Luận án Tiến sĩ Nông nghiệp: Nghiên cứu hệ gen phiên mã (Transcriptome) của tôm sú (Penaeus monodon) nhằm sàng lọc các chỉ thị phân tử phục vụ công tác chọn giống

Mục tiêu nghiên cứu của đề tài là giải mã hệ gen phiên mã (transcriptome) từ 4 mô (mô cơ, môt tim, mô gan tụy, mô gốc mắt) của tôm sú (Penaeus monodon), thiết lập cơ sở dữ liệu hệ phiên mã phục vụ cho các nghiên cứu tiếp theo. Sàng lọc các gen giả định liên quan đến tính trạng tăng trưởng của tôm sú. Xác định các SNP và microsatellite từ cơ sở dữ liệu hệ phiên mã. Xác định bộ SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng của tôm sú.

Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận án Tiến sĩ Nông nghiệp: Nghiên cứu hệ gen phiên mã (Transcriptome) của tôm sú (Penaeus monodon) nhằm sàng lọc các chỉ thị phân tử phục vụ công tác chọn giống BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ------- NGUYỄN GIANG THU NGHIÊN CỨU HỆ GEN PHIÊN MÃ(TRANSCRIPTOME) CỦA TÔM SÚ (PENAEUS MONODON) NHẰM SÀNG LỌC CÁC CHỈ THỊ PHÂN TỬ PHỤC VỤ CÔNG TÁC CHỌN GIỐNG LUẬN ÁN TIẾN SĨ HÀ NỘI - 2018 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ------- NGUYỄN GIANG THU NGHIÊN CỨU HỆ GEN PHIÊN MÃ(TRANSCRIPTOME) CỦA TÔM SÚ (PENAEUS MONODON) NHẰM SÀNG LỌC CÁC CHỈ THỊ PHÂN TỬ PHỤC VỤ CÔNG TÁC CHỌN GIỐNG Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số: 9420201 Người hướng dẫn khoa học: 1. PGS.TS. Đinh Duy Kháng 2. PGS.TS. Nguyễn Hữu Ninh HÀ NỘI - 2018 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi, các kết quảnghiên cứu được trình bày trong luận án là trung thực, khách quan và chưatừng dùng để bảo vệ lấy bất kỳ học vị nào. Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận án đãđược cám ơn, các thông tin trích dẫn trong luận án này đều được chỉ rõ nguồngốc. Hà Nội, ngày tháng năm2018 Tác giả luận án Nguyễn Giang Thu i LỜI CẢM ƠN Để hoàn thiện luận án, cho phép tôi xin được bày tỏ lòng kính trọng vàbiết ơn sâu sắc PGS.TS. Đinh Duy Kháng – Viện Công nghệ sinh học – ViệnHàn lâm KH&CN Việt Nam và PGS.TS. Nguyễn Hữu Ninh – Viện Nghiêncứu Nuôi trồng thủy sản 3 đã tận tình hướng dẫn, dành nhiều công sức, thờigian và tạo điều kiện cho tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện đề tài. Tôi xin chân thành cảm ơn Ban lãnh đạo Viện Công nghệ sinh học,PGS.TS. Đồng Văn Quyền – Phó Viện trưởng, Trưởng phòng Vi sinh vật họcphân tử, TS. Nguyễn Cường – Trưởng phòng Tin sinh học- Viện Công nghệ sinhhọc, cùng các anh chị em trong phòng đã giúp đỡ và tạo điều kiện cho tôi trongsuốt quá trình thực hiện đề tài. Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới TS. Nguyễn Văn Sáng, TS. NguyễnVăn Hảo, TS. Đặng Tố Vân Cầm, cùng các anh chị em cán bộ - Viện Nghiêncứu Nuôi trồng thủy sản 2 đã cung cấp mẫu tôm cho nghiên cứu này. Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban lãnh đạo Viện Khoa họcNông nghiệp Việt Nam, Ban Đào tạo sau đại học đã tận tình giúp đỡ tôi trongquá trình học tập, thực hiện đề tài và hoàn thành luận án. Cuối cùng, tôi xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồngnghiệp đã tạo mọi điều kiện thuận lợi và giúp đỡ tôi về mọi mặt, động viênkhuyến khích tôi hoàn thành luận án./. Hà Nội, ngày tháng năm 2018 Nghiên cứu sinh Nguyễn Giang Thu ii MỤC LỤCLỜI CAM ĐOAN .......................................................................................... iLỜI CẢM ƠN ............................................................................................... iiDANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT ..................................................................... iDANH MỤC BẢNG ..................................................................................... iiDANH MỤC HÌNH ..................................................................................... iiiMỞ ĐẦU ....................................................................................................... 1CHƯƠNG I. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ...................................................... 5 1.1. TÔM SÚ VÀ TÌNH HÌNH NUÔI TÔM SÚ Ở VIỆT NAM........... 5 1.1.1. Giới thiệu về tôm sú ..................................................................... 5 1.1.2. Tình hình nuôi tôm sú trên thế giới và Việt Nam ......................... 7 1.2. TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU HỆ GEN VÀ HỆ GEN PHIÊN MÃ CỦA TÔM SÚ TRÊN THẾ GIỚI .......................................................... 11 1.2.1. Công trình nghiên cứu đầu tiên liên quan tới hệ gen phiên mã của tôm . .................................................................................................. 12 1.2.2. Xác định các gen liên quan tới hệ miễn dịch của tôm thông qua việc phân tích hệ phiên mã .................................................................... 13 1.2.3. Xác định các gen có liên quan tới khả năng sinh sản của tôm ....... . . .................................................................................................. 14 1.2.4. Xác định các gen có liên quan tới giới tính của tôm sú............... 14 1.2.5. Nghiên cứu giải trình tự hệ gen và hệ phiên mã tôm sú ở Thái Lan . .................................................................................................. 15 1.2.6. Nghiên cứu lập bản đồ gen tôm sú ở Đài Loan ........................... 16 1.2.7. Nghiên cứu giải mã hệ gen và hệ phiên mã tôm sú ở Việt Nam .... . . .................................................................................................. 16 1.3. CHỈ THỊ PHÂN TỬ SNP VÀ MICROSATELLITE ................... 18 1.3.1. Chỉ thị phân tử SNP ................................................................... 18 1.3.2. Chỉ thị phân tử Microsatellite.................... ...