PHÂN TÍCH TÍNH ĐA DẠNG VỀ DI TRUYỀN

Phương pháp đo lường khoảng cách của các nhóm trên cơ sở nhiều tính trạng khác nhau được đề xuất (Mahalanobis 1928). Phương pháp nầy còn được gọi là hiệu số "bình phương" (D2 - Mahalonobis). Các bước phân tích bao gồm: (i) Thu thập số liệu (ii) Trắc nghiệm mức độ ý nghĩa (iii) Chuyển đổi các giá trị (iv) Tính hiệu số D2 (v) Trắc nghiệm mức độ ý nghĩa của D2 với phép thử Chi bình phương (vi) Mức độ đóng góp của các tính trạng vào sự phân nhóm. (vii) Xếp nhóm các cluster di truyền:...
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
PHÂN TÍCH TÍNH ĐA DẠNG VỀ DI TRUYỀN Chương 2 PHÂN TÍCH TÍNH ĐA DẠNG VỀ DI TRUYỀN Phương pháp đo lường khoảng cách của các nhóm trên cơ sở nhiều tính trạng khácnhau được đề xuất (Mahalanobis 1928). Phương pháp nầy còn được gọi là hiệu số bình phương (D2 - Mahalonobis). Các bước phân tích bao gồm: (i) Thu thập số liệu (ii) Trắc nghiệm mức độ ý nghĩa (iii) Chuyển đổi các giá trị (iv) Tính hiệu số D2 (v) Trắc nghiệm mức độ ý nghĩa của D2 với phép thử Chi bình phương (vi) Mức độ đóng góp của các tính trạng vào sự phân nhóm. (vii) Xếp nhóm các cluster di truyền: - Phương pháp Tocher - Canonical graph. Chương trình phân tích đã có trong cá mô hình thống kê sinh học Trước tiên, chúng ta thiết lập một ma trận có chứa các giá trị phương sai (variance) vàhợp sai (covariance) giữa các tính trạng có quan hệ với nhau, để tìm ra các phương trình biếnđổi của các biến số có tương quan. Kế đến tính D2 từng cặp giá trị và phân nhóm di truyền. Tính khoảng cách di truyềntrong từng nhóm và giữa các nhóm. Các genotypes ở cùng một nhóm ít khác biệt hơn kiểu gen ở nhóm khác. Hệ số D ởtrong nhóm nhỏ hơn rất nhiều so với hệ số D giữa các nhóm. Có ba đặc điểm quan trọng trong khi chọn lựa các genotypes là: - Chọn nhóm có genotype làm bố mẹ. - Chọn các genotypes ở trong nhóm có khoảng cách di tryuền với các nhóm khác càng xa càng tốt. - Chú ý các tính trạng có mức độ đóng góp cao nhất về độ khác biệt về di truyền. Phải tiếp tục thực thiện việc lai thử nghiệm, mới có kết luận cụ thể về ưu thế lai giữahai nhóm có khoảng cách xa, cũng như sự phân ly của các dòng con lai.2-1. PHƯƠNG SAI & HỢP SAI (variance, covariance) (Σx)2 2 Σx - ------- n Var x = ----------------------------------- (phương sai) n-1 Σxy - (ΣxΣy) / n Cov xy = -------------------------- (hợp sai) n –1Phương pháp metroglyph và tính chỉ số điểm đánh giá đã được Anderson đề nghị từ năm1957. Sau đó, rất nhiều tác giả khác đã phát triển phương pháp này như Ramanujam vàKumar (1964), Mukherjee và ctv.(1971), Venketrao và ctv. (1973)2-2. HIỆU SỐ D2 pD2 = b1d1 + b2d2 + b3d3 + .... + bpdp pD2 = Wij (mean xi1 - mean xi2) (mean xj1 - mean xj2)Trong đó Wij là ma trận của các giá trị phương sai và hợp sai của những tính trạng mục tiêuđược sử dụng để phân tích mức độ đa dạng di truyền Các bước tính toán được tiến hành theo trình tự sau 1. Phân tích ANOVA và ANCOVA của các tính trạng mục tiêu 2. Tìm phương sai kiểu gen và phương sai kiểu hình, hợp sai kiểu gen và hợp sai kiểu hình 3. Sắp xếp ma trận của các giá trị phương sai và hợp sai tương ứng theo cột và hàng của ma trận [G] kiểu gen và [P] kiểu hình. Trong trường hợp chung, chúng ta có thể chỉ cần sử dụng ma trận [G]. Trường hợp bố trí thí nghiệm không có lập lại, phương sai và hợp sai được tính theo một dãy số, không có bảng ANOVA và ANCOVA, chúng ta chỉ có một matrix duy nhất. 4. Giải ma trận theo cách trình bày kiểu “pivotal” (kiểu rễ đuôi chuột). Vế bên trái của hệ thống phương trình là ma trận của các giá trị phương sai, hợp sai. Bên phải là ma trận đơn vị tương ứng. Thí dụ nếu chúng ta phân tích trên 4 tính trạng mục tiêu, ma trận đơn vị sẽ là 1 0 0 0 (1) Var 1 Cova1.2 Cova1.3 Cova1.4 0 1 0 0 (2) Var 2 Cova2.3 Cova2.4 0 0 1 0 (3) Var 3 Cova3.4 0 0 0 1 (4) Var 4 5. Chuyển đổi giá trị của các biến số. Thí dụ chúng ta có 4 tính trạng mục tiêu, giá trị chuyển đổi sẽ được tính theo công thức như sau: X1Y1 = -------------------------- (σ2X1)1/2 2trong đó σ X1 là phương sai của tính trạng 1 aX1 + X2Y2 = -------------------------- (A)1/2trong đó a là hệ số kết qủa cột 1 của hệ phương trình (2) trong ma trận đơn vị khi tính tóan.A là hệ số kết qủa của số đầu tiên bên vế trái khi tính toán, tương ứng với hệ phương trình (2) bX1 + cX2 + X3Y3 = ------------------- (B)1/2trong đó b là hệ số kết qủa của cột 1, c của cột 2 trong hệ phương trình (3), trong ma trận đơnvị khi tính toán, và B là hệ số kết qủa của số đầu tiên bên vế trái của hệ phương trình (3) eX1 + fX2 + gX3 + X4Y4 = --------------------------- (C)1/2trong đó e là hệ số kết qủa c ...