Nghiên cứu in silico khả năng gắn kết của các chất trên các protein củ virus zika

Zika là virus nguy hiểm gây nên tật đầu nhỏ và hội chứng guillain barré làm tê liệt thần kinh ở người lớn hoặc thậm chí tử vong. Năm 2016, Zika làm hàng triệu người mắc bệnh và hàng chục người tử vong trên thế giới. Tuy nhiên, chưa có thuốc đặc trị nào được FDA chấp thuận trong điều trị bệnh o virus zika gây ra. Đề tài được thực hiện với định hướng tìm ra các chất có tiềm năng ức chế tốt virus.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Nghiên cứu in silico khả năng gắn kết của các chất trên các protein củ virus zikaNghiên cứu Y họcY Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 22 * Số 1 * 2018NGHIÊN CỨU IN SILICO KHẢ NĂNG GẮN KẾT CỦA CÁC CHẤTTR N C[C PROTEIN CỦ VIRUS ZIHuỳnh Thị Kim Chi*, Nguyễn Thụy Việt Phương*TÓM TẮTMở đầu: Zika là virus nguy hiểm gây nên tật đầu nhỏ và hội chứng Guillain-Barré làm tê liệt thần kinh ởngười lớn hoặc thậm chí tử vong. Năm 2016, Zika l|m h|ng triệu người mắc bệnh và hàng chục người tử vongtrên thế giới. Tuy nhiên, chưa có thuốc đặc trị n|o được FDA chấp thuận trong điều trị bệnh o virus Zika g}y ra.L nh v c nghiên cứu thuốc mới với s trợ gi p m{y t nh đ gi p t m kiếm nhanh c{c chất có tiềm năng ức chế tốtvirus v a giảm chi ph v| n}ng cao hiệu quả c a nghiên cứu. Do đó, đề tài được th c hiện với định hướng t m rac{c chất có tiềm năng ức chế tốt virus.Mục tiêu: Chọn lọc c{c chất có khả năng gắn kết tốt trên protein c a virus Zika.Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Đối tượng nghiên cứu l| c{c protein đ ch NS1, NS2B-NS3, NS3,NS5 và các ligand thuộc nhóm chất đang thử nghiệm kháng virus Zika và nhóm chất tiềm năng t thiên nhiên.Qu{ tr nh gắn kết phân tử molecular ocking cho ligan trên protein được th c hiện bằng phần mềm AutoDockVina phiên bản 1.2.2. Vị trí gắn được x{c định tliệu th c nghiệm hoặc phư ng ph{p ocking m . Đ{nh gi{kết quả a trên năng lượng gắn kết điểm số ocking v| ph}n t ch tư ng t{c gi a protein v| ligan .Kết quả: Cấu trúc c a c{c protein được chọn là NS1 (Pdb id: 5K6K), NS2B-NS3 (Pdb id: 5GJ4), NS3 (Pdbid: 5MFX, 5GJB), NS5 (Pdb id: 5KQR, 5WXB). Ở nhóm các chất đang thử nghiệm kháng virus Zika, kết quảtư ng đối phù hợp với th c nghiệm. Ở nhóm chất tiềm năng t thiên nhiên, các chất có năng lượng gắn kết tốt làGeraniin (-11,1 kcal.mol-1) và Epigallocatechin gallat (-9,2 kcal.mol-1 trên protein NS5 P i 5KQR . ProteinNS5 được xem l| protein th ch hợp cho c{c chất gắn kết tốt. Sau khi lọc qua quy luật 5 Lipinski, Epigallocatechingallat là chất thỏa mãn các tiêu chí c a quy luật trên.Kết luận: Kết quả thu được góp phần vào quá trình nghiên cứu thuốc kháng virus Zika.Từ khóa: virus Zika, in silico, gắn kết ph}n tử, molecular ocking, khả năng gắn kếtABSTRACTIN SILICO PROTEINS BINDING STUDY OF COMPOUNDS FOR ANTI-ZIKA VIRUS AGENTHuynh Thi Kim Chi, Nguyen Thuy Viet Phuong* Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Supplement Vol. 22 - No 1- 2018: 6-12Background and Objectives: Zika is a dangerous virus that causes minor headaches and the Guillain-Barrésyndrome (adult neurological syndrome) or even fatal. In 2016, there were millions of illness and dozens of deathsworldwide caused by Zika virus. However, there is currently no vaccine or FDA-approved effective drug for Zikainfection. In addition, the field of Computer-Aided Drug Discovery is growing, helping to reduce costs andimprove research efficiency in identification of potential inhibitors for the virus. Taking altogether, the study wascarried out with the aim of selecting a good binding agent for Zika virus, leading to the design of potential drug forthe treatment of Zika virus.Method: Initially, the target proteins, namely NS1, NS2B-NS3, NS3, NS5 were selected and the ligands*Khoa Dược, Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí MinhTác giả liên lạc: TS. Nguyễn Thụy Việt Phương ĐT 0919 52 07086Email: ntvphuong@ump.edu.vnChuyên Đề DượcY Học TP. Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 22 * Số 1 * 2018Nghiên cứu Y họcwere taken from the groups that are testing anti-Zika activity and the natural compounds. The binding sites ofeach protein target were then identified through experimental crystallised structures or blind docking on protein.Virtual screening of ligands is carried out using AutoDock Vina software (version 1.1.2) based on moleculardocking of ligands on each protein of the virus. The potential inhibitors were selected in terms of the bindingaffinities (or docking scores) and the interactions between the protein and the ligands.Results: The structures of target proteins were selected, namely NS1 (Pdb id: 5K6K), NS2B-NS3 (Pdb id:5GJ4), NS3 (Pdb id: 5MFX, 5GJB), NS5 (Pdb id: 5KQR, 5WXB). The results of the group of substances testinganti-Zika activity were relatively consistent with the experiment. With the group of natural compounds, wellbound substances were Geraniin (-11,1 kcal.mol-1), Epigallocatechin gallate (-9,2 kcal.mol-1), Nimbolide (-8,6kcal.mol-1) and Nasarin (-8,6 kcal.mol-1) for NS5 protein (Pdb id: 5KQR), Chebulagic acid (-10,2 kcal.mol-1) forNS1 protein (Pdb id: 5K6K). As the result, Epigallocatechin gallat satisfied the criteria of the Lipinski 5 ruleswhich was selected as the potential inhibitors of Zika virus.Conclusion: The results of this study contributed to the research and development of Zikas antiviral drug.Key words: Zika virus, in silico, molecular docking, binding abilityhung ọc ở ã hóa cho ột polyprotein vàMỞ ĐẦUsau ó phân cắt thành capsid (C), protein vỏTr ...