Đa dạng di truyền gene D-loop ty thể ở một số giống vịt bản địa Việt Nam

Việt Nam là quốc gia có nguồn gen vịt bản địa khá đa dạng và phong phú. Nghiên cứu được thực hiện nhằm phân tích tính đa dạng di truyền gen D-loop ty thể ở một số giống vịt nuôi tại Việt Nam, đồng thời phân tích mối quan hệ di truyền và phát sinh loài giữa vịt Việt Nam với một số giống vịt trên thế giới.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Đa dạng di truyền gene D-loop ty thể ở một số giống vịt bản địa Việt Nam DI TRUYỀN DI TRUYỀN - GIỐNG VẬT NUÔI - GIỐNG VẬT NUÔI ĐA DẠNG DI TRUYỀN GENE D-LOOP TY THỂ Ở MỘT SỐ GIỐNG VỊT BẢN ĐỊA VIỆT NAM Nguyễn Văn Ba1, Phạm Thị Phương Mai1, Trần Thị Thu Thủy1, Phạm Thu Thảo1 và Phạm Doãn Lân1* Ngày nhận bài báo: 12/03/2021 - Ngày nhận bài phản biện: 22/03/2021  Ngày bài báo được chấp nhận đăng: 14/04/2021 TÓM TẮT Việt Nam là quốc gia có nguồn gen vịt bản địa khá đa dạng và phong phú. Nghiên cứu được thực hiện nhằm phân tích tính đa dạng di truyền gen D-loop ty thể ở một số giống vịt nuôi tại Việt Nam, đồng thời phân tích mối quan hệ di truyền và phát sinh loài giữa vịt Việt Nam với một số giống vịt trên thế giới. Tổng số 276 mẫu máu của 15 giống vịt được thu thập và tách chiết ADN tổng số. Đoạn gen D-loop (481bp) ty thể được tiến hành giải trình tự trực tiếp. Kết quả nghiên cứu cho thấy: trong 15 giống vịt đã xác định được 44 haplotype với 31 điểm đa hình. Đa dạng di truyền cao được tìm thấy ở giống vịt trời Bắc Mỹ và vịt Minh Hương trong khi đó đa dạng di truyền thấp thể hiện ở giống vịt Cỏ và Huba. Cây phát sinh chủng loại dựa vào haplotype gen D-loop giữa vịt Việt Nam và vịt một số nước là bằng chứng phân tử cho thấy chúng đều có nguồn gốc từ vịt Anas platyrhynchos. Từ khoá: Gen D-loop ty thể, haplotype, đa dạng di truyền. ABSTRACT Genetic diversity of Mitochondrial D-loop gene in some Vietnamese native duck breeds Vietnam has a diverse range of indigenous duck genetic resources. The study was conducted to analyze the genetic diversity of Mitochondrial D-loop gene in some duck breeds and to analyze the phylogenetic relationships between Vietnamese native ducks and some duck breeds in the world. Total 276 blood samples from 15 duck breeds were collected and DNA was extracted. A fragment of Mitochondrial D-loop gene (481bp) was sequenced directly for 276 samples. The results showed that 44 different haplotypes of D-loop gene were identifiedbased on 31 polymorphisms. The highest haplotype diversity of D-loop gene was found in Bắc Mỹ and Minh Hương duck breed and the lowest haplotype diversity of D-loop gene was found in Co and Huba duck breed. The phylogenetic tree provided evidence that Vietnamese native duck breeds origin was from Anas platyrhynchos. Keywords: Mitochondrial Dloop gene, duck, genetic diversity. 1. ĐẶT VẤN ĐỀ của vùng điều khiển (D-loop), cytochrome b và locus 12S rARN chúng có mức độ tiến hóa Sử dụng các chỉ thị di truyền phân tử để rất nhanh và đã được chứng minh là rất hiệu đánh giá sự đa dạng di truyền giữa các giống quả trong việc nghiên cứu về cấu trúc và đa và trong bản thân các giống vật nuôi ở mức độ dạng di truyền. Phân tử ADN ty thể không phân tử sẽ giúp định hướng cho việc quản lý, trải qua bất kỳ một trạng thái tái tổ hợp nào. bảo tồn và sử dụng nguồn gen động vật nuôi Hơn nữa, hệ gen ty thể có đặc tính di truyền một cách hữu ích. ADN ty thể là một trong theo dòng mẹ ở hầu hết các loài và vì vậy mỗi những chỉ thị di truyền được sử dụng rộng rãi một dòng gen ty thể có sự di truyền độc lập. trong nghiên cứu về đa dạng di truyền quần Do đó, hệ gen ty thể rất phù hợp trong việc thể. Ở ADN ty thể, đặc biệt là ở một số đoạn nghiên cứu về quan hệ nguồn gốc tiến hoá (Ouithavon, 2009). 1 Viện Chăn nuôi * Tác giả liên hệ: TS. Phạm Doãn Lân, Phó Viện trưởng Viện Việt Nam là một nước có mức độ đa dạng Chăn nuôi. Điện thoại: 0914366975; Email: pdlanvn@yahoo.com sinh học cao với nhiều loài đặc hữu. Nguồn 2 KHKT Chăn nuôi số 265 - tháng 5 năm 2021 DI TRUYỀN - GIỐNG VẬT NUÔI gen vịt nội ở Việt Nam cũng khá nhiều giống (EU013948, EU013952); 4 Haplotype vịt như: Vịt Kỳ Lừa, Đốm, Bạch Tuyết, Cỏ, Sín bản địa Trung Quốc (EF126702, EF126731, Chéng, Minh Hương, Bầu Bến, Bầu Quỳ, Cổ EU755252.1, KJ833586.1); 2 Haplotype vịt Lũng, Mốc, Ô Môn và Hòa Lan. Tuy nhiên, đa Indonesia (KX756168, KX712255); 2 Hapotype dạng sinh học tại Việt Nam trong những năm vịt Hàn Quốc (KU845272, KU845299); 1 gần đây đang phải đối mặt với những mối đe Haplotype vịt Cộng Hòa Séc (JN811041); 1 dọa vô cùng nghiêm trọng từ các hoạt động Haplotype vịt Viễn Đông Nga (AY506947); 1 của con người như khai thác quá mức, phá Haplotype Ngan (vịt Xiêm-EU755254). hủy và làm xuống cấp môi trường tự nhiên, Bảng 1. Địa điểm, giống vịt và số lượng mẫu ô nhiễm môi trường, sinh vật ngoại lai và gần đây tác động của biến đổi khí hậu. Một số Địa điểm Giống vịt Viết tắt Số mẫu giống vịt đã biến mất hoặc nguy cấp như vịt Hòa Bình Bầu Bến VBB 16 Bạch Tuyết, Ô Môn, Kỳ Lừa. Để đối phó với Biển VB 20 Hà Tây cũ Cỏ VC 20 những mối đe dọa về đa dạng sinh học này, Tuyên Quang Minh Hương VMH 23 chúng ta cần có những công ...