Nghiên cứu sự lưu hành và kiểu gen của vi rút viêm gan B ở một số địa phương giai đoạn 2012-2013

Để xác định kiểu gene của HBV có ít nhất 10 kĩ thuật khác nhau về độ nhạy, độ đặc hiệu, thời gian tiến hành và giá thành. Trong đó, tiêu chuẩn vàng hiện nay cho việc xác định kiểu gene HBV là phương pháp phân tích cây phát sinh chủng loại dựa trên vùng gen S-HBV. Nhóm tác giả đã tiến hành xác định sự lưu hành và kiểu gen của HBV thu thập trong giai đoạn 2012÷2013 tại một số tỉnh, thành phố ở Việt Nam.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Nghiên cứu sự lưu hành và kiểu gen của vi rút viêm gan B ở một số địa phương giai đoạn 2012-2013 Nghiên cứu khoa học công nghệ NGHIÊN CỨU SỰ LƯU HÀNH VÀ KIỂU GEN CỦA VI RÚT VIÊM GAN B Ở MỘT SỐ ĐỊA PHƯƠNG GIAI ĐOẠN 2012-2013 (1) (2) (2) DƯƠNG TUẤN LINH , BÙI THỊ LAN ANH , PHẠM NGỌC QUANG (3) (4) (5) ĐOÀN TRỌNG TUYÊN , DMITRIEV A.V , KALININA O.V. 1. ĐẶT VẤN ĐỀ Mặc dù vaccine dự phòng bệnh viêm gan do vi rút viêm gan B (HBV) đã đượcsử dụng có hiệu quả, nhưng bệnh viêm gan B vẫn là vấn đề lớn cho sức khỏe cộngđồng. Hiện nay trên thế giới có khoảng 257 triệu người nhiễm HBV mạn tính,887.000 người chết mỗi năm bởi viêm gan B cấp tính hay mạn tính [1, 6]. Ở ViệtNam có khoảng 8,4 triệu người nhiễm HBV mạn tính và 23.300 người chết liênquan tới HBV trong năm 2005 [12]. Viêm gan do HBV chiếm 50% số ca viêm gancấp tính, 88% số ca xơ gan và 80% số ca ung thư gan [11]. Kết quả một số nghiêncứu cho thấy tỷ lệ dương tính với HBsAg trong cộng đồng từ 15÷20%, cá biệt lêntới 20÷40% trong nhóm tiêm chích ma túy và bệnh nhân HIV. Trong đó nhóm tuổimang HBsAg dương tính cao nhất lần lượt là từ 30÷39 tuổi (19,3% ở nam và 14,0%ở nữ) và 40÷49 tuổi (18,6% ở nam và 13,4% ở nữ) [7, 15]. Nghiên cứu mô tả cắtngang liên quan tới tình trạng nhiễm HBV ở các nhóm dân tộc khác nhau thuộc tỉnhLào Cai cho thấy tỷ lệ HBsAg dương tính cao nhất ở nhóm dân tộc Hmong (19% ởnam và 15% ở nữ), Kinh và Dáy (gần 13%), thấp nhất ở nhóm dân tộc Phù La(4,7%) và Dao (4,1%) [10]. HBV có ít nhất 8 kiểu gene với sự khác biệt ít nhất 8% tổng số trình tựnucleotides, kí hiệu từ A đến H đã được xác định. Theo Tran Thien Tuan Huy kiểugene I đã được phát hiện ở Việt Nam, tỷ lệ và sự phân bố kiểu gene HBV thay đổitheo vùng địa lí [8, 9]. Để xác định kiểu gene của HBV có ít nhất 10 kĩ thuật khácnhau về độ nhạy, độ đặc hiệu, thời gian tiến hành và giá thành. Trong đó, tiêu chuẩnvàng hiện nay cho việc xác định kiểu gene HBV là phương pháp phân tích cây phátsinh chủng loại dựa trên vùng gen S-HBV. Nhóm tác giả đã tiến hành xác định sựlưu hành và kiểu gen của HBV thu thập trong giai đoạn 2012÷2013 tại một số tỉnh,thành phố ở Việt Nam. 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1. Đối tượng nghiên cứu Mẫu huyết thanh thu thập trong cộng đồng dân cư trên 2 lứa tuổi sinh năm1970÷1976 và sinh năm 1990÷1996 tại các tỉnh Hòa Bình, Quảng Trị, Kon Tum vàthành phố Hồ Chí Minh trong khoảng thời gian từ 2012÷2013. 2.2. Phương pháp nghiên cứu - Thiết kế nghiên cứu: Mô tả cắt ngang. - Phát hiện kháng nguyên HBsAg: Phát hiện HBsAg bằng sinh phẩm chẩnđoán nhanh của hãng SD-Bioline (Hàn Quốc).90 Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 13, 11 - 2017Nghiên cứu khoa học công nghệ - Kỹ thuật sinh học phân tử: Tách chiết HBV-DNA bằng bộ sinh phẩm DNA-Sorb-B (Amplisens, Nga). Khuyếch đại vùng gene S của virus viêm gan B với cặpmồi FA3-L: CTG CTG GTG GCT CCA GTT và FA3-R: GCC TTG TAA GTTGGC GAG AA, sản phẩm PCR có kích thước 1000bp. Điều kiện nhiệt độ của phảnứng PCR là: 95oC/2 phút; (95oC/30 giây, 53oC/30giây, 68oC/90 giây) 35 chu kì;68oC/5 phút. Điện di trên gel agarose 1% (Thermal Scientific, Mỹ), giải trình tự tại1st BASE (website: http://www.base-asia.com). So sánh, phân tích trình tự bằngphần mềm MEGA7. Xây dựng cây phát sinh chủng loại dựa trên trình tự gen S theophương pháp Neighbour-Joining, các nhánh của cây được tính toán lặp lại 1000 lần.Phần mềm FigTree 1.4.2 để biểu diễn cây. - Xử lý số liệu thống kê: bằng phần mềm SPSS 20.0. 3. KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 3.1. Kết quả thu thập mẫu huyết thanh Thu thập được 664 mẫu mẫu huyết thanh trong cộng đồng (bảng 1). Tiến hànhsàng lọc phát hiện HBsAg dương tính cho 664 mẫu huyết thanh đã thu thập. Bảng 1. Cơ cấu mẫu theo vùng địa lý, giới tính và nhóm tuổi Hòa Bình Quảng Trị Kon Tum Tp. Hồ Chí Minh (n = 93) (n = 188) (n = 183) (n = 200) Nam 41 (44,1%) 94 (50%) 86 (47%) 99 (49,5%) Nữ 52 (55,9%) 94 (50%) 97 (53%) 101 (51,5%) Độ tuổi sinh 93 (100%) 93 (49,5%) 96 (52,5%) 103 (51,5%) 1990 - 1996 Độ tuổi sinh 0 (0%) 95 (51,5%) 87 (47,5%) 97 (49,5%) 1970 - 1976 3.2. Tỷ lệ HBsAg dương tính theo vùng địa lý Từ hình 1 nhận thấy tỉnh Hòa Bình có tỷ lệ HBsAg dương tính cao nhất(18,27%), tỉnh Kon Tum có tỉ lệ thấp nhất (3,1%). Tỷ lệ đối tượng tham gia nghiêncứu dương tính với HBsAg ở Hòa Bình cao hơn so với Kon Tum, Quảng Trị, Tp HồChí Minh và có sự khác biệt về thố ...