Nghiên cứu đặc điểm hình thái và mã vạch DNA của hai loài nấm thuộc chi phylloporus được thu thập tại Vườn Quốc gia Chư Yang Sin

Bài viết Nghiên cứu đặc điểm hình thái và mã vạch DNA của hai loài nấm thuộc chi phylloporus được thu thập tại Vườn Quốc gia Chư Yang Sin trình bày kết quả sử dụng mã vạch DNA dựa trên vùng gen ITS1-5.8S-ITS2 được phân lập từ mẫu nấm thuộc chi Phylloporus thu thập tại Vườn Quốc gia Chư Yang Sin bằng kỹ thuật PCR.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Nghiên cứu đặc điểm hình thái và mã vạch DNA của hai loài nấm thuộc chi phylloporus được thu thập tại Vườn Quốc gia Chư Yang Sin Tuyển tập Hội nghị Nấm học Toàn quốc lần thứ 4 doi: 10.15625/vap.2022.0148 NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ MÃ VẠCH DNA CỦA HAI LOÀI NẤM THUỘC CHI Phylloporus ĐƯỢC THU THẬP TẠI VƯỜN QUỐC GIA CHƯ YANG SIN Nguyễn Phương Đại Nguyên1, Nguyễn Hữu Kiên1* ,Trần Thị Kim Thi1, Trần Thị Thu Hiền2 1 Trường Đại học Tây Nguyên 2 Trường Cao đẳng Sư phạm Đắk Lắk *Email: nhkien@ttn.edu.vn TÓM TẮT Việc định danh các loài nấm được thực hiện bằng nhiều phương pháp khác nhau. Những phương pháp thường được dùng như nghiên cứu và so sánh hình thái, giải phẫu. Ngày nay, công nghệ sinh học phát triển việc định danh không chỉ dựa trên đặc điểm hình thái mà còn sử dụng phương pháp phân loại hiện đại dựa trên mã vạch DNA. Sự khác biệt về trình tự DNA của các loài nói chung và loài nấm nói riêng là rất rõ ràng, do đó giải trình tự DNA được sử dụng làm mã vạch cho các loài nấm sẽ cung cấp một công cụ giám định loài chính xác, hiệu quả và định loại được với cả các mẫu không nguyên vẹn khó định loại bằng hình thái. Trong bài báo này, chúng tôi trình bày kết quả sử dụng mã vạch DNA dựa trên vùng gen ITS1-5.8S-ITS2 được phân lập từ mẫu nấm thuộc chi Phylloporus thu thập tại Vườn Quốc gia Chư Yang Sin bằng kỹ thuật PCR. Sau đó sản phẩm được tinh sạch và xác định trình tự gen của hai mẫu YS21 và YS33, trình tự này được so sánh với các trình tự đã công bố trên GenBank và kết quả mẫu phân tích có độ tương đồng với YS21 có độ tương đồng 98,50 % so với trình tự nucleotide của loài Phylloporus rhodoxanthus (JQ003629.1) trên Ngân hàng GenBank và mẫu YS33 có độ tương đồng 99,00 % so với trình tự nucleotide của loài Phylloporus sulcatus (AY456356.1) trên Ngân hàng GenBank kết hợp với các đặc điểm hình thái chúng tôi kết luận mẫu nấm thu thập tại Vườn Quốc gia Chư Yang Sin là loài Phylloporus rhodoxanthus và loài Phylloporus sulcatus. Trong đó có loài Phylloporus sulcatus có thể ghi nhận mới cho Việt Nam. Từ khoá: Mã vạch DNA, đặc điểm hình thái, chi Phylloporus, Chư Yang Sin. 1. GIỚI THIỆU Nghiên cứu về nấm là một trong những lĩnh vực được nhiều nhà khoa học quan tâm hiện nay. Vì nấm có vai trò rất quan trọng, là sinh vật không thể thiếu trong đời sống, không có nấm chu trình tuần hoàn vật chất sẽ bị mất một mắt xích quan trọng trong việc phân hủy chất bã hữu cơ. Nấm còn đem lại nguồn thực phẩm giàu đạm, đầy đủ các acid amin thiết yếu, hàm lượng chất béo ít và những acid béo chưa bão hòa, do đó tốt cho sức khỏe con người. Do đó việc phân loại nấm là vô cùng cần thiết, tuy nhiên các phương pháp phân loại nấm chủ yếu dựa trên các nghiên cứu về đặc điểm hình thái, cấu tạo sinh lí, sinh thái. Việc phân loại theo cách truyền thống này phụ thuộc vào sự toàn vẹn của mẫu vật và thời gian nghiên cứu. Vì thế việc kết hợp phương pháp phân loại nấm hiện đại có tính chính xác cao nhờ phân tích đặc điểm sinh học phân tử dựa trên mã vạch DNA là cần thiết, cho kết quả chính xác và góp phần phân biệt các mẫu nấm có đặc điểm hình thái tương đồng. Mã vạch DNA giúp phân biệt các mẫu không toàn vẹn. Ở nấm việc sử dụng mã vạch DNA dựa trên vùng ITS: ITS1 phân cách gen 18S rDNA với gen 5,8S rDNA còn ITS2 phân cách gen 5,8S rDNA với gen 26S rDNA. Mỗi vùng ITS1, ITS2 hiện hữu một cách rộng rãi có kích thước 187 Nguyễn Phương Đại Nguyên và cs. ≤ 300 bp [1]. Vùng ITS chứa các trình tự bảo tồn cao nên rất nhiều mồi tổng thể được thiết kế cho việc khuếch đại và giải trình tự đã được mô tả. Vùng ITS là vùng có rất nhiều biến đổi, mặc dù vùng ITS thường được sử dụng trong nghiên cứu tiến hoá của sinh vật tuy nhiên phần lớn các so sánh trên vùng này chỉ thường sử dụng ở mức độ xác định các biệt hoá trong cùng loài [2]. Phylloporus là một chi nấm thuộc họ Boletaceae. Chi này có phân bố khắp nơi và chứa khoảng 50 loài, chủ yếu ở các khu vực nhiệt đới. Chúng sống cộng sinh và có màu sắc đa dạng [3]. Vườn Quốc gia Chư Yang Sin, tỉnh Đắk Lắk cách trung tâm thành phố Buôn Ma Thuột khoảng 60 km về phía Đông Nam. Vườn Quốc gia có diện tích 59.531 ha. Chư Yang Sin có hệ sinh thái rừng rất đa dạng và phong phú, những tháng đầu mùa mưa là thời điểm các loại nấm sinh sôi, phát triển, vào mùa mưa nấm thường mọc hoang dại. Trong đó có chi nấm Phylloporus, chi nấm này thuộc họ Boletaceae. Các loài thuộc chi Phylloporus có thể ghi nhận mới. Do đó, việc định danh chính xác tên khoa học của loài nấm thuộc chi Phylloporus là cần thiết. 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 2.1. Đối tượng và địa điểm nghiên cứu - Đối tượng: Mẫu nấm chi Phylloporus thu thập tại Vườn Quốc gia Chư Yang Sin. - Địa điểm: Vườn Quốc gia (VQG) Chư Yang Sin, Phòng thí nghiệm Bộ môn Sinh học. 2.2. Nội dung nghiên cứu - Thu thập các loài nấm thuộc chi Phylloporus tại VQG Chư Yang Sin. - Phân tích một số đặc điểm hình thái của loài nấm thuộc chi Phylloporus phân bố ở khu vực nghiên cứu. - Định danh sinh học phân tử loài nấm thuộc chi Phylloporus thu thập tại VQG Chư Yang Sin. 2.3. Phương pháp nghiên cứu 2.3.1. Phương pháp thu thập mẫu nấm ngoài thực địa Mẫu sẽ được tìm kiếm và thu thập theo các sinh cảnh khác nhau như: Rừng thông, rừng hỗn giao lá kim và lá rộng, rừng thường xanh, mẫu được thu một cách ngẫu nhiên dọc theo tuyến đường thu mẫu. 2.3.2. Phân tích mẫu và định danh Phân tích các đặc điểm: Phân tích đặc điểm hiển vi như bào tử, hệ sợi, đảm,… Phân tích đặc điểm hiể ...