Nghiên cứu sàng lọc in silico các phân tử nhỏ có tiềm năng ức chế interleukin-2

Bài viết Nghiên cứu sàng lọc in silico các phân tử nhỏ có tiềm năng ức chế interleukin-2 trình bày tổng quát là dự đoán khả năng gắn kết của các phân tử nhỏ với IL-2 bằng phương pháp docking bằng phần mềm LeadIT sẽ giúp chọn ra các hợp chất tiềm năng.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Nghiên cứu sàng lọc in silico các phân tử nhỏ có tiềm năng ức chế interleukin-2 Nghiên cứu sàng lọc in silico các phân tử nhỏ có tiềm năng ức chế interleukin-2 Lê Thanh Duy1, Lê Minh Trí1, 2, Nguyễn Quốc Thái1 Huỳnh Nguyễn Hoài Phương1, Thái Khắc Minh1* 1 Khoa Dược, Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh 2 Khoa Y, Đại học Quốc gia TP. Hồ Chí Minh Summary Interleukin-2 (IL-2) plays multiple roles in shaping the immune response. Their ability to inhibitIL-2 has not been fully studied. In this studty, IL-2 inhibitory activity of small-molecule was exploredby molecular modeling and virtual screening approach. A toatl of 21,800,167 substances from theZINC, Maybridge and Drugbank libraries were screened through the 3D pharmacophore A030 andA038, the results obtained 10,112 substances that satisfy both models, continue to calculate theADMET risk values with risk thresholds: absorption ≤ 3.5, metabolism ≤ 2.5, toxicity ≤ 2, total ≤ 7.5.A total of 678 substances were passed the ADMET screening. Five substances that satisfy thedocking model with high docking scores showing good binding to the IL-2 receptor are namelyDB07813, ZINC24881462, ZINC79907123, ZINC40287043, ZINC58171180 with docking scores< -30 kJ. mol1. Small molecules capable of inhibiting IL-2 will be further evaluated throughmolecular dynamic simulations. Keywords: IL-2, IL2-inhibitor, docking, 3D-pharmacophore, virtual screening. Đặt vấn đề denileukin diftitox (IL-12 tái tổ hợp với độc tố Interleukin-2 (IL-2) là một cytokin được tìm ra diphtheria điều trị bệnh nhân có biểu hiện quátừ hơn 25 năm trước và là cytokin được nghiên mức IL-2R trên tế bào T lymphoma), thuốc đốicứu rộng rãi nhất cho đến ngày nay. IL-2 đóng kháng thụ thể IL-2R nổi bật trong phòng ngừavai trò rất quan trọng trong hệ thống miễn dịch chống thải ghép bao gồm: Dadizumabcủa cơ thể [1]. IL-2 sản xuất bởi các tế bào T (Zenapax; Hoffmann-La Roche) và basiliximabđược kháng nguyên kích hoạt. Trước đây được (Simulect; Novartis) hoạt động bằng cách kếtgọi là yếu tố tăng trưởng tế bào T, tác động của hợp trực tiếp: phong tỏa thụ thể, điều hòa giảmIL-2 bao gồm khả năng tăng cường hoạt động tế thụ thể (kích hoạt loại bỏ IL-2Rα khỏi bề mặt tếbào giết tự nhiên (natural killer cell: NK) hoặc tế bào mà không báo hiệu) và gây độc tế bào quabào NK được kích hoạt bởi lymphokin(lymphokine-activated killer cell), gia tăng hoạt trung gian kháng thể (ADCC) thông qua kíchđộng của tế bào lympho xâm nhập khối u hoạt và nhận biết bởi các tế bào NK [2]. Thuốc(TILs)… [1]. Hiện nay, có 2 nhóm thuốc chính phân tử nhỏ ức chế tương tác IL-2/IL-2R hiệntrong điều trị các bệnh lý liên quan đến IL-2: nay còn rất hạn chế [3-5]. Việc nghiên cứu để tìmThuốc đồng vận IL-2 như aldesleukin (IL-2 tái tổ kiếm phân tử nhỏ có khả năng ức chế proteinhợp được sử dụng trong ung thư thận), này là cần thiết và mở ra cơ hội điều trị những bệnh viêm và bệnh tự miễn với một cơ chế mới. Vì vậy, nghiên cứu này được thực hiên với mụcChịu trách nhiệm: Thái Khắc MinhEmail: thaikhacminh@ump.edu.vn tiêu tổng quát là dự đoán khả năng gắn kết củaNgày nhận: 03/11/2021 các phân tử nhỏ với IL-2 bằng phương phápNgày phản biện: 10/11/2021 docking bằng phần mềm LeadIT sẽ giúp chọn raNgày duyệt bài: 25/01/2022 các hợp chất tiềm năng.14 TẠP CHÍ Y DƯỢC HỌC SỐ 40 - THÁNG 1/2022 Phương pháp nghiên cứu danh pháp SMILES trong phần mềm MOE Cơ sở dữ liệu 2015.10 bằng cách chọn cột mol  File  Save Dựa trên nghiên cứu của Raimundo, từ vị trí as  Output: SMILES/Text (.txt). Tệp .txt tạocủa ligand đồng kết tinh FRG301 với protein thành chứa danh sách các hợp chất theo thứ tựtrong cấu trúc tinh thể 1M48. Đối tượng thử tương ứng với tập dữ liệu gốc sẽ được saonghiệm của đề tài gồm 21,800,167 chất từ các chép lên cửa sổ SMILES của SwissADMEcơ sở dữ liệu ZINC Purchasable (ZINC), (http://www.swissadme.ch) [8]  chọn Run! đểMayBrigde HitCreator ...