CHUẨN HÓA QUI TRÌNH PCR PHÁT HIỆN VI KHUẨN EDWARDSIELLA ICTALURI, AEROMONAS HYDROPHILA VÀ FLAVOBACTERIUM COLUMNARE TỪ MÁU CÁ TRA (PANGASIANODON HYPOPHTHALMUS)

Qui trình chiết tách DNA từ máu cá tra và các qui trình PCR phát hiện các loài vi khuẩnEdwardsiella ictaluri, Aeromonas hydrophila và Flavobacterium columnare được chuẩnhóa và ứng dụng. Qui trình PCR phát hiện E. ictaluri cho sản phẩm PCR đặc hiệu là 407bp với độ nhạy phát hiện là 4.5x104 CFU/ml vi khuẩn trong 100 l máu cá. Qui trìnhPCR phát hiện A. hydrophila cho sản phẩm PCR đặc hiệu là 209 bp với độ nhạy pháthiện là 4.5x106 CFU/ml vi khuẩn trong 100 l máu cá. Qui trình PCR phát hiện F.columnare cho sản phẩm PCR...
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
CHUẨN HÓA QUI TRÌNH PCR PHÁT HIỆN VI KHUẨN EDWARDSIELLA ICTALURI, AEROMONAS HYDROPHILA VÀ FLAVOBACTERIUM COLUMNARE TỪ MÁU CÁ TRA (PANGASIANODON HYPOPHTHALMUS)Tạp chí Khoa học 2012:21b 179-187 Trường Đại học Cần Thơ CHUẨN HÓA QUI TRÌNH PCR PHÁT HIỆN VI KHUẨN EDWARDSIELLA ICTALURI, AEROMONAS HYDROPHILA VÀ FLAVOBACTERIUM COLUMNARE TỪ MÁU CÁ TRA (PANGASIANODON HYPOPHTHALMUS) Trần Nguyễn Diễm Tú1 và Đặng Thị Hoàng Oanh1 ABSTRACTProtocol for DNA extraction from blood of stripped catfish and PCR protocols fordetection of Edwardsiella ictaluri, Aeromonas hydrophila and Flavobacterium columnarebacteria were optimized and applied. The optimized PCR protocol for detection ofE. ictaluri bacteria gave a PCR product of 407 bp and detection sensitivity was 4.5x104CFU/ml of bacteria in 100 l catfish blood. The optimized PCR protocol for detection ofA. hydrophila bacteria gave a PCR product of 209 bp and detection sensitivity was4.5x166 CFU/ml of bacteria in 100 l catfish blood. The optimized PCR protocol fordetection of F. columnare bacteria gave a PCR product of 504 bp and detectionsensitivity was 4.5x163 CFU/ml of bacteria in 100 l catfish blood. These PCR protocolswere used to detect respective bacteria in blood samples of experimental injection catfish.The obtained results showed that optimized PCR protocols can be used as a nondestructive methods for rapid, sensitive and specific detection of bacterial infectionin catfish.Keywords: Edwardsiella ictaluri, Aeromonas hydrophila, Flavobacterium columnare,PCR. Fish bloodTitle: Optimization of PCR protocols for detection of Edwardsiella ictaluri, Aeromonashydrophila and Flavobacterium columnare bacteria from stripped catfish blood TÓM TẮTQui trình chiết tách DNA từ máu cá tra và các qui trình PCR phát hiện các loài vi khuẩnEdwardsiella ictaluri, Aeromonas hydrophila và Flavobacterium columnare được chuẩnhóa và ứng dụng. Qui trình PCR phát hiện E. ictaluri cho sản phẩm PCR đặc hiệu là 407bp với độ nhạy phát hiện là 4.5x104 CFU/ml vi khuẩn trong 100 l máu cá. Qui trìnhPCR phát hiện A. hydrophila cho sản phẩm PCR đặc hiệu là 209 bp với độ nhạy pháthiện là 4.5x106 CFU/ml vi khuẩn trong 100 l máu cá. Qui trình PCR phát hiện F.columnare cho sản phẩm PCR đặc hiệu là 504 bp với độ nhạy phát hiện là 4.5x103CFU/ml vi khuẩn trong 100 l máu cá. Các qui trình trên được sử dụng để phát hiện cácvi khuẩn tương ứng trong mẫu máu cá cảm nhiễm vi khuẩn. Kết quả cho thấy các quitrình có thề phát hiện nhanh, nhạy và đặc hiệu mẫu máu cá tra nhiễm khuẩn nhưng vẫngiữ sống mẫu xét nghiệm.Từ khoá: Edwardsiella ictaluri, Aeromonas hydrophila, Flavobacterium columnare,Pangasianodon hypophthalmus, PCR, máu cá1 GIỚI THIỆUTrong những năm gần đây nghề nuôi cá tra (Pangasianodon hypophthalmus) ởViệt Nam phát triển rất nhanh, đặc biệt là nuôi thâm canh hóa với mật độ cao nên1 Khoa Thủy sản, Trường Đại học Cần Thơ 179Tạp chí Khoa học 2012:21b 179-187 Trường Đại học Cần Thơvấn đề dịch bệnh xảy ra thường xuyên và gây thiệt hại nặng nề hơn. Dịch bệnh docác bệnh truyền nhiễm đã và đang gây thiệt hại nghiêm trọng đến năng suất và sảnlượng cá nuôi trong đó có bệnh mủ gan do vi khuẩn Edwarsiella ictaluri và bệnhxuất huyết do vi khuẩn Aeromonas hydrophila gây ra. Ngoài ra còn có bệnh trắngda do vi khuẩn Flavobacterium columnare cũng gây nhiều thiệt hại. Quản lý dịchbệnh ao nuôi cá tra sao cho hiệu quả là vấn đề quan tâm hàng đầu của người nuôicá. Một trong những yếu tố ảnh hưởng lớn đến sức khỏe ao nuôi cá tra đó là chọncá bố mẹ để cho sinh sản và cá giống sạch bệnh để phòng ngừa khả năng bộc phátvà lây lan bệnh. Hiện nay PCR là phương pháp chủ yếu được sử dụng để phát hiệnnhanh và chính xác mầm bệnh vi khuẩn ở thủy sản. Gần đây phương pháp PCR đãđược ứng dụng để phát hiện vi khuẩn từ thận cá tra như vi khuẩn E. ictaluri (ĐặngThị Hoàng Oanh và Đặng Thuỵ Mai Thy, 2009), A. hydrophila (Nguyễn Hà Gianget al., 2009, 2010) đã rút ngắn rất nhiều thời gian và giảm chi phí phân tích. Tuynhiên việc chẩn đoán bệnh cá từ thận phải làm chết cá nên không đáp ứng nhu cầuxét nghiệm ở cá bố mẹ hoặc trong trường hợp cần giữ sống mẫu. Trong bài báonày chúng tôi trình bày các qui trình PCR phát hiện vi khuẩn E. ictaluri,A. hydrophila và F. columnare từ máu cá tra để phát hiện nhanh và nhạy ba loại vikhuẩn nêu trên nhằm ứng dụng vào xét nghiện bệnh vi khuẩn ở cá tra nhưng khônglàm chết cá nhất là đối với cá bố mẹ cho sinh sản.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU2.1 Vật liệu nghiên cứuCá tra giống có khối lượng khoảng 20-25g/con, da sáng, phản ứng linh hoạt. Cácchủng vi khuẩn E. ictaluri (Eic-CA3.1G), A. hydrophila (Ahy-CA1.2T) ...