Khảo sát phổ đột biến ở bệnh nhân ung thư đại trực tràng giai đoạn sớm bằng kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới

Ung thư đại trực tràng (UTĐTT) là một trong số ít bệnh lý ác tính có tiên lượng khá tốt nếu được phát hiện và điều trị sớm. Thời gian sống của bệnh nhân phụ thuộc chủ yếu vào giai đoạn bệnh ở thời điểm được chẩn đoán. Ở giai đoạn I, II hầu hết bệnh nhân có thể sống thêm 5 năm. Tỷ lệ này chỉ còn 60% ở giai đoạn III và 5-15% ở giai đoạn IV
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Khảo sát phổ đột biến ở bệnh nhân ung thư đại trực tràng giai đoạn sớm bằng kỹ thuật giải trình tự thế hệ mớiY Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021 Nghiên cứu Y học KHẢO SÁT PHỔ ĐỘT BIẾN Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ ĐẠI TRỰC TRÀNG GIAI ĐOẠN SỚM BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ THẾ HỆ MỚI Lê Gia Hoàng Linh1, Lương Bắc An1, Hồ Quốc Chương1, Ngô Quốc Đạt2, Nguyễn Hữu Thịnh2, Nguyễn Thị Quỳnh Thơ2, Nguyễn Hoài Nghĩa1, Giang Hoa3, Trần Diệp Tuấn2, Đỗ Thị Thanh Thủy3TÓM TẮT Mục tiêu: Ung thư đại trực tràng (UTĐTT) là một trong số ít bệnh lý ác tính có tiên lượng khá tốt nếuđược phát hiện và điều trị sớm. Thời gian sống của bệnh nhân phụ thuộc chủ yếu vào giai đoạn bệnh ở thời điểmđược chẩn đoán. Ở giai đoạn I, II hầu hết bệnh nhân có thể sống thêm 5 năm. Tỷ lệ này chỉ còn 60% ở giai đoạnIII và 5-15% ở giai đoạn IV. Chính vì vậy việc chẩn đoán sớm rất quan trọng giúp cải thiện tỉ lệ khỏi bệnh, thờigian sống còn cũng như chất lượng sống của bệnh nhân. Hiện nay, ứng dụng công nghệ giải trình tự gen thế hệmới, nhiều bảng gen khác nhau được sử dụng trong khảo sát đột biến gen của UTĐTT. Trong nghiên cứu nàychúng tôi sử dụng bảng 20 gen, dựa trên mục tiêu khảo sát các gen có khả năng biểu hiện kiểu hình cao (highpenetrance) gây mẫn cảm với UTĐTT và các gen liên quan đến tiên lượng hoặc tiên đoán đáp ứng với điều trịnhắm trúng đích phân tử. Đối tượng và phương pháp: 20 đối tượng được chẩn đoán UTĐTT ở giai đoạn I, II, III được thu mẫuFFPE và giải trình tự bảng 20 gen bằng phương pháp giải trình tự thế hệ mới. Kết quả: Chúng tôi phát hiện 12/20 bệnh nhân mang đột biến trên các gen thuộc panel gen đã thiết kế.Trong đó đột biến phát hiện ở gen TP53, APC chiếm tần suất >25%; các gen KRAS, PIK3CA chiếm 11,5%;BRAF, FBXW7, KMT2D chiếm 3,8%. Kết luận: Chuẩn bị thành công thư viện giải trình tự và lai-bắt giữ được trình tự 20 gen mục tiêu đã thiếtkế, bước đầu khảo sát được các đột biến gen trên bệnh nhân ung thư trực tràng giai đoạn sớm. Từ khóa: ung thư đại trực tràng, giải trình tự thế hệ mới, đột biến sinh ung, phổ đột biếnABSTRACT INVESTIGATION OF MUTATION IN EARLY STAGE COLORECTAL CANCER WITH NEXT- GENERATION SEQUENCING Le Gia Hoàng Linh, Luong Bac An, Ho Quoc Chuong, Ngo Quoc Dat, Nguyen Huu Thinh, Nguyen Thi Quynh Tho, Nguyen Hoai Nghia, Giang Hoa, Tran Diep Tuan, Do Thi Thanh Thuy * Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Vol. 25 - No 1 - 2021: 118-125 Objectives: Colorectal cancer is one of the few malignancies that has a fairly good prognosis if detected andtreated early. The patients life time depends mainly on the stage of the disease at the time of diagnosis. In stage Iand II, patients can live for 5 years. This rate is only 60% in stage III and 5-15% in stage IV. Therefore, earlydiagnosis is very important to help improve the cure rate, survival time as well as the patients quality of life.Currently, applying next-generation sequencing technology, many different gene panel are used in the survey ofgenetic mutations of colorectal cancer. In this study, we use a panel of 20 genes, based on the goal of examininggenes with high penetrance expression susceptibility to colorectal cancer and genes related to prognosis orpredictive response with molecular targeting therapy.Trung tâm Y Sinh Học Phân Tử, ĐH Y Dược TP. Hồ Chí Minh1Khoa Y, ĐH Y Dược TP. Hồ Chí Minh2 3Viện Di truyền Y học TP. Hồ Chí MinhTác giả liên lạc: BS. Đỗ Thị Thanh Thủy ĐT: 0908 487 425 Email: thuydo@gmail.com118 Chuyên Đề Chẩn Đoán Hình Ảnh - Sinh Học Phân TửNghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021 Methods: 20 patients diagnosed with colorectal cancer in stage I, II and III were collected FFPE samples andpanel of 20 genes using next-generation sequencing method. Results: From 20 FFPE samples, we detected mutations in 12 samples (60%). The frequency of mutation in APC was26.9%; in TP53 was 38.5%; in KRAS and PIK3CA was 11.5%; in BRAF, FBXW7, KMT2D was 3.8% Conclusion: We successful preparation of sequencing library and hybrid-capture sequence of 20 designedtarget genes, initially investigating genetic mutations in early stage colorectal cancer patients Keywords: colorectal cancer, next-generation sequencing, carcinoma, mutationĐẶT VẤN ĐỀ sinh ung và nhóm gen sửa chữa DNA. Nhóm gen ức chế khối u tạo thành nhóm gen quan Ung thư đại trực tràng (UTĐTT) là loại ung trọng nhất chịu trách nhiệm cho các hội chứngthư được chẩn đoán phổ ...