GIÁO TRÌNH DI TRUYÊN SÔ LƯỢNG part 3

. Sự bất đồng cơ bản xuất phát từ sự biểu hiện chưa biết về nội dung căn bản của Mendel đối với việc khẳng định ảnh hưởng cả kiểu gen và kiểu hình. Các nhà toán sinh học dường như chỉ quan tâm đến biến dị liên tục của tế bào soma như là điểm đặc sắc của sự biến dị di truyền liên tục. Các nhà thuộc trường phái Mendel xem xét sự biến dị di truyền không liên tục như một tính chất không tương hợp (incompatible) với bất cứ cái gì, ngoại trừ sự biến...
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
GIÁO TRÌNH DI TRUYÊN SÔ LƯỢNG part 3Matrix data lines Thành ph n c a ma tr n s ư c vi t vào thành hàng tương ng v i m t ho c nhi uhàng c a u s li u vào, sao cho ma tr n luôn luôn tr ng thái “rowwise”. Ma tr n vuông ư c nh p s li u thành hàng, b t u t c t 1Ch y chương trình NTSYS ánh ch ntsys, r i n phím Enter DOS prompt. Màn hình NTSYS hi n ra. nphím làm rõ màn hình và kh i ng ô “main program” n “Page Down” ô c a s bi u th nhi u chương trình ch n l a ti p theo. Chúng tacó th tr l i trang ch b ng cách s d ng l nh “Page Up”Tính toán ma tr n vuông, s li u i x ng b ng SIMQUAL SIMQUAL có th ư c s d ng tính trong trư ng h p ma tr n d ng i x ng, sli u mang giá tr nh phân (binary), trong ó 1 bi u th có băng hi n di n, và 0 bi u th khôngcó băng 1. Ch n Qualitative t danh m c c a “main program”. C ng SIMQUAL m ra cho phép chúng ta thao tác 2. Ch n Name of input matrix, ánh vào “file name” c a thư m c ch a s li u nh phân c a chúng ta. “File” này s xác nh tính ch t ma tr n NTSYS ã ư c mô t trên. 3. Khi chúng ta di chuy n n Coefficient entry, m t li t kê k t q a phân tích s cho chúng ta các h s c n thi t. Tr l i DICE và ch n b ng cách dùng phím mũi tên di chuy n lên, xu ng, ph i, trái. B m Enter ch n l nh 4. T i c a s Name output matrix, chúng ta n l nh enter vào “filename” c n thi t, lưu gi matrix 5. Câu l nh h i chúng ta hi n trên màn hình: “By rows or cols?. Nh n phím vào l nh ROW. 6. n F2 ch y chương trìnhX p nhóm b ng phương pháp SAHN 1. Ch n SAHN Clustering t danh m c trong “main program”. Ô SAHN m ra. 2. Ch n Name of input matrix, n “filename” c a ma tr n kho ng cách 3. Ch n Name of output matrix, n file name nơi mà chúng ta mu n lưu gi cây thư m c UPGMA. Chương trình ho t ng thông qua m t “tree matrix” 4. n F2 ch y chương trình. n ESC hai l n tr l i “main program”In gi n 1. ưa v Name of tree matrix. Lúc b y gi chúng ta có th thay i tên file n u c n 2. n F2, chương trình s v gi n gi ng như cây gia h , bi u th các cluster và kho ng cách di truy n. n Alt-P in cây gia h 3. N u chúng ta mu n i u ch nh, nh n ESC hai l n tr v “Tree entry window”. Nh p thông tin mong mu n trong Minimum for scale. L p l i bư c 2. Mu n thoát ra chương trình, nh n ESC tr v “main program”NTSYSpc trong WINDOW Hi n nay, ngư i ta ã có th s d ng NTSYS trong Window. Chúng ta vào s li utrong Excel theo như qui nh chung. Sau khi nh p s li u, hành u tiên chúng ta ký hi uc t u tiên là 1 trong trư ng h p ma tr n hình ch nh t, c t th hai ghi s hàng, c t th baghi s c t, và c t th tư ghi s 0 n u không có s li u thi u (gi ng như nguyên t c trongDOS). K ti p, chúng ta lưu tr file v i tên file trong excel, r i óng l i Chúng ta m chương trình NTSYS, nh p chu t vào “similarity”, xong nh p “intervaldata”. Khung chương trình s h i tên file “Input”. Nh p chu t hai l n (double click) vàch n tên file v a nh p s li u trong Excel. Thanh i u khi n “distance” ư c nh p chu ttìm phương án, thí d ta ch n “DIST” tính kho ng cách gi a các nhóm, nh n chu t. Khung chương trình s h i tên “Output”. Nh p chu t hai l n và t tên file m i c aoutput. K n chúng ta b m chu t vào l nh “compute”. Chúng ta có th ki m tra l i cách x p t ma tr n có chu n không trên màn hình. n u có m t sai sót nào ó, màn hình s báo l ingay l p t c. N u ma tr n ư c l p úng, chúng ta th c hi n ti p chương trình phân nhóm.Ch n “clustering”, màn hình s hi n gi n cácphương án khácnhau, ch n ti p phương phápSAHN trong các phương pháp trên màn hình, chương trình s h i tên input file, chúng ta ph ighi vào b ng tên c a matrix output, xong t tên output m i câu l nh k ti p, r i b m chu tvào l nh “compute”. B y gi , cu i màn hình bên góc trái s th hi n tín hi u c a SAHN.B m chu t vào tín hi u m i xu t hi n này, l p t c chúng ta s có ư c gi n phân nhóm.Nên nh , giá tr ư c phân nhóm ư c x p thành hàng, giá tr thu c tính c a nhóm ư c x ptheo c t c a ma tr n. Bài t pX p nhóm 40 gi ng lúa theo k t q a i n di trên acrylamide gel v i 17 loci (SSR marker)theo phương pháp SAHN, s d ng NTSYSpc. 1 17 40 0 12 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40O.14 00 0 0 0 0 1 0 00100 0111 0010 00 000000 00011 010 000O.33-A 11 0 0 1 0 1 0 00011 0101 1010 00 000000 10011 101 000O.33-B 00 0 0 0 0 0 0 00000 0000 0000 11 000100 10011 101 000O.34 00 0 0 0 1 ...