Nghiên cứu tương tác của hợp chất CID 16040294 với amyloid beta bằng phương pháp docking

Bài viết tập trung nghiên cứu hợp chất GVD và tương tác của GVD với các sợi Aβ42. Năng lượng liên kết của GVD với các sợi Aβ42 bằng phương pháp docking. Kết quả nghiên cứu mô phỏng cho thấy rằng hợp chất GVD tương tác tốt với các sợi Aβ....
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Nghiên cứu tương tác của hợp chất CID 16040294 với amyloid beta bằng phương pháp dockingChuyên san Khoa học Tự nhiên NGHIÊN CỨU TƯƠNG TÁC CỦA HỢP CHẤT CID 16040294 VỚI AMYLOID BETA BẰNG PHƯƠNG PHÁP DOCKING Huỳnh Thị Ngọc Thanh1, Nguyễn Quốc Thái2* và Bùi Văn Thắng3 1 Trung tâm Thực hành - Thí nghiệm, Trường Đại học Đồng Tháp 2 Khoa Sư phạm Khoa học Tự nhiên, Trường Đại học Đồng Tháp 3 Phòng Đào tạo, Trường Đại học Đồng Tháp * Tác giả liên hệ: nqthai@dthu.edu.vn Lịch sử bài báo Ngày nhận: 05/7/2021; Ngày nhận chỉnh sửa: 31/8/2021; Ngày duyệt đăng: 28/11/2021 Tóm tắt Giả thuyết amyloid thừa nhận rằng bệnh Alzheimer là bệnh liên quan đến quá trình tích tụ của peptideamyloid beta (Aβ) trong não ở ngoại bào. APP (Amyloid Precursor Protein) bị kích thích và bị cắt bởi cácenzyme β-secretases và γ-secretases để tạo nên chuỗi Aβ. Trong đó Aβ42 thì độc tính hơn Aβ40 và là nguyênnhân gây chết tế bào thần kinh. Sử dụng phương pháp mô phỏng docking, nghiên cứu sự tương tác của CID16040294 (GVD) với các sợi Aβ42. Kết quả cho thấy rằng CID 16040294 (GVD) tương tác mạnh với các sợiAβ42, tương tác tốt nhất với cấu trúc sợi 2MXU và tương tác không liên kết có vai trò quan trọng hơn liênkết hydrogen trong trạng thái ổn định của cấu hình thụ thể-phối tử. Từ kết quả cho thấy rằng hợp chất GVDlà chất tiềm năng điều trị bệnh Alzheimer. Từ khoá: Amyloid beta, bệnh Alzheimer, năng lượng liên kết, phương pháp docking.--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- STUDYING THE INTERACTION OF CID 16040294 COMPOUND WITH BETA AMYLOID BY DOCKING METHOD Huynh Thi Ngoc Thanh1, Nguyen Quoc Thai2*, and Bui Van Thang3 1 IT and Lab Center, Dong Thap University 2 Department of Natural Sciences Teacher Education, Dong Thap University 3 Academic Affairs Office, Dong Thap University * Corresponding author: nqthai@dthu.edu.vn Article history Received: 05/7/2021; Received in revised form: 31/8/2021; Accepted: 28/11/2021 Abstract The amyloid hypothesis admits that the Alzheimer’s disease etiology is associated with selfassemblyof amyloid beta (Aβ) peptides inside the brain. The Aβ peptides are produced by proteolytic cleavage ofthe amyloid precursor protein (APP) by β-secretase and γ-secretase. Among Aβ42 is more toxic than Aβ40and is the cause of neuronal cell death. Using docking simulation, the interaction of CID 16040294 (GVD)with Aβ42 fibrils was investigated. The results show that CID 16040294 (GVD) strongly interacts with Aβ42fibrils, interacts best with the 2MXU fibril structure, and the non-binding interaction plays a more importantrole than Hydrogen bonding in the steady state of the receptor-ligand conformation. From these results, wepropose that GVD compound is a potential compound to treat Alzheimer’s disease. Keywords: Amyloid beta, Alzheimers disease, binding free energy, docking method.DOI: https://doi.org/10.52714/dthu.12.2.2023.1031Trích dẫn: Huỳnh Thị Ngọc Thanh, Nguyễn Quốc Thái và Bùi Văn Thắng. (2023). Nghiên cứu tương tác của hợp chất CID16040294 với amyloid beta bằng phương pháp docking. Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp, 12(2), 44-49.44 Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp, Tập 12, Số 2, 2023, 44-49 1. Mở bài Trong nghiên cứu trước (Thai và cs., 2017), Bệnh Alzheimer (AD) là một bệnh phổ nhất sử dụng các phương pháp như docking, qui tắcliên quan đến bệnh thần kinh (Wilson và cs., 2012). Lispinki, phương pháp động lực học phân tử (SMD)Các nghiên cứu lâm sàng khẳng định rằng AD là quá định hướng, kết hợp với dữ liệu thực nghiệm năngtrình làm suy giảm trí nhớ, ngôn ngữ và các chức lượng liên kết của các hợp chất. Kết quả trong nghiênnăng nhận thức khác (Nasica-Labouze và cs., 2015). cứu, nhóm tác giả đã sàng lọc được một số ứng viênAD là bệnh gây chết người đứng thứ 6 ở Mỹ và tổng thuốc tiềm năng cho việc điều trị AD từ ngân hàngchi phí cho việc điều trị AD và những bệnh liên quan hợp chất PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih. gov). CID 16040294 (GVD (2-[4-(amino) phenyl]đến thần kinh ước tính lên tới 226 tỉ USD trong năm acetonitrile)) và CID 9998128 (Q128 (N-(1H-2015 (Alzheimer’s, 2015). Đây thực sự là một gánh indazol-5-yl)-2-(6-methylpyridin-2-yl) quinazolin-nặng rất lớn của xã hội. 4-amine)), đây là hai hợp chất có khả năng liên Đã có nhiều chiếc lược khác nhau được đề xuất kết tốt với 6 thụ thể bao gồm: sợi Aβ, peroxisomeđể xác định khả năng điều trị, chống lại AD. Các proliferator-activated receptor γ (PPARγ), retinoicphương pháp điều trị AD hiện nay có thể chia thành X receptor α (RXRα), β-secretase, γ-secretase, vànhiều loại khác nhau, điều này phụ thuộc vào các Acetylcholinesterase (AChE). Để đơn giản, trongđặc tính hóa học và vật lý học, cũng như các thụ thể nghiên này, chúng tôi gọi hợp chất CID 16040294điều trị chúng. Các phân tử nhỏ, những khoáng chất là GVD (Thai và ...