Tối ưu hóa quy trình xác định kiểu gen của đa hình APOA5 rs662799 ở trẻ em nam 6-11 tuổi tại Hà Nội

Mục đích của nghiên cứu này là ứng dụng phương pháp đa hình chiều dài đoạn cắt giới hạn để phân tích đa hình gen APOA5 rs662799 ở quần thể người Việt Nam. Nghiên cứu này đã tối ưu hóa phương pháp phân tích đa hình APOA5 rs662799 với enzyme MseI và xác định được sự phân bố tỉ lệ kiểu gen và alen ở 405 trẻ em tiểu học nam tại Hà Nội.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Tối ưu hóa quy trình xác định kiểu gen của đa hình APOA5 rs662799 ở trẻ em nam 6-11 tuổi tại Hà Nội JOURNAL OF SCIENCE OF HNUE Natural Sci. 2016, Vol. 61, No. 4, pp. 130-136 This paper is available online at http://stdb.hnue.edu.vn DOI: 10.18173/2354-1059.2016-0020 TỐI ƢU HOÁ QUY TRÌNH XÁC ĐỊNH KIỂU GEN CỦA ĐA HÌNH APOA5 rs662799 Ở TRẺ EM NAM 6 - 11 TUỔI TẠI HÀ NỘI Nguyễn Thị Hồng Hạnh1, Phạm Trần Phƣơng2 và Trần Quang Bình2 Khoa Sinh học, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, 1 Yecxanh, Hai Bà Trưng, Hà Nội 1 2 Tóm tắt: Đa hình Ďơn nucleotid rs662799 thuộc gen APOA5 Ďƣợc quan tâm nghiên cứu ở nhiều quần thể do có liên quan Ďến tăng nguy cơ mắc rối loạn chuyển hoá lipid máu, cao huyết áp, hội chứng chuyển hoá, nhồi máu cơ tim và bệnh Ďộng mạch vành. Mục Ďích của nghiên cứu này là ứng dụng phƣơng pháp Ďa hình chiều dài Ďoạn cắt giới hạn Ďể phân tích Ďa hình gen APOA5 rs662799 ở quần thể ngƣời Việt Nam. Nghiên cứu này Ďã tối ƣu hoá phƣơng pháp phân tích Ďa hình APOA5 rs662799 với enzyme MseI và xác Ďịnh Ďƣợc sự phân bố tỉ lệ kiểu gen và alen ở 405 trẻ em tiểu học nam tại Hà Nội. Kiểu gen T/T chiếm tỉ lệ cao nhất (46,3%), kiểu gen C/C chiếm tỉ lệ thấp nhất (14,2%). Sự phân bố kiểu gen ở quần thể nghiên cứu tuân theo quy luật cân bằng Hardy - Weinberg. Phƣơng pháp phân tích kiểu gen và tần số gen của nghiên cứu này có thể áp dụng Ďể phân tích mối liên quan với các bệnh trên quy mô lớn ở ngƣời Việt Nam. Từ khóa: Gen APOA5, rs662799, kiểu gen, trẻ em. 1. Mở đầu Gen APOA5 mã hoá cho apolipoprotein A5, là thành phần cấu tạo của các lipoprotein giàu triglyceride (TG) là chylomicron, lipoprotein tỉ trọng rất thấp (VLDL) và lipoprotein tỉ trọng cao (HDL). Ở ngƣời, gen APOA5 nằm trên nhiễm sắc thể số 11 ở vị trí 11q23 tạo thành một cụm gen cùng với gen APOA1-C3-A4 [1, 2]. Gen APOA5 gồm 4 exon và 3 intron, mã hóa cho phân tử protein dài 366 acid amin, Ďƣợc biểu hiện gần nhƣ chủ yếu ở mô gan [3]. Apoprotein A5 có vai trò trong Ďẩy nhanh việc loại bỏ các lipoprotein giàu TG Ďồng thời ảnh hƣởng Ďến quá trình sản xuất TG ở gan hoặc ở ruột [2]. Nhiều nghiên cứu trên thế giới Ďã chỉ ra rằng các biến thể trên gen APOA5 có ảnh hƣởng Ďến nồng Ďộ lipid huyết tƣơng [4], tăng nguy cơ mắc nhồi máu cơ tim [5], bệnh Ďộng mạch vành [6, 7], cao huyết áp [7] và tƣơng tác với những thay Ďổi của môi trƣờng làm tăng nguy cơ mắc bệnh các bệnh nhƣ béo phì, hội chứng chuyển hóa, Ďái tháo Ďƣờng type 2, Ďột quỵ [8]. Hiện nay Ďã phát hiện hơn 160 Ďa hình Ďơn nucleotid (Single Nucleotide Polymorphism, SNP) trên gen APOA5 (theo www.genecards.org). Trong Ďó, SNP rs662799 (-1131T>C) là Ďa hình phổ biến nhất trên gen APOA5. Đây là một biến thể Ďa alen, nằm ở vùng promoter của gen APOA5 có chức năng Ďiều chỉnh dịch mã mARN của APOA5. Nhiều nghiên cứu Ďã chỉ ra rằng rs662799 có liên quan Ďến nồng Ďộ TG, HDL-C [9]. Một nghiên cứu Ďƣợc thực hiện bởi Chunxiao Xu và cộng sự từ năm 2010 - 2011 [10] trên 1840 ngƣời Trung Quốc Ďã chỉ ra rằng các Ďối tƣợng mang alen C có nồng Ďộ cholesterol tổng số và TG cao hơn Ďáng kể nhƣng lại có nồng Ďộ HDL-C thấp hơn so với những ngƣời mang kiểu gen Ďồng hợp tử T/T. Đồng thời, tác giả cũng chỉ ra rằng alen C làm tăng nguy cơ của hội chứng chuyển hóa (OR = 1,4; 95%CI = 1,15 - 1,69) [10]. Đặc biệt, rs662799 còn có liên quan Ďến béo phì, Ďến rối loạn chuyển hoá lipid máu và hội chứng chuyển hoá ở trẻ em tại một số dân tộc trên thế giới [11-14]. Tuy nhiên, ảnh hƣởng của SNP rs662799 Ďến bệnh tật ở các dân tộc, các Ďộ Ngày nhận bài: 28/2/2016. Ngày nhận Ďăng: 25/3/2016. Tác giả liên lạc: Nguyễn Thị Hồng Hạnh, Ďịa chỉ e-mail: honghanhnt111@gmail.com 130 Tối ưu hoá quy trình xác định kiểu gen của đa hình APOA5 rs662799 ở trẻ em nam 6 - 11 tuổi tại Hà Nội tuổi và giới tính khác nhau là khác nhau. Do Ďó, việc phân tích gen và xác Ďịnh phân bố kiểu gen của Ďa hình rs662799 Ďặc trƣng ở mỗi quần thể là cần thiết. Đã có nhiều phƣơng pháp phân tích kiểu gen của Ďa hình rs662799 Ďƣợc ứng dụng, trong Ďó phƣơng pháp chủ yếu là phƣơng pháp Ďa hình chiều dài Ďoạn cắt PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism) [6, 15-17]. Cho Ďến nay, vẫn chƣa có nghiên cứu về xác Ďịnh kiểu gen APOA5 rs662799 tại các phòng thí nghiệm ở Việt Nam. Do Ďó, chúng tôi tiến hành nghiên cứu này nhằm áp dụng phƣơng pháp PCRRFLP Ďể xác Ďịnh kiểu gen APOA5 rs662799 trong Ďiều kiện phòng thí nghiệm ở Việt Nam và xác Ďịnh tỉ lệ kiểu gen và tỉ lệ alen của SNP này ở trẻ em tiểu học nam tại Hà Nội. 2. Nội dung nghiên cứu 2.1. Đối tƣợng và phƣơng pháp nghiên cứu * Đối tượng nghiên cứu Đối tƣợng nghiên cứu gồm 405 học sinh từ 6 - 11 tuổi Ďƣợc lựa chọn ngẫu nhiên từ 29 trƣờng tiểu học trên Ďịa bàn Hà Nội. Trẻ Ďƣợc lựa chọn vào nghiên cứu không mắc các bệnh cấp tính hoặc các bệnh mãn tính nhƣ lao, HIV/AIDS… Các Ďối tƣợng chỉ Ďƣợc lấy máu khi có sự Ďồng ý của cha mẹ hoặc ngƣời giám hộ. Đề tài Ďã Ďƣợc Hội Ďồng Y Ďức của Viện dinh dƣỡng thông qua. * Phương pháp tách chi ...