KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP KHAI THÁC DỮ LIỆU ESTs (EXPRESSED SEQUENCE TAGs) Ở CHI CAM CHANH (CITRUS) CHO VIỆC PHÁT TRIỂN MARKER PHÂN TỬ SSR (SIMPLE SEQUENCE REPEATS) Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Niên khóa: 2003-2007 Sinh viên thực hiện: LƢU TRẦN CÔNG HUY Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2007

Công tác bảo tồn chọn giống ngày càng cần thiết do quá trình thoái hóa diễn ra ngày càng nhanh và phức tạp vì vậy đòi hỏi phải có nhiều công cụ, phương pháp đắc lực hỗ trợ. Hiện nay, SSR đã và đang là 1 trong những công cụ đắc lực phục vụ cho qui trình này  việc phát triển maker SSR rất cần thiếtTình hình bệnh ở cây trồng diễn biến ngày càng phức tạp, nghiêm trọng. Chúng ta phải sử dụng các lọai marker khác nhau để chuẩn đoán, phát hiện bệnh sớm nhằm tìm biện...
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP KHAI THÁC DỮ LIỆU ESTs (EXPRESSED SEQUENCE TAGs) Ở CHI CAM CHANH (CITRUS) CHO VIỆC PHÁT TRIỂN MARKER PHÂN TỬ SSR (SIMPLE SEQUENCE REPEATS) Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Niên khóa: 2003-2007 Sinh viên thực hiện: LƢU TRẦN CÔNG HUY Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2007 i BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ************ KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆPKHAI THÁC DỮ LIỆU ESTs (EXPRESSED SEQUENCETAGs) Ở CHI CAM CHANH (CITRUS) CHO VIỆC PHÁTTRIỂN MARKER PHÂN TỬ SSR (SIMPLE SEQUENCE REPEATS) Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Niên khóa: 2003-2007 Sinh viên thực hiện: LƢU TRẦN CÔNG HUY Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2007 ii LỜI CẢM ƠNXin gửi lòng biết ơn sâu sắc đến ba mẹ và gia đình đã hết lòng hỗ trợ, động viên vềmọi mặt để tôi hoàn thành đề tài.Xin chân thành cảm tạ Ban Giám hiệu Trường Đại học Nông Lâm Thành Phố Hồ Chí Minh Ban chủ nhiệm Bộ Môn Công nghệ Sinh Học cùng tất cả quý thầy cô đãtruyền đạt kiến thức cho tôi trong suốt quá trình học tại trường.Chân thành cảm ơn TS. Trần Thị Dung đã tận tình hướng dẫn, giúp đỡ tôi trong suốt thời gianthực hiện đề tài tốt nghiệp.Xin cảm ơn CN. Lưu Phúc Lợi đã giúp đỡ, hỗ trợ kiến thức và tài liệu chuyên môn.Xin cảm ơn bạn bè thân yêu của lớp DH03SH đã chia sẻ cùng tôi những vui buồntrong thời gian học cũng như hết lòng hỗ trợ, giúp đỡ tôi trong thời gian thực hiệnđề tài. Tp. Hồ Chí Minh tháng 08 năm 2007 Sinh viên thực hiện Lưu Trần Công Huy iii TÓM TẮT KHOÁ LUẬNLƢU TRẦN CÔNG HUY, Đại Học Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh, tháng07/2007. “KHAI THÁC DỮ LIỆU ESTs (EXPRESSED SEQUENCE TAGs) ỞCHI CAM CHANH (CITRUS) CHO VIỆC PHÁT TRIỂN MARKER PHÂNTỬ SSR (SIMPLE SEQUENCE REPEATS)”Hội đồng hướng dẫnTS. Trần Thị DungCử Nhân. Lưu Phúc Lợi Khóa luận được thực hiện tại bộ môn Công Nghệ Sinh Học, trường đại họcNông Lâm TP. Hồ Chí Minh, trong khoảng thời gian từ tháng 3/2007 đến 8/2007. Trong những năm qua, sinh học không ngừng phát triển và đã tạo ra nhữngkho dữ liệu miễn phí và trực tuyến rất lớn về trình tự gene, protein, bộ gene ... củathực vật lẫn động vật như các cơ sở dữ liệu sinh học lớn như NCBI, EMBL,DDBj…. Một trong những CSDL lớn đó là ESTs (Expressed Sequence Tags), trongđó có ESTs của chi cam chanh (citrus). Những trình tự ESTs này có thể được sửdụng để khai thác các SSRs (Simple Sequence Repeats). Những SSRs này rất hữuích vì chúng có rất nhiều ứng dụng như genome mapping, phenotype mapping vàchọn giống thực vật nhờ marker phân tử. Hơn thế nữa, việc phát triển marker SSRtừ EST có chi phí rất thấp so với phương pháp phân lập SSR truyền thống.Để đạt được mục tiêu trên, khóa luận cần đảm bảo thực hiện những nội dung nhưsau: 1) Dùng Perl script để thu nhận trình tự các nucleotide của ESTs của Citrusvừa tìm từ trang cơ sở dữ liệu GenBank NCBI. 2) Tìm và tách các đoạn microsatellite có thể có trong mỗi đoạn gen. 3) Tìm SSR nằm trên vùng gen kháng virus Tristeza iv 4) Tìm hiểu về mô hình dữ liệu quan hệ, sử dụng mô hình này vào việc lưutrữ dữ liệu các trình tự nucleotide và trình tự SSRs của chi cam chanh (Citrus), vàtạo cơ sở dữ liệu chứa những trình tự này. Sau đó đưa các dữ liệu này vào cơ sở dữliệu chính. 5) Trang web được thiết kế để chia sẻ thông tin trực tuyến với người dùngKết quả Thu nhận được 191.110 trình tự ESTs của các loài Citrus được thu thập từCSDL dbEST và CoreNucleotide của GenBank. Những trình tự ESTs này được tìmcác vùng lặp lại, từ đó xác định được 28.241 SSRs trong 190412 ESTs . 19755primers được thiết kế trên vùng flanking của các SSRs. Các primers này đã đượckiểm tra sự lặp lại và sự bắt cặp đặc hiệu bằng BLAST. Cơ sở dữ liệu có 28241trình tự SSRs được chuyển vào CSDL quan hệ và tích hợp vào website BUILDINGSSRs DATABASE of Citrus. Sau khi được loại bỏ các trình tự tạp, nhiễu và dấucác trình tự ở các bào quan, trình tự lặp lại và trình tự vector, các trình tự ESTsđược phân nhóm thành 2 nhóm Contigs và Singletons. Việc nhóm các trình tự giúpích cho việc giảm bớt các trình tự dư thừa, kéo dài các EST-SSR và xác định cáctrình tự bảo tồn. Kết quả là thêm 1071 primers được thiết kế cho các EST-SSR đượckéo dài. Ngoài ...