TIN SINH HỌC BIOINFORMATICS

Khai thác dữ liệu trên mạng Internet:Nguyên tắc cơ bản về tìm kiếm thông tin trênInternet.Giới thiệu về CSDL sinh học lớn trên mạng Internet.Khai khác các phần mềm trực tuyến: Blast (tìmkiếm trình tự tương đồng), ORFfinder (tìm khung đọcmở) của NCBI.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
TIN SINH HỌC BIOINFORMATICS TIN SINH HỌCBIOINFORMATICS Giới thiệu môn họcGIỚI THIỆU CHUNG1. KHAI THÁC DỮ LiỆU TRÊN MẠNG INTERNET - Nguyên tắc cơ bản về tìm kiếm thông tin trên Internet - Giới thiệu về CSDL sinh học lớn trên mạng Internet - Khai khác các phần mềm trực tuyến: Blast (tìm kiếm trình tự tương đồng), ORFfinder (tìm khung đọc mở) của NCBI2.LÀM QUEN MỘT SỐ CÔNG CỤ PHẦN MỀM PHÂN TÍCH DNA, RNA, PROTEIN - Clustalx; TreeView - DNA club; NTSYSPC - Plasdraw; Chromas 2 GiớithiệumônhọcMục tiêu môn học Tự tìm tài liệu, các bài báo và công trình nghiên cứu về công nghệ sinh học nói chung từng chuyên ngành như CNSH nông nghiệp, CNSH y dược, CNSH môi trường nói riêng. Phân tích trình tự sinh học (DNA,RNA, protein, các cấu trúc sinh học) bằng các công cụ trực tuyến cũng như các phần mềm sinh học. 3 GiớithiệumônhọcBioinformatics là gì? 4 GiớithiệumônhọcBioinformatics là gì? Là một lĩnh vực khá đặc biệt trong công nghệ sinhhọc và sinh học hiện đại, Tin-Sinh học cũng cần cónhững công cụ riêng phục vụ cho nhu cầu và sự pháttriển của nó. Những công cụ cơ bản có thể bao gồm: - Máy tính - Các thuật toán: Thống kê các số liệu thô, sự xắpxếp của mã trình tự - Các công cụ, phần mềm (software) - Internet Giớithiệumônhọc 5 Cơ sở dữ Internet liệu sinh 120 quốc gia họ c NCBI Chuyển trình tự Gene Anh đã giải mã 30% bản đồ gene Mỹ, Pháp, Đức, Nhật Bản Trung Quốc Các vi sinh vật khác: vi khuẩn, Virus…Xây dựng, bổ sung, tổ chức quản lý khai khác cơ sở dữ liệu(database - cơ sở dữ liệu) đa dạng, toàn diện trên quy mô toàncầu về công nghệ sinh học. ệumônhọc Giớithi 6Các ứng dụng của Tin sinh học BẮT ĐẦU THÍ NGHIỆM XÁC ĐỊNH LẠI TIẾN HÀNH PHẦN MỀM THÍ NGHIỆM TỐI ƯU HÓA TỪ CÁC THÔNG SỐ NÀY THÔNG SỐ MÁY TÍNH 7 GiớithiệumônhọcCác ví dụ về mô hình máy tínhVí dụ 1: Làm thế nào để chuyển gene vào vi sinh vật Từ cơ sở dữ liệu-> thí nghiệm (DNA club)Ví dụ 2: Xét nghiệm huyết thống (NTSYSPC) Số liệu DNA được phân tích khi thực hiện thí nghiệm 8 GiớithiệumônhọcCác ứng dụng của Tin sinh học Nghiên cứu về chuỗi trình tự Nghiên cứu về bộ gene Nghiên cứu bằng sự tiến hoá của sinh học bằng máy tính Nghiên cứu đa dạng di truyền Nghiên cứu các đột biến của tế bào ung thư So sánh bộ gene 9 GiớithiệumônhọcPHÂN TÍCH CƠ SỞ DỮ LIỆU 1. Sản phẩm nghiên cứu từ nông nghiệp Phần mềm sinh học 2. Sản phẩm nghiên cứu từ thực phẩm Các kỹ thuật sinh học Khi làm thí 3. Sản phẩm nghiệm từ môi trường vv… 10 Giớithiệumônhọc BÀI 1: TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ LIỆU TRÊN INTERNET Tìm kiếm thông tin trên Internet qua các công cụ tìm kiếm www.google.com www.altavista.com www.infoseek.com www.excite.com www.nlsearch.com Tìm kiếm thông tin qua cơ sỡ dữ liệu sinh học - NCBI-Cơ sở dữ liệu của Mỹ - EMBL-Cơ sở dữ liệu Châu âu 11 GiớithiệumônhọcCÁC GIAO DIỆN CỦA CÁC CÔNG CỤ TÌM KIẾM 12 GiớithiệumônhọcTÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNETNguyên tắc ...