và có số mã là AY513613.Hình 2. Trình tự nucleotide gen HP1125(A) và thành phần của protein tương ứng (B)18 acid amine có gạch chân dưới làm thành peptide tínhiệu.Phân tích gen ở mức độ ADN và proteinA) Ở mức độ ADNTrình tự của toàn bộ gen HP1125 vừa được giải mã được sosánh với gen tương ứng của các chủng nước ngoài bằngchương trình Blast. Nhìn chung, gen của Việt nam có sựtương đồng khá cao với gen tương ứng của một số chủngcủa nước ngoài (bảng 1)Tuy nhiên, nếu nghiên cứu kỹ hơn trình tự, có thể thấy sựkhác nhau chủ yếu do các đột biến điểm. Đặc biệt, genHP1125 của Việt Nam bị mất hai cặp bazo tg ở đầu 3. Vìvậy, nó đã làm stop codon ở cách đó không xa biến mất.Một trong các kết quả so sánh bằng Blast với Omp22 củachủng Hàn Quốc được trích dẫn ở dưới.B) ở mức độ proteinProtein ...