Quy trình giải trình tự sanger một số biến thể đa hình đơn nucleotide trên các gen PNPLA3, TM6SF2, MBOAT7 và GCKR liên quan đến bệnh gan nhiễm mỡ không do rượu

Bài viết trình bày việc xây dựng quy trình giải trình tự Sanger khảo sát năm biến thể trên các gen PNPLA3, TM6SF2, MBOAT7 và GCKR liên quan đến bệnh gan nhiễm mỡ không do rượu (NAFLD). Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Tối ưu hóa quy trình ly trích DNA có ly giải hồng cầu bằng dung dịch ACK, thiết kế 5 cặp đoạn mồi đặc hiệu cho các biến thể, tối ưu hóa nhiệt độ bắt cặp của phản ứng PCR và tối ưu hóa phản ứng giải trình tự Sanger trên hệ thống Applied Biosystems 3500 (ThermoFishser).
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Quy trình giải trình tự sanger một số biến thể đa hình đơn nucleotide trên các gen PNPLA3, TM6SF2, MBOAT7 và GCKR liên quan đến bệnh gan nhiễm mỡ không do rượu TẠP CHÍ Y HỌC VIỆT NAM TẬP 513 - THÁNG 4 - SỐ 2 - 2022TÀI LIỆU THAM KHẢO Committee. ESGE recommendations for quality control in gastrointestinal endoscopy: guidelines1. Phan Nhật Tân và cs, “Đánh giá kết quả chản for image documentation in upper and lower GI đoán và điều trị ung thư dạ dày sớm tại bệnh viện endoscopy. Endoscopy 2001;33:901-903. Trung Ương Huế”, tạp chí Y học lâm sàng, tr 53- 6. The JL, Hartman M, Lau L, et al. Duration of 60, số 60, 2020. Endoscopic Examination Significantly Impacts2. Nhận xét kết quả chẩn đoán và điều trị ung thư Detection Rates of Neoplastic Lesions During sớm ống tiêu hóa tại Bệnh viện Bãi Cháy. BS. Lê Diagnostic Upper Endoscopy. Gastrointest Thị Kim Liên, Bệnh viện Bãi Cháy, Hội Nghị Nội Endosc 2011;73(4S): AB393. Nội soi Tiêu hóa toàn quốc 2019. 7. Yagi K, Nakamura A, Sekine A. Comparison3. Taga S. 3. Gastroscopy technique. A. between magnifying endoscopy and histological, Observation by panendoscopy. In: Tada M, culture and urease test findings from the gastric Maruyama M and Fujino M (ed) I to Cho mucosa of the corpus. Endoscopy 2002;34:376-381. Handbook. Igakushoin, Tokyo, 1992, pp 132-139. 8. Anagnostopoulos GK, Yao K, Kaye P, et al.4. The committee for standardizing screening High-resolution magnification endoscopy can gastroscopy. Gastric cancer screeing teichniques. reliably identify normal gastric mucosa, In: JSGCS (ed) I to Cho Handbook. Igakushoin, Helicobacter pylori-associated gastritis, and Tokyo 2010, pp 1-24. gastric atrophy. Endoscopy 2007;39:202-207.5. Rey JF, Lambert R; ESGE Quality AssuranceQUY TRÌNH GIẢI TRÌNH TỰ SANGER MỘT SỐ BIẾN THỂ ĐA HÌNH ĐƠNNUCLEOTIDE TRÊN CÁC GEN PNPLA3, TM6SF2, MBOAT7 VÀ GCKR LIÊN QUAN ĐẾN BỆNH GAN NHIỄM MỠ KHÔNG DO RƯỢU Lê Dương Hoàng Huy1,2, Nguyễn Minh Hà1,2, Nguyễn Ước Nguyện1,2TÓM TẮT người tình nguyện, làm cơ sở cho các khảo sát với cỡ mẫu đại diện giúp tiếp cận và quản lý ở phương diện 61 Mục tiêu: Xây dựng quy trình giải trình tự Sanger phân tử NAFLD ở Việt Nam.khảo sát năm biến thể trên các gen PNPLA3, TM6SF2, Từ khóa: Giải trình tự Sanger, bệnh gan nhiễmMBOAT7 và GCKR liên quan đến bệnh gan nhiễm mỡ mỡ không do rượu, PNPLA3, TM6SF2, MBOAT7 và GCKR.không do rượu (NAFLD). Đối tượng và phươngpháp nghiên cứu: Tối ưu hóa quy trình ly trích DNA SUMMARYcó ly giải hồng cầu bằng dung dịch ACK, thiết kế 5 cặpđoạn mồi đặc hiệu cho các biến thể, tối ưu hóa nhiệt SANGER SEQUENCING PROCESS OFđộ bắt cặp của phản ứng PCR và tối ưu hóa phản ứng SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMSgiải trình tự Sanger trên hệ thống Applied Biosystems VARIANTS IN PNPLA3, TM6SF2, MBOAT73500 (ThermoFishser). Áp dụng toàn bộ quy trình giải AND GCKR GENES ASSOCIATED WITHtrình tự Sanger đã tối ưu lên 4 mẫu máu của người NON-ALCOHOLIC FATTY LIVER DISEASEtình nguyện nhằm đánh giá thông số kỹ thuật và đặc Objective: Develop Sanger sequencing andđiểm của các biến thể. Kết quả: Xây dựng thành công investigate five variants on PNPLA3, TM6SF2, MBOAT7quy trình giải trình tự Sanger bao gồm: tối ưu hóa and GCKR genes related to non-alcoholic fatty liverđược lượng thể tích (4 ml) và thời gian ly giải hồng disease (NAFLD). Materials and methods:cầu với ACK (10 phút) để thu được DNA có độ tinh Optimized the DNA extraction process with erythrocytekhiết đạt chuẩn, thiết kế được năm cặp đoạn mồi lysis by ACK solution, designed 5 pairs of primerskhuếch đại đặt hiệu năm biến thể quan tâm. Khảo sát specific for variants, optimized the pairing temperatureDNA 4 người tình nguyện khỏe mạnh, tất cả đều có ít of the PCR reaction and optimized Sanger sequencingnhất một trong năm biến thể quan tâm, với tất cả kết reaction on an Applied Biosystems 3500 Series Geneticquả giải trình tự có tỉ lệ nucleotide có độ chính xác Analyzer from Thermo Fishser. Apply the entirecao-QVB > 90%. Kết luận: Đã xây dựng và tối ưu optimized Sanger sequencing process to 4 ...