Phân tích trình tự phân đoạn S10 của các chủng virus gây bệnh lúa lùn sọc đen ở Việt Nam

Bài viết Phân tích trình tự phân đoạn S10 của các chủng virus gây bệnh lúa lùn sọc đen ở Việt Nam được nghiên cứu nhằm mục tiêu đánh giá đặc điểm phân tử/di truyền/đa dạng của phân đoạn S10 của virus LSĐPN tại Việt Nam.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Phân tích trình tự phân đoạn S10 của các chủng virus gây bệnh lúa lùn sọc đen ở Việt NamT¹p chÝ khoa häc vµ c«ng nghÖ n«ng nghiÖp ViÖt Nam PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ PHÂN ĐOẠN S10 CỦA CÁC CHỦNG VIRUS GÂY BỆNH LÚA LÙN SỌC ĐEN Ở VIỆT NAM Nguyễn Hoàng Quang, Đỗ Thị Hạnh, Phạm Thị Vân, Trần Thị Như Hoa, Hà Viết Cường, Phạm Xuân Hội SUMMARY Sequence analysis of S10 segment of virus isolates causing black-streaked dwarf disease on rice in VietnamA total of 13 typical black-streaked dwarf rice disease samples representing ecological zones inVietnam were subjected for viral total dsRNA isolation using cellulose CF11 column. Analysis ofextracted dsRNAs revealed 7 linear segments, which were similar to the electrophoretic profile ofSouthern black-streaked dwarf virus (SRBSDV). RT-PCR using primer pairs matched to both 3’and 5’ ends sequence of S10 segment of China isolates (EU523360, EU784840) resulted inamplification of S10 segment cDNA products. RT-PCR products were cloned into pJET1.2 vectorusing CloneJET™ PCR Cloning Kit and the complete nucleotide sequence of S10 segments wereobtained by automatic sequencer. Blast searches indicated that these S10 segments shares 98 -99% nucleotide identities with S10 sequence of SRBSDV in Genebank (EU784840.1). UsingBioEdit, Blast, Clustal2.1, MEGA5.1 softwares for phylogenetic trees based on Vietnam and ChinaS10 nucleotide sequences showed that the viral isolates of Vietnam and China are divided at leastinto three distinct groups with boostrap value of 99%. Among Vietnamese isolates, group 1consists of 4 samples collected in the Red River Delta (Nam Dinh, Ninh Binh, Thai Binh) and 2samples collected in the northern mountainous provinces (Son La, Lao Cai); group 2 consists of 4samples collected in central region (Quang Tri, Hue), 1 sample collected in Son La and 1 samplecollected in the Thai Binh; Group 3 consists of only one sample collected in Nghe An.Keywords: Identities, nucleotide sequences, S10 segment, SRBSDV, Vietnam.I. ĐẶT VẤN ĐỀ Virus LSĐPN có tên khoa học là Virus lùn sọc đen phương Nam ), là 1 thành viên mới của chi(LSĐPN) được phát hiện lần đầu tiên vào (nhóm 2), họ Hệ gennăm 2008 tại các vùng tr ng lúa thuộc tỉnh virus có kích thước ~29kb, g m 10 phânQuảng Đông và đảo Hải Nam, phía Nam đoạn RNA sợi đôi có kích thước từ 1,8 đếnTrung Quốc (Zhang ., 2008). Tại Việt 4,5kb và được đặt tên theo thứ tự từ S1 đếnNam, virus này đã gây dịch bệnh lúa lùn S10 theo kích thước tăng dần (Zhangsọc đen tại Nghệ An và các tỉnh phía Bắc ., 2008), trong đó phân đoạntrong vụ Mùa 2009 với tổng diện tích S10 mang gen mã hóa protein v của virus.nhiễm bệnh lên tới trên 13.000ha, trong đó Nghiên cứu này nhằm mục tiêu đánh giáhơn 8.000ha bị bệnh rất nặng và có khả đặc điểm phân tử/di truyền/đa dạng của phânnăng mất trắng (Hà Viết Cường đoạn S10 của virus LSĐPN tại Việt Nam.2009; Ngô Vĩnh Viễn Phân đoạn ích thướ ảđến vụ Mùa năm 2010, bệnh lùn sọc đen đã ã ó ì àvà vẫn phát sinh gây hại trên 5 vùng sinh ớ à ủ ửthái tr ng lúa tại 28 tỉnh/thành từ miền ớ ài quy đị íTrung trở ra với tổng diện tích bị nhiễm là đặ ệu vector như đã đượ ứng minh đố24.000ha, trong đó diện tích phải nhổ tỉa là ớ ộ9.000ha và phải tiêu hủy là 1.700ha. T¹p chÝ khoa häc vµ c«ng nghÖ n«ng nghiÖp ViÖt NamII. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 2. Phương pháp nghiên cứuNGHIÊN CỨU Tách chiết genome của : Sử dụng1. Vật liệu nghiên cứu phương pháp tách dsRNA của Dodds et al., (1984) có cải tiến. Các mẫu lúa có triệu chứng nhiễm bệnhLSĐ điển hình được thu thập tại các tỉnh Tổng hợp cDNA: Phản ứng tổng hợpphía Bắc như: Thái Bình, Nam Định, Ninh cDNA phân đoạn S10 được thực hiện theoBình, Sơn La, Lào Cai... và các tỉnh Bắc hướng dẫn của bộ kít Reverse Transcriptase:Trung bộ, duyên hải miền Trung như:Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Hai cặp m i sử dụng cho phản ứng tổngBình, Quảng Trị, Huế... hợp nhân toàn bộ phân đoạn S10 có trình tự Các kít nhân dòng, các kít tinh sạch như bảng 1. , các ...