Danh mục

Xác định các đột biến trên GEN RPOB liên quan đến tính kháng Rifampicin của một số chủng vi khuẩn lao thu thập tại miền Bắc Việt Nam

Số trang: 6      Loại file: pdf      Dung lượng: 270.63 KB      Lượt xem: 5      Lượt tải: 0    
Hoai.2512

Xem trước 2 trang đầu tiên của tài liệu này:

Thông tin tài liệu:

Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng cặp mồi rpoB-F1 và rpoB-R1 đã được thiết kế nhằm khuếch đại đoạn gen rpoB gồm 27 codon nằm gần trung tâm của gen rpoB (còn gọi là “the mutation hot spot region”). Sau khi PCR nhân gen rpoB ở 7 chủng vi khuẩn lao thu thập tại Viện Lao và Bệnh phổi Trung ương, phân tích trình tự đoạn gen rpoB của chúng thấy xuất hiện các đột biến sai nghĩa xảy ra tại codon 516 (GAC→GTC) (20%) và codon 531 (TCG→TTG) (66,67%) có liên quan đến kháng RIF. Kết quả này có ý nghĩa rất lớn trong việc thay đổi phác đồ điều trị và kiểm soát bệnh lao ở một nước có mức độ bệnh nhân lao cao như nước ta.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Xác định các đột biến trên GEN RPOB liên quan đến tính kháng Rifampicin của một số chủng vi khuẩn lao thu thập tại miền Bắc Việt NamNghiêm Ngọc Minh và đtgTạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ82(06): 97 - 102XÁC ĐỊNH CÁC ĐỘT BIẾN TRÊN GEN RPOB LIÊN QUAN ĐẾN TÍNH KHÁNGRIFAMPICIN CỦA MỘT SỐ CHỦNG VI KHUẨN LAO THU THẬPTẠI MIỀN BẮC VIỆT NAMNghiêm Ngọc Minh1*, Nguyễn Văn Bắc1, Vũ Thị Mai1, Cung Thị Ngọc Mai1,Vũ Thị Thanh1, Nguyễn Thái Sơn21Viện Công nghệ sinh học - Viện KH&CN Việt Nam, 2Bệnh viện 103 - Học viện Quân yTÓM TẮTNhiễm vi khuẩn lao (Mycobacterium tuberculosis, MTB) là một trong những nhiễm trùng phổ biếnnhất ở loài người. Tuy nhiên, tỷ lệ phát hiện chỉ đạt 37% số bệnh nhân ước tính. Hiện nay, bệnhlao đang trở nên nghiêm trọng hơn với sự xuất hiện của nhiều chủng vi khuẩn lao với đặc trưng làkháng đa thuốc, lao kháng thuốc phổ rộng và lao đồng nhiễm HIV/AIDS. Những chủng vi khuẩnlao kháng rifampicin (RIF) đồng thời cũng kháng với nhiều kháng sinh chống lao khác. Phươngpháp sinh học phân tử cho phép chẩn đoán nhanh và chính xác các trường hợp bệnh nhân bị nhiễmvi khuẩn lao kháng thuốc. Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng cặp mồi rpoB-F1 và rpoB-R1đã được thiết kế nhằm khuếch đại đoạn gen rpoB gồm 27 codon nằm gần trung tâm của gen rpoB(còn gọi là “the mutation hot spot region”). Sau khi PCR nhân gen rpoB ở 7 chủng vi khuẩn laothu thập tại Viện Lao và Bệnh phổi Trung ương, phân tích trình tự đoạn gen rpoB của chúng thấyxuất hiện các đột biến sai nghĩa xảy ra tại codon 516 (GAC→GTC) (20%) và codon 531(TCG→TTG) (66,67%) có liên quan đến kháng RIF. Kết quả này có ý nghĩa rất lớn trong việc thayđổi phác đồ điều trị và kiểm soát bệnh lao ở một nước có mức độ bệnh nhân lao cao như nước ta.Từ khóa: Gen rpoB, lao kháng đa thuốc, rifampicin, vi khuẩn lao∗MỞ ĐẦUVi khuẩn lao (Mycobacterium tuberculosis,MTB) thuộc giống Mycobacterium, họMycobacteriaceae [7]. Đây là vi khuẩn truyềnnhiễm được tổ chức y tế thế giới (WHO)khuyến cáo về tình trạng khẩn cấp toàn cầubởi mức độ lây lan và hậu quả nghiêm trọngcủa chúng gây ra đối với sức khỏe con người.Theo ước tính của WHO trên thế giới cókhoảng 42 vạn người mắc lao đa kháng thuốc,chiếm số lượng lớn nhất là ở khu vực TâyThái Bình Dương có 15 vạn trường hợp, kếđến là khu vực Đông Nam Á và sau đó là khuvực Châu Phi và Đông Âu. Ở Việt Nam mỗinăm có khoảng 100.000 người mắc bệnh laovà 20.000 người chết đứng thứ 12 trong tổngsố 22 quốc gia có số bệnh nhân lao cao [2].Ngày nay, bệnh lao càng trở nên nghiêmtrọng hơn khi xuất hiện các chủng vi khuẩnlao kháng đa thuốc (Multi-Drugs Resistant –MDR), kháng thuốc phổ rộng (Extensively∗Tel:Drug Resistance – XDR) và đồng nhiễmHIV/AIDS. Vì vậy, việc nghiên cứu chẩnđoán vi khuẩn lao kháng thuốc có ý nghĩa hếtsức to lớn đối với y học cũng như sức khỏecon người.Hai phương pháp chẩn đoán lao kháng thuốcđược sử dụng rộng rãi hiện nay là phươngpháp xác định kiểu hình và phương pháp xácđịnh kiểu gen. Trong đó, phương pháp xácđịnh kiểu hình dựa trên khả năng phát triểncủa vi khuẩn lao trong môi trường nuôi cấy cókháng sinh phải mất 4 – 8 tuần và đòi hỏinồng độ của mẫu cao, nên độ nhạy của phảnứng thấp. Khắc phục những nhược điểm trên,phương pháp xác định kiểu gen dựa trên cơ sởxác định đột biến ở các gen có liên quankháng thuốc tương ứng như giải trình tự gen,lai trên pha rắn, real-time PCR…[13]. Trongđó giải trình tự gen vẫn là phương pháp cơbản, xác định MDR trong các mẫu bệnh phẩmlâm sàng chính xác và rõ ràng nhất.Genome của M. tuberculosis được giải trìnhtự, phân tích và công bố năm 1998 gồm97Số hóa bởi Trung tâm Học liệu - Đại học Thái Nguyênhttp://www.lrc-tnu.edu.vnNghiêm Ngọc Minh và đtgTạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ4.411.529 bp, chứa 65% guanine và cytosine.Trên 90% tổng số gen được dự đoán là có mãhóa cho protein và chỉ có 6 gen giả(pseudogene) [8]. Gen rpoB là một đoạn DNAcó kích thước 3519 bp, nằm trên nhiễm sắc thểcủa vi khuẩn lao và chịu trách nhiệm mã hóatiểu đơn vị β của enzyme RNA polymerase[12]. Thông qua enzyme này, RIF gây tác dụnglên chức năng phiên mã tạo RNA thông tin(mRNA) ở vi khuẩn lao. Người ta nhận thấy cókhoảng 95% các chủng vi khuẩn lao khángRIF có đột biến trên gen này [7, 12]. Trong đó,các đột biến sai nghĩa làm thay đổi amino acidSer→Leu, His→Arg, Arg→Val tương ứng vớivị trí đột biến tại codon 531 (TCG→TTG),codon 526 (CAC→GAC), và codon 516(GAC→GTC) [6,12].VẬTLIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁPNGHIÊN CỨUVật liệu nghiên cứuNguồn DNA tổng số của vi khuẩn laoDNA tổng số được tách chiết và tinh sạch từcác chủng vi khuẩn lao có trong các mẫu bệnhphẩm ở Viện Lao và Bệnh phổi Trung ươngtheo phương pháp phenol/chloroform/isoamylalcohol [9].Các sinh phẩm hóa chất chínhHóa chất dùng cho phản ứng PCR(Fermentas), kit tách chiết plasmid (Qiagen),vector nhân dòng pBT, chủng vi khuẩn E.coliDH5α (Fermentas) và một hóa chất khác như:cao nấm men, peptone từ ICN (Mỹ), cácenzyme BamHI, T4 ligase từ ...

Tài liệu được xem nhiều: