Ứng dụng giải trình tự thế hệ mới tìm phổ đột biến gene EGFR trên mẫu sinh thiết lỏng ở bệnh nhân ung thư phổi kháng Erlotinib

Nghiên cứu tìm phổ đột biến gene EGFR ở bệnh nhân Việt Nam mắc ung thư phổi không tế bào nhỏ có kháng Erlotinib bằng phương pháp giải trình tự thế hệ mới trên mẫu sinh thiết lỏng. Phương pháp giải trình tự thế hệ mới trên mẫu sinh thiết lỏng được sử dụng để tìm phổ đột biến. Mẫu máu từ 60 bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ được xác định kháng với Erlotinib được tuyển chọn từ 1/2019 đến 5/2020.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Ứng dụng giải trình tự thế hệ mới tìm phổ đột biến gene EGFR trên mẫu sinh thiết lỏng ở bệnh nhân ung thư phổi kháng ErlotinibNghiên cứu Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 24 * Số 3 * 2020 ỨNG DỤNG GIẢI TRÌNH TỰ THẾ HỆ MỚI TÌM PHỔ ĐỘT BIẾN GENE EGFR TRÊN MẪU SINH THIẾT LỎNG Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ PHỔI KHÁNG ERLOTINIB Nguyễn Hưng Long*, Trần Phủ Mạnh Siêu**,****, Trương Thiên Phú***, Trần Vũ Uyên*, Lương Bắc An****, Lê Gia Hoàng Linh****, Hồ Quốc Chương****, Nguyễn Thành Luân*, Nguyễn Văn Thiện Chí*, Võ Thanh Bình*, Nguyễn Thị Quỳnh Thơ*, Đỗ Thị Thanh Thủy*, Trần Diệp Tuấn****, Giang Hoa*, Nguyễn Hoài Nghĩa****TÓM TẮT Đặt vấn đề: Điều trị trúng đích là lựa chọn hàng đầu nhằm tăng cường thời gian và chất lượng cuộc sốngcho bệnh nhân ung thư nói chung và bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ giai đoạn tiến triển nói riêng. Sửdụng mô khối u để phân tích di truyền phục vụ cho điều trị bị hạn chế trong nhiều trường hợp, đặc biệt là ở giaiđoạn ung thư tiến triển, di căn. Sử dụng phương pháp giải trình tự thế hệ mới trên mẫu sinh thiết lỏng giúp tìmra phổ đột biến xảy ra ở bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ kháng Erlotinib (EGFR-TKI thế hệ 1) là mộtbước tiến mới, góp phần trong việc theo dõi điều trị ung thư ở Việt Nam. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Phương pháp giải trình tự thế hệ mới trên mẫu sinh thiết lỏngđược sử dụng để tìm phổ đột biến. Mẫu máu từ 60 bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ được xác địnhkháng với Erlotinib được tuyển chọn từ 1/2019 đến 5/2020. Kết quả: Kết quả phân tích gene EGFR cho thấy 34 trường hợp xuất hiện đột biến, chiếm 56,7% tổng sốtrường hợp khảo sát. Trong đó, có 22 trường hợp xuất hiện 1 đột biến, 9 trường hợp có 2 đột biến, 3 trường hợpxuất hiện đồng thời 3 đột biến. Đột biến kháng thuốc T790M có tần suất xuất hiện cao nhất chiếm tỉ lệ 22,5%.Các đột biến kháng thuốc hiếm gặp khác cũng được phát hiện bao gồm E709K, A750P, S768I và G719C chiếmtổng tỉ lệ 10,2%. Ngoài ra, các đột biến nhạy thuốc bao gồm mất đoạn exon 19 và đột biến điểm L858R cũng còntồn tại trong nhóm bệnh nhân kháng thuốc này. Kết luận: T790M là đột biến phổ biến nhất trong việc kháng thuốc EGFR TKI thế hệ I. Sinh thiết lỏng có thểđược thực hiện trong quản lý lâm sàng như trong chẩn đoán, quá trình điều trị. Giải trình tự thế hệ mới giúpphát hiện các dấu ấn sinh học phân tử tiềm năng giúp dự đoán chính xác hơn về phản ứng với TKI trong điều trịđầu tay hoặc kết hợp với các thuốc khác. Từ khoá: ctDNA, NGS, cfDNAABSTRACT APPLICATION OF MASSIVELY PARALLEL SEQUENCING FOR IDENTIFICATION OF EGFR GENE MUTATION SPECTRUM IN LIQUID BIOPSY SAMPLES OF ERLOTINIB-RESISTANT LUNG CANCER PATIENTS Nguyen Hung Long, Tran Phu Manh Sieu, Truong Thien Phu, Tran Vu Uyen, Luong Bac An, Le Gia Hoang Linh, Ho Quoc Chuong, Nguyen Thanh Luan, Nguyen Van Thien Chi, Vo Thanh Binh, Nguyen Thi Quynh Tho, Do Thi Thanh Thuy, Tran Diep Tuan, Giang Hoa, Nguyen Hoai Nghia * Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Vol. 24 - No. 3 - 2020: 154 - 159 Background: For cancer patients in general and those with advanced non-small-cell lung cancer in*Viện Di Truyền Y Học Thành phố Hồ Chí Minh Bệnh viện Nguyễn Trãi Thành phố Hồ Chí Minh ***** Bệnh viện Chợ Rẫy Thành phố Hồ Chí Minh **** Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí MinhTác giả liên lạc: TS. Nguyễn Hoài Nghĩa ĐT: 0932390734 Email: nhnghia81@gmail.com154Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 24 * Số 3 * 2020 Nghiên cứuparticular, targeted therapy is the first choice of treatment for improving their lifespan and quality of life. In manycases, carrying out genetic analysis on tumor tissue for treatment has its limitations, especially for advanced,metastatic cancer. Implementing massively parallel sequencing to determine the mutation spectrum in liquidbiopsy samples of non-small-cell lung cancer patients who are Erlotinib (first generation EGFR-TKI) resistant isan advancement contributing to cancer treatment in Vietnam. Methods and sample selection: Massively parallel sequencing was used to identify the mutationspectrum. Blood samples from 60 non-small-cell lung cancer with confirmed Erlotinib resistance were chosenfrom January 2019 to May 2020. Results: Genetic analysis for EGFR gene showed 34 cases with mutations present, which accounted for56.7% of cases examined. Amongst them, there were 22 cases with one mutation, 9 cases with two mutations and3 cases with three mutations present at the same time. T790M-resistant mutation was present at the highestfrequency and was responsible for 22.5%. Other rare drug-resistant mutations were also identified, includingE709K, A750P, S768I and G719C, taking up 10.2%. Furthermore, drug-sensitive mutations including exon 19deletion and L858R point mutation were still found in the above-mentioned drug-resistant patients. Conclusion: T790M is the most common mutation in first-generation EGFR TKI resistance. Liquid biopsycould be used in clinical management, such as during cancer diagnosis and treatment. Massively parallelsequencing assists with the discovery of potential molecular biomarkers, which allows more accurate predictionsregarding reactions to TK1 during primary treatment or when used in conjunction with other medication. Keywords: ctDNA (circulating tumor DNA), cfDNA (circulating free DNA), NGSĐẶT VẤNĐỀ mảnh DNA ngoại bào (cell free DNA - cfDNA) được phóng thích từ tế bào ung thư Theo GLOBOCAN 2018, ung thư phổi là loại ...