Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Phân tích biến đổi của gen CXCL12 ở bệnh nhân ung thư đại trực tràng

Mục tiêu của những nghiên cứu này nhằm tìm ra những chỉ thị sinh học cho việc chẩn đoán bệnh sớm hơn để điều trị kịp thời. Tuy nhiên, đến nay, mới chỉ có carcinoembryonic antigen (CEA) là chỉ thị sinh học thường dùng cho chẩn đoán bệnh cho các bệnh nhân trong giai đoạn III, IV, nhưng chi phí cho xét nghiệm còn rất tốn kém.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Phân tích biến đổi của gen CXCL12 ở bệnh nhân ung thư đại trực tràng ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN --------  ------- PHẠM THỊ BÍCH PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI CỦA GEN CXCL12 Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ ĐẠI TRỰC TRÀNG LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội – 2012 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN --------------------------------- Phạm Thị Bích PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI CỦA GEN CXCL12 Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ ĐẠI TRỰC TRÀNG Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 60 42 30 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS. Trịnh Hồng Thái Hà Nội – 2012 LỜI CẢM ƠN Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới PGS. TS. Trịnh Hồng Thái, người thầy đã rất quan tâm, tận tình chỉ bảo, hướng dẫn tôi trong suốt quá trình học tập và thực hiện luận văn này. Trong quá trình học tập, làm việc và thực hiện luận văn, tôi đã nhận được sự giúp đỡ của các anh chị và các bạn sinh viên làm việc tại Phòng Proteomics và Sinh học cấu trúc thuộc Phòng thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Enzyme và Protein, trường Đại học Khoa học tự nhiên. Tôi xin chân thành cảm ơn. Để thực hiện tốt luận văn này, tôi đã nhận được sự quan tâm, giúp đỡ của cán bộ nhân viên thuộc khoa Trữ máu của Viện huyết học và Truyền máu Trung Ương; khoa Tế bào và Giải phẫu bệnh thuộc Bệnh viện K- Tam Hiệp, Hà Nội. Tôi xin chân thành cảm ơn. Cuối cùng, tôi vô cùng biết ơn gia đình và bạn bè đã khích lệ, động viên và luôn bên tôi trong suốt thời gian qua. Hà Nội, tháng 03 năm 2012 Học Viên Phạm Thị Bích MỤC LỤC MỞ ĐẦU ................................................................................................................ 1 Chương 1 – TỔNG QUAN TÀI LIỆU..................................................................... 3 1.1. TÌM HIỂU VỀ UNG THƯ ĐẠI TRỰC TRÀNG .............................................. 3 1.1.1. Khái quát về ung thư .......................................................................... 3 1.1.2. Ung thư đại trực tràng là gì ................................................................ 4 1.1.3. Các tác nhân gây ung thư đại trực tràng.............................................. 4 1.1.4. Các hệ thống phân giai đoạn ung thư đại trực tràng ............................ 6 1.2. CHỈ THỊ SINH HỌC TRONG UNG THƯ ĐẠI TRỰC TRÀNG...................... 8 1.2.1. Chỉ thị sinh học là gì ....................................................................... 8 1.2.2. Một số biến đổi về gen liên quan đến ung thư đại trực tràng............... 9 1.3. CÁC PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU BIẾN ĐỔI GEN LIÊN QUAN ĐẾN BỆNH UNG THƯ…………………………………………………………………12 1 .4.CHEMOKINE CXCL12 VÀ VAI TRÒ TRONG UNG THƯ ĐẠI TRỰC TRÀNG …………………………………………………………………… 16 1.4.1. Chemokine .................................................................................................. 16 1.4.2. Chemokine CXCL12 và thụ thể của nó CXCR4 .......................................... 19 1.5. CÁC NGHIÊN CỨU VỀ ĐA HÌNH VÀ METHYL HÓA GEN CXCL12 Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ ĐẠI TRỰC TRÀNG ................................................... 21 Chương 2 - NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP............................................... 23 2.1. NGUYÊN LIỆU ............................................................................................. 23 2.1.2. Hóa chất ........................................................................................... 23 2.1.3. Thiết bị............................................................................................. 24 2.2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ................................................................... 24 2.2.1. Tách chiết ADN tổng số từ mô ......................................................... 24 2.2.2. Tách chiết ADN tổng số từ máu ....................................................... 25 2.2.3. Khuếch đại gen CXCL12 bằng phương pháp PCR ........................... 27 2.2.4. Phân tích RFLP ................................................................................ 28 2.2.5. Khuếch đại vùng promoter của gen CXCL12 bằng kỹ thuật MSP ..... 29 2.2.6. Điện di kiểm tra sản phẩm ................................................................ 32 2.2.7. Kỹ thuật nhuộm bạc ......................................................................... 33 2.2.8. Dự đoán vùng promoter và xác định phân bố đảo CpG xung quanh vị trí khởi đầu phiên mã của gen CXCL12 ...................................................... 34 2.2.9. Phân tích số liệu bằng phương pháp thống kê ................................... 34 CHƯƠNG 3 - KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ........................................................ 35 3.1. KẾT QUẢ PHÂN TÍCH PCR - RFLP ............................................................ 35 3.1.1. Tách chiết ADN tổng số từ mẫu máu ............................................... 35 3.1.2. Kết quả khuếch đại đoạn gen CXCL12 bằng PCR ........................... 36 3.1.3. Kết quả phân tích RFLP ................................................................... 37 3.1.4. Phân tích số liệu bằng phương pháp thống kê ................................... 41 3.2. KẾT QUẢ PHÂN TÍ ...