Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm NTSYSpc 2.1, Winboot và Mega 6.0

Phần mềm NTSYSpc 2.1, phần mềm Winboot, phần mềm Mega 6.0, vẽ giản đồ phả hệ bằng ClustalX 1.81,... là những nội dung chính trong tài liệu "Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm NTSYSpc 2.1, Winboot và Mega 6.0". Mời các bạn cùng tham khảo để nắm bắt nội dung chi tiết.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm NTSYSpc 2.1, Winboot và Mega 6.0 HƯỚNGDẪNMỘTSỐTHAOTÁCTRÊNCÁCPHẦNMỀM NTSYSpc2.1,WINBOOTVÀMEGA6.01.PhầnmềmNTSYSpc2.1a.Sosánhtươngđồng Mở phầnmềmNTSYSpc2.1  chọnSimilarity  chọnQualitative data  Inputfile (Data1.xls)Outputfile(đặttênfileData1.NTS)Computeb.Vẽsơđồnhánh Chọn Clustering  chọn SAHN  Input file (Data1.NTS)  Output file (đặt tên Data1b.NTS)Compute Có2cách: ChọnbiểutượngPlottreeởgócdướibêntráiđểhiểnthịhìnhvẽ ChọnGraphicsChọnTreeplotInputfile(Data1b.NTS)Compute2.PhầnmềmWinboota.Tạofiledạng.dat MởfileData2.xlschọnSaveaslưufiledướidạngText(Tabdelimited) Đếnthưmụcđãlưufile,chuyểnData2.txtthànhData2.datb.Chỉsốbootstrap Mở phần mềm Winboot  Input file format chọn Tab  Browse  File name chọn Data2.datOkCoefficientchọnDiceSampleschọn2000Compute3.PhầnmềmMega6.0a.Sosánhtrìnhtự AlignEdit/BuildAlignmentOkDNAEditInsertSequenceFromFilechọn filetextchứacáctrìnhtự địnhdạngFASTAĐánhdấucáctrìnhtự muốnsosánh(hoặc CtrlAđể chọntấtcả trìnhtự)AlignmentAlignbyClustalWOkSavefile thoátb.Xâydựngcâyphảhệ File  Open A File/Session...  chọn file đã save  Analysis  Phylogeny  Construct/TestMaximumLikelihoodTreeYesCompute4.VegianđôphahêbăngClustalX1.81 ̃ ̉ ̀ ̉ ̣ ̀MởphânmêmClustalX ̀ ̀ ̀ ̀ ̣ ̀ ̀ chentrinhđâutiênvaothichonLoadsequences,khichennhiêutrinh ̀ ̀ ̀ ̀tựvaoch ̀ ươngtrinhthibătđâut ̀ ̀ ́ ̀ ừtrinht ̀ ựthứ2phaichonAppendSequence ̉ ̣TabAlignmentDoCompleteAlignmentAlign5.PhânmêmBioPro ̀ ̀ ̣ ́ ̣Nhâpsôcôt(Samples)vasôhang(Species)t ̀ ́ ̀ ươngưngv ́ ơisômâuvasômâubandtrongthi ́ ́ ̃ ̀ ́ ̃ ́ ̣ Danbanghênhiphânvaovitrinaynghiêm ́ ̉ ̣ ̣ ̀ ̣ ́ ̀ ̣MenuToolschonOptions ClusteranalysisShowDistancevaShowSimilarities ̀ ShowDistanceDistanceEquationtheoJacardOkTrởlai ̣ menuMultivariateClusterAnalysis ̉ ́ ̀ ̀ ́ ́ ̣ ̉ ̣ ̉ ̀ ượcthiêtlâp.Chisôbootstrap:latânsôxuâthiêncuamôtnhom(cluster)trênsôlângianđôđ ́ ̀ ́ ̣Đơnvitinhla%(phântrăm).TheoFelsenstein(1985)bootstraplamôtcôngcuhôtr ̣ ́ ̀ ̀ ̀ ̣ ̣ ̃ ợchoviêc ̣xâydựngcâyphatsinhloai.Chisôbootstrapnoilênđôtincâycuas ́ ̀ ̉ ́ ́ ̣ ̣ ̉ ựgânguicacthanhviêncua ̀ ̃ ́ ̀ ̉ ̉ ̉ ̣nhomcuacâyphahê. ́