Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm DNAclub

Tài liệu Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm DNAclub sau đây sẽ giúp các bạn biết cách sử dụng cơ bản đối với một số phần mềm như chương trình DNAclub, phần mềm NTSYSpc 2.1, phần mềm Winboot, phần mềm Mega 6.0, vẽ giản đồ phả hệ bằng ClustalX 1.81, chương trình chuyển đổi định dạng SeqVerter, chương trình Pymol.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm DNAclub HƯỚNGDẪNMỘTSỐTHAOTÁCTRÊNCÁCPHẦNMỀM DNAclub1.ChươngtrinhDNAclub ̀Cachchuyêntrinht ́ ̉ ̀ ựDNAthanhtrinht ̀ ̀ ựngượcMởchươngtrinhDNAclub ̀ ̀ ́ ̀ ựdangFASTAvao copyvadantrinht ̣ ̀ vaoconvert ̀ ̣ chonReverseCachchuyêntrinht ́ ̉ ̀ ựDNAthanhtrinht ̀ ̀ ựbôsung ̉MởchươngtrinhDNAclub ̀ ̀ ́ ̀ ựdangFASTAvao copyvadantrinht ̣ ̀ vaoconvert ̀ ̣ chon ̣ ̣Reverse+ComplementChonlaiReverseCachchuyêntrinht ́ ̉ ̀ ựDNAthanhtrinht ̀ ̀ ựaaMởchươngtrinhDNAclub ̀ ̀ ́ ̀ ựdangFASTAvao copyvadantrinht ̣ ̀ vaoconvert ̀ ̣ chon ̣TranslateoneframehoăctranslatethreetrameTimvitricătenzymegi ̀ ̣ ́ ́ ớihanbăngch ̣ ̀ ươngtrinhDNAClub ̀MởchươngtrinhDNAclub ̀ đưatrinht ̀ ựDNAcânphântichvao ̀ ́ ̀ RestrictionMap2.PhầnmềmNTSYSpc2.1a.Sosánhtươngđồng Mở phầnmềmNTSYSpc2.1  chọnSimilarity  chọnQualitative data  Inputfile (Data1.xls)Outputfile(đặttênfileData1.NTS)Computeb.Vẽsơđồnhánh Chọn Clustering  chọn SAHN  Input file (Data1.NTS)  Output file (đặt tên Data1b.NTS)Compute Có2cách: ChọnbiểutượngPlottreeởgócdướibêntráiđểhiểnthịhìnhvẽ ChọnGraphicsChọnTreeplotInputfile(Data1b.NTS)Compute3.PhầnmềmWinboota.Tạofiledạng.dat MởfileData2.xlschọnSaveaslưufiledướidạngText(Tabdelimited) Đếnthưmụcđãlưufile,chuyểnData2.txtthànhData2.datb.Chỉsốbootstrap Mở phần mềm Winboot  Input file format chọn Tab  Browse  File name chọn Data2.datOkCoefficientchọnDiceSampleschọn2000Compute4.PhầnmềmMega6.0a.Sosánhtrìnhtự AlignEdit/BuildAlignmentOkDNAEditInsertSequenceFromFilechọn filetextchứacáctrìnhtự địnhdạngFASTAĐánhdấucáctrìnhtự muốnsosánh(hoặc CtrlAđể chọntấtcả trìnhtự)AlignmentAlignbyClustalWOkSavefile thoátb.Xâydựngcâyphảhệ File  Open A File/Session...  chọn file đã save  Analysis  Phylogeny  Construct/TestMaximumLikelihoodTreeYesCompute5.VegianđôphahêbăngClustalX1.81 ̃ ̉ ̀ ̉ ̣ ̀MởphânmêmClustalX ̀ ̀ ̀ ̀ ̣ ̀ ̀ chentrinhđâutiênvaothichonLoadsequences,khichennhiêutrinh ̀ ̀ ̀ ̀tựvaoch ̀ ươngtrinhthibătđâut ̀ ̀ ́ ̀ ừtrinht ̀ ựthứ2phaichonAppendSequence ̉ ̣TabAlignmentDoCompleteAlignmentAlign6.ChươngtrinhchuyênđôiđinhdangSeqVerter ̀ ̉ ̉ ̣ ̣ ̉ ̉ ̣ ̣ChuyênđôisangđinhdangFASTAMởchươngtrinhSeqVerter ̀ ̣ chonUseSeqVerter Importsequencesđưatrinht ̀ ựcân ̀ ̉ ̉ ươidangtextchuyênđôid ́ ̣ ̣ ̀ ựcânchuyênđôi Okclickchontrinht ̀ ̉ ̉ chonkiêuđinhdang ̣ ̉ ̣ ̣ ̉ ̉ Ok.cânchuyênđôi ̀7.ChươngtrinhPymol ̀Đưadưliêuvaoch ̃ ̣ ̀ ươngtrinh ...