Nghiên cứu đa dạng di truyền các giống lúa địa phương tỉnh Lào Cai bằng chỉ thị ADN

Di truyền đa dạng và DNA vân tay của 124 giống lúa địa phương thu thập từ ba huyệnLào Cai tỉnh đã được làm sáng tỏ bằng cách sử dụng 36 đơn giản lặp lại trình tự (SSR) đánh dấuphân phối thông qua 12 nhiễm sắc thể lúa. Kết quả của SSR vân tay cho thấy tổng số 235ban nhạc đa hình đã được phát hiện ở 36 locus SSR. Số lượng alen đa hình đa dạng từ3 đến 14 tùy thuộc vào mỗi vị trí, năng suất trung bình của 6 alen mỗi locus. Phân tích hồ sơ DNAchỉ...
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Nghiên cứu đa dạng di truyền các giống lúa địa phương tỉnh Lào Cai bằng chỉ thị ADN T¹p chÝ khoa häc vµ c«ng nghÖ n«ng nghiÖp ViÖt NamNGHIÊN C U ĐA D NG DI TRUY N CÁC GI NG LÚA Đ A PHƯƠNG T NH LÀO CAI B NG CH TH ADN Tr n Danh S u, Nguy n Th Lan Hoa, Hà Minh Loan,Ngô Kim Hoài, Bùi Th Thu Giang, Hoàng Th Hu , Hà Th Xuân Mai, Nguy n Th Tuy t SUMMARY Evaluation of genetic diversity of local rice varieties collected from Lao Cai province by using DNA markersThe genetic diversity and DNA fingerprinting of 124 local rice varieties collected from three districtsof Lao Cai Provinces were elucidated by using 36 simple sequence repeat (SSR) markersdistributed through 12 rice chromosomes. The result of SSR fingerprinting showed that total of 235polymorphic bands were detected at 36 SSR loci. The numbers of polymorphic alleles varied from3 to 14 depending on each locus, yielding average of 6 alleles per locus. The DNA profiles analysisindicated three out of 36 SSR markers revealed 3 unique alleles (rare alleles) in 3 surveyed ricegenotypes. The information of these markers may come in handy to distinctly identify andcharacterize those 3 local varieties. Cluster analysis based on UPGMA resolved the local ricevarieties into two major O. sativa groups, indica and japonica, agreed with classification based onchoroplast DNA analysis. This application of DNA polymorphism analysis revealed genomicrelationship in Vietnamese rice germplasm, generating a database useful for cultivar identification,local germplasm conservation, and breeding programs.Keywords: Chloroplast DNA, DNA markers, genetic diversity, local rice, SSR markers d ng di truy n m c ADN có th phátI. §ÆT VÊN §Ò hi n s khác bi t nh nh t gi a các gi ng, Theo m t s k t qu nghiên c u, tài vì th giúp nh n d ng nh ng gi ng quý,nguyên di truy n lúa mi n núi phía B c hi m trong các t p oàn gi ng lúa tr ngVi t Nam có s a d ng b c nh t th gi i a phương m t cách nhanh chóng và(Okuno et al. 1996). Vi c nghiên c u a chính xác.d ng di truy n, phân lo i nh ng ngu n gen Trong s các ch th ADN thì ch thlà công tác u tiên c n ti n hành, không SSR ư c s d ng r ng rãi và hi u quch có ý nghĩa trong vi c b o t n các gi ng trong nghiên c u c u trúc di truy n lúalúa a phương mà còn có ý nghĩa quan tr ng O. sativa, nghiên c u quá trình ti ntr ng trong công tác khai thác phát tri n và hóa, làm rõ thu n c a v t li u lai t och n t o các ngu n gen c s n. gi ng... do ây là các ch th ng tr i cho Ngày nay, ch th phân t ã ư c s a hình cao và n nh. Hi n nay, hơnd ng r ng rãi như m t công c h u hi u 15.000 ch th SSR ã ư c thi t l ptrong nghiên c u di truy n và cho phép (www.gramene.org, 2006), ph kín trên ánh giá m t s lư ng l n locut tr i kh p b n liên k t di truy n c a lúab gen c a lúa. Nh ng thông tin v a (Giarroccoa và ctv., 2007). Nhi u nghiên c u ng d ng SSR và DNA fingerprinting 1 T¹p chÝ khoa häc vµ c«ng nghÖ n«ng nghiÖp ViÖt Namtrong nghiên c u a d ng di truy n III. KÕT QU¶ Vµ TH¶O LUËNnh n d ng gi ng lúa ã ư c công btrong nh ng năm g n ây (Kalyan, 2006; 1. Đa d ng các gi ng lúa nghiên c u d a trên ch th ADN l c l pJalaluddin, 2007; Muhammad SR, 2009;Navraj KS, 2009. Trong nghiên c u này, 124 gi ng lúa b n a ã ư c phân lo i d a trên s khác Trong nghiên c u này, ch th SSR bi t ADN l c l p c a hai loài ph Indica và ư c s d ng nghiên c u a d ng di Japonica b ng c p m i ORF100 v i haitruy n và l p tiêu b n ADN c a 124 ngu n gi ng i ch ng Nipponbare (lúa Japonica)gen lúa thu th p t i 3 huy n c a t nh Lào và Kasalath (lúa Indica).Cai, n m trong vùng lòng h th y i n SơnLa, giúp nh n d ng gi ng, phát hi n kh K t qu phân tích a hình cho th y cónăng trùng l p, ph c v công tác b o t n s khác bi t rõ r t gi a 2 gi ...