Sự lưu hành của cầu trùng gà và phân tích phát sinh loài của Eimeria tenella phân lập tại một số địa điểm thuộc miền Bắc, Việt Nam

Sự lưu hành của cầu trùng gà và phân tích phát sinh loài của Eimeria tenella phân lập tại một số địa điểm thuộc miền Bắc, Việt Nam trình bày ứng dụng sinh học phân tử nhằm định danh, điều tra phát sinh loài và các biến thể trong trình tự DNA của E. tenella.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Sự lưu hành của cầu trùng gà và phân tích phát sinh loài của Eimeria tenella phân lập tại một số địa điểm thuộc miền Bắc, Việt Nam Vietnam Journal of Community Medicine, Vol. 64, Special Issue (2023) 181-188INSTITUTE OF COMMUNITY HEALTH THE CIRCULATION OF COCCIDIOSIS ON CHICKEN AND THE PHYLOGENETIC ANALYSIS OF EIMERIA TENELLA ISOLATED FROM VARIOUS LOCATIONS IN VIETNAMS NORTH Le Thi Lan Anh1, Ta Phuong Anh1, Vu Mai Linh1, Bui Thi Huyen Thuong2, Bui Khanh Linh1,* Vietnam National University of Agriculture - Gia Lam, Hanoi, Vietnam 1 Chulalongkorn University, Thailand - 254 Phayathai Road, Pathumwan, Bangkok, Thailand 2 Received 16/12/2022 Revised 10/01/2023; Accepted 15/02/2023 ABSTRACT Objectives: Apply molecular biology to identify, investigate phylogenetics and look for variations in the DNA sequence of E. tenella. Subject and method: The study used PCR amplification of the ITS-1 gene fragment as a genetic marker, followed by sequencing and the construction of a phylogenetic tree. Results: Among the 10 E. tenella isolates examined, genetic analysis revealed seven distinct genotypes and six single nucleotide polymorphisms. A phylogenetic tree was constructed with 35 sequences (3 in this study and 32 reference sequences from GenBank). According to the phylogenetic tree, the three strains of E. tenella isolated in this study are closely related to E. tenella from China and the United States. Furthermore, the majority of the stool samples tested positive for five coccidiosis species: E. tenella, E. acervulina, E. praecox, E. maxima, and E. mitis. E. tenella is the species with the highest prevalence among them. Conclusion: ITS-1 sequence-based genetic analysis can provide valuable information for in-depth studies of E.tenella, such as species structure and genetic variants. Keywords: Eimeria tenella, nucleotide polymorphisms, phylogenetic.*Corressponding author Email address: bklinh5@gmail.com Phone number: (+84) 888 945 599 181 B.K. Linh et al. / Vietnam Journal of Community Medicine, Vol. 64, Special Issue (2023) 181-188 SỰ LƯU HÀNH CỦA CẦU TRÙNG GÀ VÀ PHÂN TÍCH PHÁT SINH LOÀI CỦA EIMERIA TENELLA PHÂN LẬP TẠI MỘT SỐ ĐỊA ĐIỂM THUỘC MIỀN BẮC, VIỆT NAM Lê Thị Lan Anh1, Tạ Phương Anh1, Vũ Mai Linh1, Bùi Thị Huyền Thương2, Bùi Khánh Linh1,* Học viện Nông nghiệp Việt Nam - Gia Lâm, Hà Nội, Việt Nam 1 2 Đại học Chulalongkorn, Thái Lan - 254 Phaya Thai, Pathum Wan, Băng Cốc, Thái Lan Ngày nhận bài: 16 tháng 12 năm 2022 Chỉnh sửa ngày: 10 tháng 01 năm 2023; Ngày duyệt đăng: 15 tháng 02 năm 2023 TÓM TẮT Mục tiêu: Ứng dụng sinh học phân tử nhằm định danh, điều tra phát sinh loài và các biến thể trong trình tự DNA của E. tenella. Phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu sử dụng phản ứng PCR khuếch đại đoạn gen ITS-1 làm dấu hiệu di truyền, giải trình tự và xây dựng cây phát sinh loài. Kết quả: Phân tích di truyền cho thấy bảy kiểu gen riêng biệt và phát hiện sáu đa hình nucleotide đơn trong số 10 chủng E. tenella được đưa vào so sánh. Đồng thời xây dựng cây phát sinh loài được cấu trúc với 35 trình tự (3 trình tự trong nghiên cứu này và 32 trình tự tham chiếu từ GenBank). Cây phát sinh loài cho thấy ba chủng E. tenella phân lập được trong nghiên cứu này có mối quan hệ chặt chẽ với E. tenella của Trung Quốc, USA. Ngoài ra, nghiên cứu này còn cho thấy hầu hết các mẫu phân đều dương tính với 5 loài cầu trùng: E. tenella, E. acervulina, E. praecox, E. maxima, E. mitis. Trong đó, loài có tỷ lệ lưu hành cao nhất là E. tenella. Kết luận: Dữ liệu phân tích di truyền dựa trên trình tự ITS-1 có thể cung cấp thông tin quan trọng cho các nghiên cứu chuyên sâu về E.tenella bao gồm cấu trúc loài và các biến thể di truyền. Từ khoá: Eimeria tenella, đa hình nucleotide, phát sin ...