Báo cáo nghiên cứu nông nghiệp Báo cáo sơ bộ kết quả nghiên cứu biến dị di truyền microsatellite loci cá rô phi

Để nghiên cứu biến dị di truyền của quần đàn cá rô phi (Oreochromis niloticus) lai tạo, 1065 mẫu cá rô phi trong 9 quần đàn lai tạo được đánh giá về kiểu gene thông qua 4 microsatellite markers bao gồm IGF-MSO3, UNH 104, UNH 124 và UNH 216. Tỷ lệ dị hợp tử thực tế và lý thuyết cùng tần số các alleles được tính toán để xác định biến dị di truyền trong mỗi quần đàn và trong các quần đàn với nhau. Cả 4 microsatellite loci đều thể hiện đa hình trong đó số alleles là 5,...
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Báo cáo nghiên cứu nông nghiệp " Báo cáo sơ bộ kết quả nghiên cứu biến dị di truyền microsatellite loci cá rô phi " Báo cáo sơ bộ kết quả nghiên cứu biến dị di truyền microsatellite loci cá rô phi TS. Phạm Anh Tuấn CN. Nguyễn Thị Tần KS Lê Quang HưngTóm tắt Để nghiên cứu biến dị di truyền của quần đàn cá rô phi (Oreochromis niloticus) lai tạo, 1065mẫu cá rô phi trong 9 quần đàn lai tạo được đánh giá về kiểu gene thông qua 4 microsatellitemarkers bao gồm IGF-MSO3, UNH 104, UNH 124 và UNH 216. Tỷ lệ dị hợp tử thực tế và lýthuyết cùng tần số các alleles được tính toán để xác định biến dị di truyền trong mỗi quần đàn vàtrong các quần đàn với nhau. Cả 4 microsatellite loci đều thể hiện đa hình trong đó số alleles là 5, 4,3 và 3 tương ứng với các locus IGF-MSO3, UNH216, UNH 124 và UNH 104. Tỷ lệ dị hợp tử lýthuyết cao nhât ở locus IGF-MSO3 (0.77) và thấp nhất ở locus UNH124 (0.66), trong khi đó tỷ lệ dịhợp tử thực tế cao nhất ở locus UNH 216 (0.98) và thấp nhất ở locus UNH 104 (0.57). Tỷ lệ dị hợptử lý thuyết trên các quần đàn dao động từ 0,63 đến 0,69 còn tỷ lệ dị hợp tử thực tế dao động từ 0,56đến 0,83 trên tất cả các loci. Có hai nhánh chính trong cây di truyền, nhánh thứ nhất gồm các quầnđàn 1, 7, 8, và 9 và nhánh thứ hai gồm quần đàn 2, 3, 4, 5, 6. Trong đó, quần đàn 3 và 4, 5 và 6, 8 và9 là rất gần nhau về khoảng cách di truyền.1. Đặt vấn đề Mặc dù cá rô phi có nguồn gốc từ châu Phi và vung Trung Đông, nhưng chúng đã trở thành đốitượng nuôi thủy sản quan trọng hầu khắp thế giới và được nuôi rộng rãi trên 100 quốc gia (Romana-Eguia et al., 2004). Sản lượng lớn nhất của cá rô phi là từ châu á và vùng Đông Dương. Theo ướctính, 80% sản lượng cá rô phi nuôi trên thế giới là từ châu á, trong đó Trung Quốc là nước cung cấpcá rô phi lớn nhất. Loài O. niloticus đứng thứ 8 trong bảng sếp hạng sản lượng nuôi của thế giớinăm 2004 (sấp xỉ 1,5 triệu tấn với giá trị 1,6 tỷ USD). Sản lượng cá rô phi cũng tăng mạnh từ năm1995 đến 2004 là khoảng 2,6 lần về sản lượng và 2,2 lần về giá trị. Theo ước tính, sản lượng và giátrị kinh tế của cá rô phi năm 2004 là 1,82 triệu tấn và đạt 2,2 tỷ USD (FAO, 2005). Cá rô phi không 1chỉ được nuôi rộng rãi ở nhiều nước, chúng còn là nguồn cung cấp protein thiết thực ở các nướcđang phát triển (Agnese et al., 1997). Cá rô phi, nhất là loài O. niloticus sở hữu một trong nhữngđặc điểm nổi bật là dễ dàng cho sinh sản, có sức chống chịu cao với điều kiện môi trường thay đổi,chúng sử dụng có hiệu quả nguồn thức ăn hàm lượng protein thấp và có sức chống đỡ cao vớinguồn lây bệnh và stress (Hassanien & Gilbey, 2005). Mặc dù chúng được nuôi phổ biến ỏ nhiềunước, nhưng hiểu biết của chúng ta về cơ sở di truyền quần đàn tự nhỉên còn rất hạn chế (Agnese etal., 1999). Trong khi đó, kỹ thuật nuôi trồng thủy sản bền vững lại đòi hỏi có sự quản lý về mặt ditruyền và việc này là rất quan trọng để hiểu hơn nữa về các nhóm di truyền quần đàn so với cácquần đàn ban đầu (Hassanien & Gilbey, 2005). Việc hiểu biết về cấu trúc di truyền quần đàn có thểgiúp ích nhiều trong các công việc như nghiên cứu đa dạng di truyền quần đàn, nghiên cứu bảo tồndi truyền hoặc dùng trong nâng cao phẩm giống. Có nhiều phương pháp đánh giá và xác định di truyền cá rô phi đã được sử dụng. Trong đó phảikể đến là phương pháp đánh giá enzyme (Rognon et al., 1996), phương pháp đa hình độ dài phânđoạn giới hạn trong ty thể ADN (mt DNA - RFLPs), phương pháp ADN đa hình khuếch đại ngẫunhiên (RAPD)(Romana-Eguia et al., 2005) và phương pháp microsatellite marker. Trong cácphương pháp trên, microsatellite marker là phương pháp hiệu quả đa năng được ứng dụng nhiềutrong nghiên cứu hệ sinh thái, tiến hóa và bảo tồn (Wirgin & Waldman, 1994; OConnell & Wright,1997). Ơr cá rô phi, phương pháp này được áp dụng rộng rãi để đánh giá đa dạng di truyền(Hassanien & Gilbey, 2005), mức độ cận huyết (Palti et al., 2002), cấu trúc quần thể và dòng chảygene. Với nhiều ứng dụng trong di truyền quần thể như trên, chúng tôi sử dụng các microsatelliteloci để nghiên cứu đánh giá mức độ biến dị di truyền quần đàn cá rô phi lại tạo ở Viện nghiên cứunuôi trồng thủy sản 1. Chúng tôi đã tiến hành nghiên cứu đa hình của 4 microsatellite markers trên 9quần đàn cá rô phi lai tạo. 22. Vật liệu và phương pháp nghiên cứu2.1. Phương pháp thu mẫu Thu mẫu trên 9 quần đàn cá rô phi lai tạo theo bảng 1. Ba muơi mẫu vây cá rô phi từ mỗi quần đàn được thu ngẫu nhiên và cố định trong cồn ethano ...