Úng dụng quy trình PCR-RFLP xác định Genotýp virus sởi phân lập được ở một số tỉnh miền Bắc Việt Nam

Xác định genotýp của virus đang lnu hành giúp cho việc điều tra dịch tễ học, góp phần vào kiểm soát việc lấy lan và du nhập của dịch sởi. Kỹ thuật RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) hay còn gọi là phương pháp đa hình độ dài đoạn cắt giới hạn là một trong những kỹ thuật sinh học phân tử có độ nhạy cao, cho phép xác định nhanh chóng genotýp của virus sởi. Đề tài nghiên cứu nhắm: Xác định genotýp virus sởi hiện đang lưu hành ở một số tính miền Bắc - Việt Nam bằng phương pháp PCR-RFLP.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Úng dụng quy trình PCR-RFLP xác định Genotýp virus sởi phân lập được ở một số tỉnh miền Bắc Việt Nam Ứ N G D ỤN G Q U Y TR ÌN H P C R -R F LP X Á C ĐỊNH G E N O T Ý P VIRUS SỞI PH ÂN LẬ P ĐƯ C Ở M Ộ T SÓ TỈN H M IÈN B Ắ C V IỆ T N A M sv. Tổng Bức Minh*; s v . Trần T hị M inh H ằng*; s v . N gô C hí Công*; s v . Đ ễ Trung Kiên* H ưởng dẫn: P G S.T S Nguyễn Thái S n* TÓ M TẲ T Trong những năm gần đây, mặc dù vaccine sởi đã được đưa vào chương tr nh tiêm chủng mở rộng, bệnh sởi vẫn bùng phát và diễn biến phức tạp ờ một số địa phương. Xác định genotýp của virus đang lưu hành giúp cho việc điều tra dịch tễ học, góp phần vào kiểm soát việc lây lan và du nhập của dịch sởi. Kỹ thuật RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) hay còn gọi là phương pháp đa h nh độ đài đoạn cắt giới hạn là một trong những kỹ thuật sinh học phân íử có độ nhạy cao, cho phép xác định nhanh chóng genotýp của virus sời. Nghiên cứu nhằm: Xác định g notỷp virus sởi hiện đang lưu hành ở một s tinh miền Bắc - Việt Nam bằng phư ng pháp PCR-RFLP. Đổi tirựng và phương pháp nghiên cún: 46 chủng virus sdi hoang dại thu ổuọc từ một số vụ dịch sỏi từ năm 2006 đến năm 2013 tại một số tỉnh miền Bắc ­ Việt Nam đang được lưu giữ tại Khoa virus, Viện Vệ sinh Dịch íễ TW. Sử dụng chủng chuẩn được phân lập từ 3 loại vacxin sống giảm độc lực gồm: W6675/Rouvax Aventis Pasteur (Pháp), AIK­C vero và MMR (Mỹ) và chủng genotýp H 1 là MVC/Hanam.VNM/6.09/9 (Genbank JF 824649) ỉàm đối chứng. Các chùng virus sau khi được phân lập và tách chiết ARN được khuếch đại đoạn gen N đặc hiệu tạo sản phẩm ADN có kích thước 660 bp, tiếp tục chạy nested PCR để có sản phẩm 492 bp và tiến hành cắt bằng 3 enzym giới hạn Mboỉ, HaelII, ScrFI, so sánh giữa các chủng nghiên cứu vởi chủng đối chứng để xác định genotýp. Đoạn gen N đặc hiệu của virus sởi cũng đuợc tiến hành giải tr nh tự kiểm chửng kết quả của PCR­RFLP. Kết quả: 46 chủng virus hoang đại thu thập trong giai đoạn 2006 ­ 2013 khi nhân gen bằng RT­PCR và nested­PCR đều cho kết quà dương tính với band ADN đặc hiệu, kích thước tương ứng 660 bp và 492 bp, tương tự kết quả nhân gen 3 chủng sởi vaccine và ỉ chủng sời đối chứng Hl_Genbank: JF824649. 46/46 chủng virus sởi hoang dại đều thuộc genotýp Hl. Kết quả phân tích genotýp bằng giải tr nh tự gen phù hợp với kết quà phân tích genotýp bằng PCR­RFLP. Các chủng virus sởi nghiên cứu đều thuộc genotýp Hỉ. Kết luận: Các chủng virus sởi phân ỉập được tại một số tỉnh miền Bắc ­ Việt Nam trong giai đoạn 2006 ­ 2013 thuộc genotýp H I. PCR­RFLP có giá trị trong xác định genotýp virus sởi. * Từ khóa: Virus sởi; Genotysp; PCR­RFLP. Applicationo/PCR-HFLPinM nứỵỳingg notyp ofm asl svirusinnorth rnofVi tnam Sum m ary Measles is a highly contagious, serious disease caused by a virus in the paramyxovirus family. It is also one of the leading causes of death among children globally. In recent years, there has been routine measles vaccination for children, combined with mass immunization, which results in a sharp drop in death rate. Identification of existing measles virus’s genotype plays an important role in epidemiological investigation, contributes to the control of measles import and infection. RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) technology is one of molecular biological methods which have high sensitivity enabling quickly measles genotype identification. This study aims at identifying circulating meales’ genotype in some Northern provinces of Vietnam by using PCR ­ RFLP method. * Đại học Dược Hà N ội 619 Subject and methods: 46 strains of wild­type measles virus obtained from some measles epidemics from 2006 to 2013 in some Northern provinces of Vietnam which are being stored in Virus Department, National Institute of Hygiene and Epidemiology. Standard measles strain isolated from 3 vaccines: W6675/Rouvax Aventis Pasteur (France), AIK­C vero and MMR (US.) and the strain genotype HỈ­MVC/ Hanam.VNM/6.09/9 (Gen Bank JF 824 649) is used to control. After RNA extraction, strains of measles virus is amplified specific N gene fragments to create 660bp­size DNA. After that, nested PCR is continued to perform on this DNA to create 492 bp fragments, then cut by 3 restricted enzymes: Mboì, Ha ĩỉĩ, ScrFl. Comparing between wild­type strains and control strains to identify genotype. The measies virus N gene 660 bp fragments were sequenced to verify the FCR ­ RFLP results. Results: 46 strains of wild­type measles virus were amplified by RT­PCR and nested­PCR show the same result with specific band DNA which sizes 660 bp and 492 bp, respectively. Similarly, the amplification of 3 strains of measles vaccine and a strain of control measles virus H l_ Genbank JF824649 show the same result. Results ...