Báo cáo Tính năng lượng tự do Hydrat hoá của chất tương tự Axit amin bằng phương pháp động lực phân tử

Tính năng lượng tự do Hydrat hoá của chất tương tự Axit amin bằng phương pháp động lực phân tử
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Báo cáo " Tính năng lượng tự do Hydrat hoá của chất tương tự Axit amin bằng phương pháp động lực phân tử " Tap chi Hoa hoc, T. 47 (6), Tr. 709 - 715, 2009TINH NANG LLfONG TL/ DO HYDRAT HOA CUA CHAT TUONG TL/ AXIT AMIN BANG PHUONG PHAP DONG LL/C PHAN TLT Den Tda soan 24-12-2008 DANG UNG VAN, NGUYEN HOA MY Trucmg Dai hgc Hod Binh, Hd Ngi Trung tdm dng dung tin trong hod hgc, DH Khoa hgc Tu nhien, DHQG Hd Ngi ABSTRACT The paper deals with molecular dynamics calculation of solvation fi-ee energy of some amino acid side chain analogs in water by GROMACS sofhare and following Dillgroup calculation procedure. We calculated the fi-ee energy for turning off the Lennard-Jones interactions of 8 amino acid analogs including methane/Ala, n-hutan/Ile, isohutan/Leu, propane/Val, acetamid/Asn, p-cresol/Tyr, etanol/Thr and metanollSer represented with the OP ES-AA force field in TIP3P water models. We achieved a high degree of statistical precision in molecular dynamic simulations and by thermodynamic intergration method obtained the deviation of calculated fiee energy of hydration of about 0.02 - 0.60 kcal/mol fiom the experimental hydration fiee energy measurements of the same molecules. I - M O DAU tinh loan nang lugng tu do, ndi chung, khdng cd khai niem ve nhirng dilu kien bien khdng quan Tfnh loan nang lugng tu do la mdt trong trgng ddi vdi ket qua tfnh. Tat ca diu phii kiimnhiing viec khd nhat va tdn kem thdi gian may tra can than [2].nhat eiia dgng luc phan tir. Tuy vay, vl nguyen Ca sd ly thuylt cua phuang phap tfnh nangtac, phuang phap nay cho kit qua kha phii hgp uqng tu do bang dgng luc phan tir dugc trinhvdi thuc nghiem va cd the du bao chfnh xac bay trong Phin II ciia bai bao nay. Phin III trinhnang lugng tu do ciia cac qua trinh hoa ly [1] bay quy trinh tinh dua tren phien ban 3.3.1 ciiakhdng kem theo viec cit diit va hinh thinh cac GROMACS. Phin IV danh cho kit qua tfnh valien kit cdng hoa tri, vf du nhu qua trinh xonvat thao luan ddi vdi qua trinh hydrat hoa mot sohoa. qua trinh tao phirc Michaelis giira phdi tir chit tucmg tir axit amin.va protein ... Kit qui tinh toan nang lutpng tu dothucmg rat nhay vai viec lua chgn mdt sd dilu CO SO LY THUYETkien bien vdn khong quan trong ddi vdi pheptfnh ddng luc phan tir thdng thudng. Vf du nhu Viee tinh toan nang lucmg tu do duac thuckhi xir ly phin khoang tac dung xa cua luc hien dua tren nhirng nguyen ly cua ca hoc thdngCoulomb bing thuat toan ludi hat Ewald (PME), ke. Cac khai niem vl phan bd Boltzmann, tfchcac tham sd PME vdn dii diing cho cac tfnh toan phan trang thai (Z), tap hap (essemble) chinh ticdong luc phan tu thdng thudng thi lai cd the cho nhd (NVE), chfnh tic (NVT), chinh tac ansai sd nghiem trgng trong viec tfnh toan nang (iVT), tap hgp ding nhiet ding ap (NPT) va mdiluang tu do ciia qua trinh thay ddi dien tich Hen he giiia tfch phan trang thai va cac dai uangrieng phan tren mdt phan tir. Vi the, vdi nhirng nhiet ddng hgc da dugc trinh bay chi tilt trong 709cic sach giao khoa vl nhiet ddng hgc [3]. Dai -mx.>.)luc^mg quan trgng nhit m i bii bao nay quan tam P(X,X) (8)la nang lugng tu do A. Biln thien nang lugng tu Zdo / A tir trang thai ZQ den trang thai Z, gin vai nennang luting ciu hinh EQ vi E, dugc xac dinh bdi dA(X) _ldE(X,X)he thiic (9) dX dX i AA=A- AQ^-ICT In- trong dd diu ngoac nhgn ky hieu gii tri trung (1) binh tap hgp theo ham xac suit. Nhu vay, ta cd: Hm. Ldi giii ciia / A nhan dugc bing cich apdung tham s ...